庵野秀明が作画スタッフとして参加していたが、その想像を絶する仕事量に打ちのめされ、2週間で逃走した[52]。後にアニメーターの高木弘樹は「『巨大な機械の長尺・背動・1カット』の長丁場の原画の注文を受けた庵野さんが『1ヶ月かかるから30万で受けますよ』と条件を提示し、押井監督はそのカットを欠番にした」とも語っている[53]。それから2021年の「庵野秀明展」にて、庵野が担当した本編では未使用のレイアウトが展示された。

動画スタッフ達は単純に原画と原画の間を埋める感覚で描くのではなく、全体的にコマ毎に先の動きを作りながら描いていった[33]。
音楽

1981年に「りゅうの目のなみだ」で共同で関わったつながりから、押井から菅野由弘にオファーが来た[54]。

押井からは「ボーカルとピアノを基本に、キリスト教音楽のイメージを取り入れる」[48]「水の音と音楽だけで作品を作りたい」というコンセプトを提示された。そこから「ある程度動画が仕上がった所で、最初の劇伴の録音を行い、それに合わせてまた動画を作り出して、もう一度音楽を録音する」という双方向の作り方を採用した[54]。

1回目の録音の際にとてもいいテイクが上がったが、大幅に映像より長くなった曲があり、本来だったら録り直さなければいけなかった。しかし、押井は「絵の方を伸ばすから、今のを採用しよう」と決めた。それに菅野は嬉しさを覚えたが、直後に押井が「後400枚か」とつぶやいたのを聞いて恐れおののいた[54]。

風をイメージした音色は、菅野のアイディアでコーラスを担当した人々が少年の台詞をそれぞれ違ったスピード・声色で話したのを録音し、それを編集することで作り上げた[55]。
キャスティング

斯波重治は「この作品は形而上学的・観念的・啓示的な内容だ」という自身の思いを踏まえて、「子供から大人に変わる年代を意識した、キャラクターの年齢に近い人」ではなく「人間が背負っている重みが、画面を通じて声の中に出せる人」を基準に選び、「声の芝居の中に、役者の存在感を感じさせる」様な演じ方を要求した[56]。

根津に対しては、押井が根津に前々から抱いていたイメージを意識して、名指しで起用した[56]。

兵藤はアニメーションの仕事は本作が初めてだった。斯波がオーディションテープを初めて聞いた時は「キャラクターとの相性が良すぎて、役者の存在感が薄れてしまう」と危惧したが、次第に「少女の日常生活感を払拭し、且つ本来持っているキャラクターをきちんと出していける人だ」と判断して、起用した[56]。その場で一緒にオーディションテープを聞いていた押井は「この人でいい」と即断した。その後兵藤と対面した際には、「立派な女性なのに、実年齢より10歳位若く見えた。印象が『少女』を感じさせる人だったので、かなり気に入った」と称している[57]。

1985年10月14日に押井・斯波・根津・兵藤が初めて顔合わせした。ミーティングの際に根津は押井に「キャラクターを捉まえるために、フィルムを見せて欲しい」と注文した[56]。兵藤はミーティング前にアフレコ台本を読み込み、キャラクターに対しての疑問点を書き出して、ミーティングの時に押井に質問して、解釈を深めていった[58]。アフレコは1985年11月15日午後20時?16日午前2時30分に[56]浜町スタジオで行われた[49]。
海外展開

日本国外での権利は、著作権者である徳間書店の尾形英夫が独断でロジャー・コーマンに売却し、その後は転売が繰り返されて、2010年時点での国外での著作権者は不明になっている[59]。海外での反応は大きいものの、海外展開は「未来永劫不可能」と言っても過言ではない状況になっていた[60]。

2024年5月10日、本作の4Kリマスター版の国際販売権をフランスのアニメーション配給会社「ゲベカ・インターナショナル」が獲得した[61]。

2024年5月30日、アメリカの映画配給会社「GKIDS」が本作の4Kリマスター版の北米での配給権を取得。2025年を目途に北米にて劇場公開を予定している[62]。
監督による解説

焚き火の横で寝ている少女の側に少年がいて卵を割る場面については、二人がセックスをやっていると考えてもらってよい、そういう暗喩を目指した描写であったと発言している[63]。

大元のイメージは、押井が子供の頃に母親から聞いた「女の人は生まれた時からお腹にたまごを持って生まれてくる」という話[64]・テネシー・ウィリアムズの『ガラスの動物園』の「ずっと何かを待ち続けていた女の子が、他者に出会い、別れる事で世界が新しくなる」という関係性の変化を主軸にした物語[65]から作られている。

本作を、主人公に感情移入して、ストーリーを追っていく見方に対するアンチテーゼであったかもしれないと語っており、物語よりもアニメーションの表現を楽しむ姿勢を投げかけようとしたところがあり[66]、退屈で眠くなるようなギリギリのところで、緊張感を持続させる小刻みの感動を与え続けたいと語っている[67]。

「たまご」は「夢」「希望」「可能性」等様々な意味を込め[65]、「卵の中の鳥が見ている夢の中の世界」[52]みたいなもので、今はどこにもないものをお腹に抱えて生きており、一番大切なものと思って生きているが、それが打ち砕かれることなしに本当の現実に出会うことはなく[65]、出発はありえないといった意図を含んでおり、ラストに泡がたまごに変わったのは「鳥となって飛び立つのではなく、『卵』として生まれ変わることで[33]救いや希望を托しているからである」[68]「鳥が卵になって、新しい夢を見ている」[21]という。