これに続くのは、持統天皇の任命にかかる高市皇子である。飛鳥浄御原令に基づくものと推測されるが、これも具体的な内容はわからない。高市皇子の任命は持統天皇4年（690年）7月であるが、この直前、同年4月に皇太子草壁皇子が死亡していること、高市皇子が持統天皇10年7月に死亡すると、その直後の翌年2月に草壁皇子の子軽皇子が皇太子に立てられていることから、高市皇子の地位も皇太子に準じるものであって、太政大臣という官職がそのことを表現しているものと考えられる。
大宝令・養老令に基づく太政大臣

通常「太政大臣」といえば、この大宝令・養老令の下での太政大臣を指す。太政大臣は太政官における最高の官職である。訓読みとしては「おほいまつりごとのおほまへつぎみ」（『令義解』）「おほまつりごとのおほまつぎみ」（『和名類聚抄』）「おほきおほいまうちぎみ」（『古今和歌集』）などと読む。定員1名。官位相当は正一位・従一位。

養老令「職員令」では、太政大臣の職務は次のように規定されている。師範一人、儀形四海、経邦論道、燮理陰陽、无其人則闕

「一人に師範として、四海に儀形たり」とは、天皇の師範であり天下の手本となる者であることを意味し、唐の令の三師（太師、太傅、太保）の規定の丸写しである。「邦を経め（おさめ）道を論じ、陰陽を燮理（しょうり）す」とは、国家を治め道理を論じ自然の運行を調和させることをいい、唐の令の三公（司徒、司空、太尉）の規定の丸写しである。「その人なければすなわち闕けよ（欠けよ）」というのもやはり丸写しである（これにちなんで太政大臣の異名を「則闕の官」という）。日本における太政大臣は、中国の三師と三公を一身に兼ねるものと言える。『令義解』でも「尋常の職にあらず」と説明されており、ふさわしい人物がなければ空席とされることになっていた。
先駆者たち

大宝令が施行されても、しばらく太政大臣は任命されることがなかった。これはもちろん「尋常の職」ではなく「則闕の官」であることにもよるが、大友・高市のふたりの太政大臣の前例も影響を与えている。皇太子に匹敵するほどの高い権威を有する人物でなければ任命できない一方、うかつに任命すれば皇太子の権威を脅かす存在になりかねないからである。このため、太政大臣の任命が必要な場合でも、あえてこれを避け、太政官の長官という側面だけを抽出した令外官である知太政官事を設置することでしのぐことが続いた。ただ、藤原不比等をはじめ、死後に太政大臣を追贈された例はいくつか見られる。

結局、太政大臣が実際に任命されるのは、養老令の施行後、天平宝字4年（760年）1月の藤原恵美押勝（藤原仲麻呂）の任命まで時期がくだることになる。ただし、この任命は、天平宝字2年（758年）8月から同8年（764年）9月までの、太政大臣を「太師」と改称した時期に当たり、押勝が就任したのはこの太師である。これに続いて、天平神護元年（765年）閏10月、道鏡が、出家した天皇（称徳天皇）には出家した大臣が必要であるという理由で、天平宝字8年（764年）9月に彼のために新設された令外官である「大臣禅師」から昇進して「太政大臣禅師」に任命されている。両者は特殊なケースではあるが、中世・近世の有職故実においても、近現代の歴史学においても、太政大臣の歴代から排除されてはいない。
人臣太政大臣と人臣摂政

正規のかたちで太政大臣が任命された初例は、斉衡4年（857年）2月の藤原良房である。ときの文徳天皇は、おりから病気がちであり、しばしば政務を執ることができないほど体調が悪化することがあった。一方で、皇太子惟仁親王はわずか8歳の幼少であった。天皇としては、病身の自分を補佐するとともに、自分に万一のことがあった場合には前代未聞の幼帝として即位することになる惟仁の後見人として、生母藤原順子の兄であり、正室藤原明子の父であり、皇太子の外祖父であり、すでに右大臣として廟堂に重きをなしていた良房は、もっとも頼りがいのあるうってつけの人材であったと言える。実質的には、良房の太政大臣任命は、いわゆる「人臣摂政制」の発足としての意味を持つものである。はたして天皇は翌天安2年（858年）2月に死に、惟仁が9歳で践祚した（清和天皇）。『公卿補任』や『職原鈔』などは、良房が清和天皇の践祚と同時に摂政に任じられたものとして記述している。良房は、順子や明子と協調しながら、事実上の摂政としての役割をはたしてゆくことになる。

清和天皇の良房に対する信任は篤く、成長しても良房に対する尊重は変わることがなかった。貞観8年（866年）閏3月に起きた応天門の変による政情不安に際しては、同年8月に、非常事態を収拾するための大権として、あらためて良房に天下の政を摂行すべき由の勅を発している。形式的には、この時点が史上初の人臣摂政の任命とされている。さらに貞観13年（871年）4月には、良房に三宮に准じて年官年爵を与えている（准三宮の初例）。

良房が貞観14年（872年）9月に死ぬと、その立場は良房の猶子の右大臣基経に受け継がれた。清和天皇は、貞観18年（876年）11月に皇太子貞明親王（陽成天皇）に譲位するにあたり、基経に良房と同じ摂政の任を与えている。さらに、元慶4年（880年）12月には、その死に臨んで遺詔を以て「右大臣の官職は摂政の任にふさわしくない」という理由で基経を太政大臣に昇進させている。