韓国、台湾、フィリピンでは、元「慰安婦」とされた285名に償い事業を実施した。 韓国では、基金に反対した挺対協などの関連団体により、元慰安婦への妨害がおこなわれた。基金を最初に受け取った7人は、韓国政府による支援対象から除外された[3][14][15]。その後、54人が基金を受け取っていたことが判明し[14]、最終的には、韓国政府に登録された元慰安婦236人中61人が基金から支援を受けた[16][17]。しかし、彼女らは「民族の自尊心を売った連中。(朝鮮語: ? ? ?? ??? ???? ???? ???)」と支援団体から強く糾弾されて、支援団体の圧力を受けた韓国政府や支援団体の様々な支援対象から外された[18][19]。 韓国政府は、当初「償い事業」に対して積極的な評価を下していたものの、「償い金」が日本国政府からの償い金ではなく日本国民の募金であることに反発、韓国挺身隊問題対策協議会などの反対運動やマスコミによる報道などを受け、否定的となった[20]。被害者や支援団体も基金との接触を拒んだため事業は進展せず、1996年11月7日には韓国での活動見合わせを決定[21]。 1997年1月には7名の元慰安婦に対して「償い事業」を実施したが、「償い金」の伝達が非公開で行われたために、「償い金」を受け取った元慰安婦らはメディアや被害者支援団体からの批判を浴びた[21][20]。また民間により行われた募金から元慰安婦に援助金が支給された際も、「償い金」を受け取った元慰安婦らが支給から外される等の圧力を受けた[20]。こうしたことから、基金は一時韓国での事業を停止[20][21]。 1998年1月6日には事業を再開し、寄せられた申請に対しては非公開で「償い金」を支給した[21]。 1998年に金大中政権は元慰安婦142人に対し独自に生活支援金を支給、その条件として日本からの「償い金」を受け取らないと誓約することが求められたことなどから事業は再び停滞[20]。その後医療施設建設など事業転換も検討されたが、基金は1999年7月に事業を停止[20][21]。 2002年5月1日に事業を終了した[20]。
韓国
台湾13名に対し、1人当たり500万円相当の支援を行う[22]。中華民国（台湾）では、元慰安婦への「償い金」に加え、医療福祉事業として一人当たり300万円規模のサービスを支給する内容で事業を開始し[21]、1997年5月から各紙に広告を掲載した[23]。同年8月31日、基金に反対する慰安婦の支援団体、台北市婦女救援基金会（婦援会）はオークションを開催し、その収益から200万円を被害者42名に支給した[21]。