中華人民共和国の都市との間では、2003年に岡山市が台湾の新竹市と姉妹都市提携を結んだ際、協定書に「中華民国」と記載したことについて、先に提携を結んでいた洛陽市が反発、交流の凍結を通告するという事例があった（2006年に再開）[47]。2012年2月には、河村たかし名古屋市長が友好都市の中国南京市の訪問団に対し、南京大虐殺をめぐる発言をしたことで、南京市は名古屋市との交流を当面凍結することを発表し、中国外務省も断交を支持している[48]。

2018年10月2日、大阪市はサンフランシスコが慰安婦像を設置した問題によりサンフランシスコとの姉妹都市関係を解消した[49][50]。
国内提携

日本国内の自治体どうしの「姉妹都市」「友好都市」提携もおこなわれる。「都市間提携」「地域間提携」の一つとして位置づけられ、姉妹都市協定とともに災害時応援協定が結ばれる場合もある。

日本の国内姉妹都市提携は、国際姉妹都市提携が広がりつつあった1960年代、おもに観光の観点から始まった。藤沢市（神奈川県）と松本市（長野県）は、互いにはない海と山を持つ観光都市として市民による「海と山の交歓会」が1960年に開催されたことが契機となり、1961年7月に「全国に先がけて観光面で姉妹都市」になったとされる[51][52][53]（なお、松本市は1958年にソルトレイクシティ市と、藤沢市は1959年にマイアミビーチ市との国際姉妹都市提携を行っていた）。
注釈^ 『広辞苑』『大辞泉』などでは語釈として国際的な都市間関係を掲げている。総務省でも、自治体交流表彰（総務大臣賞）のように単に「姉妹都市」を用いるときは国際的な自治体交流を指している。
^ 例として新潟県新発田市と京畿道議政府市の友好都市交流を挙げれば、交流の中心的事業であるスポーツ親善交流大会が日韓関係の悪化を理由に2001年、2008年、2011年に中断する（このほか、新型インフルエンザ流行（2009年）、北朝鮮の核問題（2013年）、セウォル号沈没事故（2014年）等を理由とする中断もある）[43][44]といった影響が出ている。

出典^ a b 豊田哲也. “姉妹都市提携の変容と展望”. 2021年11月11日閲覧。
^ “友好都市東根市”. 東京都中央区. 2021年11月11日閲覧。
^ a b c d e f g h i j k l m “ ⇒オーストラリアにおける姉妹都市交流の動向”. 自治体国際化協会. 2021年11月11日閲覧。
^ “ ⇒姉妹（友好）自治体の提携の定義・意義は？”. 自治体国際化協会. 2012年2月6日閲覧。
^ 岐阜県（鹿児島県）
^ ⇒沖縄県と兵庫県の交流の状況（沖縄県）
^ a b c d e f g h i j k l m n “ ⇒姉妹自治体提携Q＆A - 姉妹（友好）提携情報 - 自治体間交流 - CLAIR（クレア）一般財団法人自治体国際化協会”. 自治体国際化協会. 2021年8月8日閲覧。