1999年には新日韓漁業協定が発効し、日韓暫定水域が設定された。これにより、竹島周辺海域も日本漁船が操業できる海域に設定されたが、暫定水域は日本側に大きく食い込む形で設定されたため、日本の漁業は大きなダメージを受けている。たとえば新協定の発効以降、暫定水域での韓国漁船による乱獲とゴーストフィッシングと事実上の占拠が続いており、韓国漁船は資源の保全状況が比較的良好な日本のEEZにまで進出して違法操業を行っている。これに対して日本側は官民を上げて、協定改定による暫定水域での漁法に対する法的拘束力の実現や是正、取り締まりの強化を要請している。
2000年代以降

※2000年代以降の、慰安婦や竹島などの顕著な係争となっている個別問題と関連した日韓関係の記述は、関係の推移をわかりやすくするため分離して後述する。

2003年に発足した盧武鉉政権は、当初「歴史問題に言及しない」と発言するなど両国関係の改善が期待されたが、国内においては日帝強占下反民族行為真相糾明に関する特別法および親日反民族行為者財産の国家帰属に関する特別法を制定するなど、一貫して反日的な態度をとり矛盾を伴う二枚舌な政策を行う。盧武鉉政権は日本時代の親日派問題の清算として、「日帝強占下反民族行為真相糾明に関する特別法」および「親日反民族行為者財産の国家帰属に関する特別法」を制定し、反民族行為認定者の子孫の土地や財産を国が事実上没収する人権蹂躙とも取れる法を制定し、実際に「親日派」10人の子孫が所有する約13億6000万円相当の土地を没収する[144] など、韓国民主化以前の反共主義さながらの反日主義で上記特別法適用を開始している。2006年に韓国政府は親日反民族行為者財産調査委員会を設置し、2010年までに親日反民族行為者の子孫の資産約180億円を没収した[145]。

日本では2000年代の小泉純一郎政権時にG4諸国を結成し、国連常任理事国入りを目指したが韓国は日本の歴史教科書の記述や、竹島問題や小泉総理の靖国神社参拝を持ち出し、日本の常任理事国入りに反対する国際運動を行った。小泉政権時の2004年から2005年にかけては、靖国問題や歴史教科書問題や竹島問題を理由とした日本に対する抗議デモの影響により、韓国側が民間交流行事をキャンセルする事態がいくつか発生し、その後もソウルの日本大使館前で韓国人の老人が焼身自殺を図ったり、安倍晋三首相の写真や人形に火をつける過激なデモが発生している。

2010年代に入っても韓国の要人が歴史問題に関して日本を非難する発言を繰り返しており、2013年3月に朴槿恵大統領が日韓関係について「加害者と被害者という歴史的立場は1000年の歴史が流れても変わらない」[146]、2015年4月には柳興洙駐日本韓国大使が「加害者は100回謝罪しても当然。何回したかは関係ない」[147]、2015年に韓国与党セヌリ党の金乙東（キム・ウルドン）最高委員が「日王（天皇）はひきょうにも命乞いして生き残った」と述べ[148]、2019年2月に文喜相国会議長が明仁天皇を「戦争犯罪者の息子」と呼ぶなどしている（後述）。

2013年1月、韓国は日韓間で締結した犯罪人引渡し条約を無視して、靖国神社に放火した刑事犯の中国人の日本への引渡しを拒否して、「政治犯」として中国に送還した。これに対して安倍晋三首相は抗議声明を発表した[149]。同年3月11日、韓国は日本政府主催の東日本大震災二周年追悼式を中国とともに欠席した[150]。

2015年、産経新聞ソウル支局長名誉毀損起訴事件などを受けて、日本の外務省は韓国について「報道の自由」などに疑念があるとし、2014年版外交青書にあった「自由、民主主義、基本的人権などの基本的な価値を共有する」という表現を2015年版外交青書では削除した[151]。

