なお、同じく貴重な動植物の保存を目的とした法制度として「絶滅のおそれのある野生動植物の種の保存に関する法律」があるが、こちらは環境省の所管で、対象となっている種類も異なっている。

自然現象によって変化した人工物が指定されることもあり、地震動の擦痕と旧相模川橋脚は地震の影響を示す遺産として登録されている。
特別天然記念物

文化財保護法第109条第2項の規定により、天然記念物のうち、世界的に又は国家的に価値が特に高いもの、として特別に指定されたものを特別天然記念物という。
動物トキ

動物では、21件が特別天然記念物に指定されている。都道府県名が記載されていないものは、「地域を定めず指定された動物」である。

カモシカ

カワウソ

イリオモテヤマネコ

アマミノクロウサギ

トキ[注釈 4]

コウノトリ

タンチョウ

アホウドリ

カンムリワシ

ライチョウ

ノグチゲラ

メグロ

オオサンショウウオ

土佐のオナガドリ

小湊のハクチョウおよびその渡来地 : 青森県

鯛の浦タイ生息地 : 千葉県

ホタルイカ群遊海面 : 富山県

長岡のゲンジボタルおよびその発生地 : 滋賀県

八代のツルおよびその渡来地 : 山口県

高知市のミカドアゲハおよびその生息地 : 高知県

鹿児島県のツルおよびその渡来地 : 鹿児島県

植物田島ヶ原サクラソウ自生地大島のサクラ株宝生院のシンパク

植物では、30件が特別天然記念物に指定されている。

阿寒湖のマリモ : 北海道

野幌原始林 : 北海道

アポイ岳高山植物群落 : 北海道

早池峰山および薬師岳の高山帯・森林植物群落 : 岩手県

羽黒山のスギ並木 : 山形県

東根の大ケヤキ : 山形県

コウシンソウ自生地 : 栃木県

日光杉並木街道 附 並木寄進碑 : 栃木県

田島ヶ原サクラソウ自生地 : 埼玉県

牛島のフジ : 埼玉県

大島のサクラ株 : 東京都

白馬連山高山植物帯 : 長野県・新潟県・富山県

狩宿の下馬ザクラ : 静岡県

石徹白のスギ : 岐阜県

春日山原始林 : 奈良県

大山のダイセンキャラボク純林 : 鳥取県

加茂の大クス: 徳島県

宝生院のシンパク : 香川県

杉の大スギ : 高知県

古処山ツゲ原始林 : 福岡県

立花山クスノキ原始林 : 福岡県

相良のアイラトビカズラ : 熊本県

青島亜熱帯性植物群落 : 宮崎県

都井岬ソテツ自生地 : 宮崎県