1990年代以降、自宅学習・補習の分野で学習塾・通信教育や、学研ジー・アイ・シーによる「学研 大学入試現役合格システム（塾サービス付き学習教材、行政処分に伴い廃止）」など高単価サービス（年間数万 - 数十万円単位）の販売へ軸足を移した。

2000年代より少子化と出版不況の影響で収益悪化が顕著となり、事業撤退や社員のリストラによる経営のスリム化を図るようになる。2004年（平成16年）7月には子会社の「立風書房」を吸収合併。2005年（平成17年）秋には子会社であった学研クレジットを、MBOでNIFベンチャーズ系の投資会社に売却した。玩具事業は2006年（平成18年）3月に子会社「学研ステイフル」と学研トイズに分割・移管している。

2009年（平成21年）10月、従来の学習研究社を持株会社化し学研ホールディングスに社名を変更すると共に組織再編を実施。学研エデュケーショナル、学研パブリッシング、学研教育出版、学研マーケティング、学研出版サービス、学研プロダクツサポート、学研ビジネスサポート、学研ファシリティサービスを新設分割設立会社とする新設分割と、100%子会社である学研教育みらい、学研ネクスト（旧：研秀出版）、秀潤社と学習研究社メディカル出版事業部の合併による学研メディカル秀潤社を吸収分割承継会社とする吸収分割を実施した。学研エデュケーショナルおよび同社傘下を含む教育・学習塾部門については、2010年（平成22年）に再々編を実施し、学研塾ホールディングスを中間持株会社とする体制に変更された。

2022年、学研教育みらいを存続会社として学研プラス（旧学研マーケティング、学研教育出版、学研パブリッシング）、学研メディカル秀潤社、学研出版サービスを合併し総合出版社の株式会社Gakkenが発足。

1962年（昭和37年）落成のかつての本社は、東京都大田区上池台にあり、東海道新幹線及び横須賀線で多摩川を渡り東京都内に入った際の目印として親しまれたが、老朽化が進んだうえ、業務拡張により末期はほかに2軒の自社ビルと民間ビルに分散していた。交通の便も悪かった（鉄道駅から少し遠い）ため、20世紀末には品川区西五反田の土地を取得し、2008年（平成20年）秋に当地に建設された現本社へと移転した。本社跡にはスーパーマーケット「ライフ上池台店」が立地している。

広島県に本社を置く家庭学習研究社とは無関係である。
沿革

1946年（昭和21年）4月 - 学習研究社設立。『小学三年の学習』-『小学六年の学習』を創刊。

1947年（昭和22年） - 東京都品川区平塚町八丁目1204番地に資本金19万5千円で株式会社学習研究社を設立[1]。『小学一年の学習』『小学二年の学習』創刊。

1951年（昭和26年） - 東京都大田区南千束町46番地に本店移転。『1年の学習』-『6年の学習』と改題。

1952年（昭和27年） - 『よいこのくに』創刊。

1957年（昭和32年） - 『6年の科学』創刊。

1958年（昭和33年） - 株式会社よいこのくに社を吸収合併。

1962年（昭和37年） - 東京都大田区上池上264番地に本社ビル完成、本店移転。

1963年（昭和38年） - 『5年の科学』、「科学」全学年発刊。

1965年（昭和40年） - 研秀出版株式会社（後の株式会社学研ネクスト）を設立。

1966年（昭和41年）

8月 - 株式会社エリオン（後の株式会社学研エリオン）

11月 - 出版事業の株式会社立風書房を設立。


1968年（昭和43年） - 東京都大田区上池台四丁目40番5号、本店住居表示の実施。

1971年（昭和46年） - 『パーゴルフ』創刊。

1972年（昭和47年） - 『アンカー英和辞典』刊行。

1973年（昭和48年） - 『ビクトリア現代新百科』刊行。

1975年（昭和50年）9月 - 医学書出版の株式会社秀潤社（後の株式会社学研メディカル秀潤社）を設立。

1976年（昭和51年） - 『常用漢字辞典』刊行。

1978年（昭和53年） - 株式会社ビクトリア・ファンシー販売を買収。

1979年（昭和54年） - 『マイコーチ 高校版』創刊。

1980年（昭和55年） - 株式会社学研事務機販売、株式会社学研ホームクレジット（現：ジャックス・ペイメント・ソリューションズ株式会社[2]）を設立。アニメ『ニルスのふしぎな旅』（NHK総合）放送。

1982年（昭和57年） - 東京証券取引所2部上場。学研割賦販売株式会社を吸収合併。アニメ『まいっちんぐマチコ先生』（テレビ東京）放送。

1983年（昭和58年）10月 - 株式会社ジー・アイ・シーを設立。

1984年（昭和59年）

2月 - 東京証券取引所1部指定替え。

10月 - 株式会社スリー・エー・システムズを設立。

『POTATO』創刊。


1985年（昭和60年）

2月 - オンライン情報サービスの株式会社学研メディコン

5月 - 株式会社学研アールボーテを設立。