高等学校向けの理科の検定教科書の課題研究の項や、各大学の学生実験の指導書等、研究の初心者あるいはそれ未満のレベルの人を対象とした人向けの教育課程では研究の過程として「『(1)→(2)→(3)→(4)→(5)→(6)→(1)』のループを何度か繰り返したあと、(7)に至る」などといった極めてオーソドックスな流れを解説している。ただし、理科の検定教科書間でも記述に若干の違いがあり、執筆者の個性が伺われる。ただし、どの教科書においても概ね「要素」としてあげているものは上の(1)?(7)で尽きている。問題は、一部の要素が結合されていたり、省略されていたり、より細分化されていたり、ループさせる/させないの違いだけである。特に、「得られた結果と実際の予想とが大きく食い違うこと」は、課題研究や学生実験では起こりにくく、また、そのような“変則的”（実際には“変則”でないほうがおかしいのだが）な事態に対処できるレベルは意外に高いという考えから、「研究結果をフィードバックさせる」というトレーニングをするか否かに大きな違いが現れる。また、(8)-(10)は、学生実験や高等学校の課題研究レベルでは問題になることが殆ど全くなく、検定教科書には解説されていない。

これらの要素をどのようにつなげるのか、どのように偶然的な要素や目標の現実とのズレを実際の研究計画にフィードバックするのかは、研究者の腕や個性、場合によっては価値観や感性にかかわってくる問題である。その意味では、必ずしも実際の研究の現場では必ずしも各要素を直線的に実行する（「『(1)→(2)→(3)→(4)→(5)→(6)→(1)』のループを何度か繰り返したあと、(7)に至る」といった具合に）わけではなく、そうあるべきとも限らない。

また、優先度が物を言う研究の世界では、極端な場合過去のデータを見て突然ひらめいてそのまま発表するといった「(8)→(10)」のような話や、(6)の過程を省略し、単なる実験結果の羅列を報告するケースなど、ショートカットや省略が多々あるとされる。また、偶然の発見の決定的な証拠が取れた場合、再現実験を何度か行いながら同時平行的に「それをどのような文脈におくのか」を検討するような流れ、つまり「(9)→(1),(2),(3),(4),(5),(6)→(7)」のようなこともよくあるとされる。さらに、通常は(6)の段階でテーマの分割、整理統合が行われる場合がよくある。優れた研究者の中には、(4),(5)と(6)の間の往復に殆どに労力をつぎ込み、ある程度の結果がたまったところで、(10)に至るものもある。また、実験計画の立案や実験のみを行う人、考察のみを行う人のように分業体制で研究を行っているところもある。実験系の場合には「装置の開発」や「材料の精製」の部分のみで学士、修士、博士の学位が与えられ、場合によってはノーベル賞クラスの評価が与えられることもある。一見、「装置の開発」や「材料の精製」の部分のみを行うことは(4)の段階にのみにとどまっているように見えるが、「装置の開発」や「材料の精製」という問題自体を一つの課題として考えれば概ね上の要素に還元できる場合が殆どである。

研究を行う際に、研究者が単独で行うか (個人研究)、もしくは民間企業等の他組織の研究者及び研究経費等を受け入れて、共通の課題について共同して行うか (共同研究)についても決定する。
手法ニューヨーク公立図書館の研究室で二次調査が進行中の例モーリス・ヒレマンは、20世紀の優れたワクチン学者で、当時の他のどの科学者よりも多くの命を救ったとして信じられている[11]。

研究プロセスの目的は、新しい知識を生み出すこと、またはトピックや問題についての理解を深める方法である。このプロセスは、3 つの主要な形式を取る (ただし、それらの間の境界が不明瞭になる可能性がある)。

探索的研究、問題や疑問を特定し、定義するのに役立つ。

発展的研究、理論をテストし、問題や質問の解決策を提案する。

実証的研究、経験的証拠を用いて解決策の実現可能性をテストする

実証研究の設計にあたっては、定性的研究と定量的研究の2つの主要な種類がある。研究者は、調査したい研究トピックの性質と答えが欲しい質問に応じて、定性的または定量的な方法を選択する。
定性的研究
人間の行動と、行動を支配する理由を理解し、幅広い質問をしたり、言葉、画像、 ビデオなどの形でデータを収集したり、分析したり、テーマを探したりする。