2017年9月、平昌オリンピック（冬季）公式ホームページ内の世界地図に日本が存在しない画像が使用[152][153] され日本政府から是正を求められた。平昌オリンピック組織委員会はデータ移行での不備と釈明し修正された[154]。

2000年代以降、韓国政府が日本の国際的地位を失墜させることを目的とした『ディスカウント・ジャパン運動』を行っており、VANKなどの民間団体を強力に後援しながら、世界に向けて日本を貶める対日宣伝工作活動を行っている[155]。

韓国側が行っているさまざまなディスカウント・ジャパン運動、全米各地への慰安婦像の建立、軍事情報包括保護協定締結の突然のキャンセル、日韓犯罪人引き渡し協定を無視しての中国人靖国神社放火犯の引き渡し拒否、対馬の盗難仏像の返還拒否、韓国三大紙中央日報の東日本大震災時の「日本沈没」報道や「原爆は神の懲罰」コラム、大統領の竹島上陸と天皇謝罪要求など、韓国側の反日的な動きが活発になっているが（後述）、この原因として、中国の国力の増大と日本の国力の低下により、韓国が伝統的に持つ「従中卑日」の小中華思想が強くなって先祖返りしていることが原因であると専門家から分析されている[156]。またこれを裏づける証言として、竹島に上陸した李明博が日本の国力が落ちたことに言及している[157]。

以後に2000年代以降の日韓関係をわかりやすく項目ごとに記述する。
徴用工訴訟問題に関する関係
詳細は「徴用工訴訟問題」を参照2018年10月に韓国大法院が、1965年の日韓請求権協定に基づいた両国間での長年にわたって続いてきた政治的合意を覆し、日本への個人請求権を認める判決を下した。これにより日韓関係が極度に悪化し、1965年の日韓国交正常化以降で最悪といわれるまでの状況になった。
慰安婦問題に関する関係
韓国政府は、日本軍慰安婦は日本軍により組織的に拉致・監禁・強姦された「性奴隷」だったとして、日本への謝罪と賠償を求める運動を世界各国で行っており[158][159][160][161][162]、その結果、世界各国の議会で対日謝罪要求決議が可決され[158][163]、米国の複数の公共施設で韓国人によって当事国であるアメリカ軍慰安婦[164] や韓国軍慰安婦[165] ではなく、第三国である日本軍の慰安婦を対象とした追慕碑の設置が行われる事態となっている[117][118]。2011年には、韓国の市民団体が駐韓日本大使館正面に13歳の少女慰安婦と称する像を建立し[166]、訪日した李明博大統領が野田佳彦首相に対し、日本国が韓国の求める誠意を示さない限りさらなる銅像の建立がなされるとする強要を行った[167]。また、大韓民国女性家族部が韓国漫画映像振興院や漫画家と協力してアングレーム国際漫画祭で日本を非難する慰安婦の漫画を出展し、世界各国で慰安婦写真展を開催し、ユネスコの世界記憶遺産に慰安婦の証言録を登録することを企画している。さらに、訪韓外国人観光客に韓国の歴史認識に基づいたパンフレットを配るなどして日本の「不当性」を知らしめる運動も企画している[155]。これと同時に、韓国政府は政府見解に反し日本軍慰安婦が自発的な売春婦であったことを公に発する国民に対しては検挙するなどして言論統制を行っており[168]、慰安婦の自発的売春や日本の朝鮮半島統治による恩恵の存在、竹島に対する日本の領有権を主張をしているブログや掲示板などの「親日賞賛サイト」の記述を、放送通信審議委員会の指示の下で強制的に削除したり接続を遮断している[169]。2015年12月28日、日韓政府の間で日本軍の従軍慰安婦問題を最終かつ不可逆的に決着させることを目的とした、慰安婦問題日韓合意が結ばれた。しかし、2017年5月に文在寅政権が発足するとこの合意を覆そうとする動きが活発になった。