地上駅。東海旅客鉄道（JR東海）東海道新幹線および、鳥飼車両基地に沿う広い構内を持つ。

コンテナホームは3面、荷役線は6本設けられている[10]。着発線はホームの北東に4本敷設され、ここから単線の貨物線が吹田貨物ターミナル駅へ伸びている[10]。仕分線が2本設けられており、予備のコキ車が留置されている。また駅の北側を流れる安威川の北岸から、東側へ向かって分岐し大阪府中央卸売市場へ向かう専用線があったが、現在は休止扱いになっており使用されていない。コンテナホームの終端側には、当駅の駅舎と、通運事業者が入居する事務所棟が設けられている[10]。

コンテナホームの北東側には、線路に並行する形でコンテナの検修庫が設置されている[10]。コンテナの検修業務や構内の入換業務（機関車の運転も含む）はJR貨物グループのジェイアール貨物・西日本ロジスティクス（元関西フレートサービス→ジェイアール貨物・関西ロジスティクス）に委託されており[11]、構内には同社の入換機関車の検修庫も設けられている[10]。荷役はフォークリフト方式である。1972年の時点では橋型クレーンの導入が計画されていたが、石油危機による景気停滞のため見送られた[3]。ただし、将来的に当駅のウェイトが大きくなった場合はクレーン荷役の採用は可能とされている[3]。
構内入換業務DE10 1082（構内入換機、2020年6月引退[12]）

当駅の構内入換業務は、開業当初から入換機関車の運行を含めて外部委託とされており、受託事業者の関西フレートサービスは国鉄からDD13形6次車2両（102・103）を譲受しDD55-1・2と附番して業務を開始した[13]。その後DD55の老朽化に伴い、置き換えのため1992年（平成4年）にJR西日本からDE10 1067を、1994年（平成6年）にはJR四国からDE10 1014を譲受し、同番号のままで使用した[14]。最終的には元JR貨物のDE10 1082[14]の1両使用となった[12]。