2004年4-10月に行われた約4950件の残業が不適切だったことが明らかとなり、 大阪地検特捜部が、詐欺や虚偽公文書作成などの容疑などで、本格捜査に乗り出す方針を固めたという[6]。

2005年2月、大阪市職員に対して、「公費約300億円から、条例にないヤミの退職金や年金が支給されていた」「約100億円に上る、職員の生命共済の掛け金を全額税金で支払っていた」ことが発覚した後、大阪市民から「税金泥棒! 大阪市民に謝罪せえ」「市役所は大阪市から出ていかんかい」といった抗議の電話がかかり続けていた。しかし、大阪市職員は「どんどん福利厚生や手当がなくなって小遣いが減る。これからホンマに『スーツの支給』が必要になるんちゃうかな」と懲りていなかったという[8]。

2005年3月30日、「勤務実態がないのに残業手当を受け取った」市職員6331人に対し、処分を下したが、大半は文書訓告や口頭注意に留まり、「大阪市役所の身内に甘い」と指摘される体質が浮き彫りになった報じられた[9]。

2008年2月12日、大阪市職員が、カラ残業への協力を拒んだ同僚に暴行を加え、傷害容疑で逮捕された事件が発生し、カラ残業の全庁調査が行われた[10]。

2008年6月、裏金として4億7900万円が認定された。しかし、大阪市役所は、「職員の個人名義の口座で資金を管理するなど手続きの不適正さは認めながら、裏金ではない」と報告書において、結論付けたという[11]。
2010年以降

2012年1月、市職員が、2011年大阪市長選挙において、平松邦夫を応援する打ち合わせメールを、業務用メールで送っていたが判明。また、市議らが、職員採用で口利きをしていた疑いが新たに判明した。市議や組合役員の名前を消した跡が、採用時の履歴書から多数見つかったという[12]。
大阪市役所の学閥について

第18代大阪市長の平松邦夫は、大阪市役所に京土会の学閥があったと語っている。

平松は「役所の計画調整局に関係する事業でも、建設局や港湾局に関係する事業でも、何でこんなものを造ったのかと思うものは、ほとんど京土会が造ってきたからだ。山ほど不要なものを造り、負の遺産として残っている。お金がいっぱいあったときは、埋めたら土地が売れた。こうした流れの中で、市役所内で実力者になってしまった方が何人かいた。土木系の副市長は歴代必ずいたが、私は建築系の人に変えた。流れを一度止めるためだ。」と述べている[13]。

しかし、2023年現在でもなお土木技術職の副市長、建設局長、大阪都市計画局長といった最高幹部クラスのポストは京土会出身者で占められている[14][15]。
脚注[脚注の使い方]^ ⇒大阪市市政　職員の任免及び職員数の状況
^ “1 職員の任免及び職員数の状況”. 大阪市. 2022年4月28日閲覧。
^ 大阪市の全組織
^ ⇒大阪市：平成30年4月1日に、大阪市交通局は民営化しました。 （…>交通>お知らせ）
^ 一ノ宮美成 (2006). 大阪・役人天国の果てなき闇. 講談社. p. 127?128. .mw-parser-output cite.citation{font-style:inherit;word-wrap:break-word}.mw-parser-output .citation q{quotes:"\"""\"""'""'"}.mw-parser-output .citation.cs-ja1 q,.mw-parser-output .citation.cs-ja2 q{quotes:"「""」""『""』"}.mw-parser-output .citation:target{background-color:rgba(0,127,255,0.133)}.mw-parser-output .id-lock-free a,.mw-parser-output .citation .cs1-lock-free a{background:url("//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/6/65/Lock-green.svg")right 0.1em center/9px no-repeat}.mw-parser-output .id-lock-limited a,.mw-parser-output .id-lock-registration a,.mw-parser-output .citation .cs1-lock-limited a,.mw-parser-output .citation .cs1-lock-registration a{background:url("//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/d/d6/Lock-gray-alt-2.svg")right 0.1em center/9px no-repeat}.mw-parser-output .id-lock-subscription a,.mw-parser-output .citation .cs1-lock-subscription a{background:url("//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/a/aa/Lock-red-alt-2.svg")right 0.1em center/9px no-repeat}.mw-parser-output .cs1-ws-icon a{background:url("//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/4/4c/Wikisource-logo.svg")right 0.1em center/12px no-repeat}.mw-parser-output .cs1-code{color:inherit;background:inherit;border:none;padding:inherit}.mw-parser-output .cs1-hidden-error{display:none;color:#d33}.mw-parser-output .cs1-visible-error{color:#d33}.mw-parser-output .cs1-maint{display:none;color:#3a3;margin-left:0.3em}.mw-parser-output .cs1-format{font-size:95%}.mw-parser-output .cs1-kern-left{padding-left:0.2em}.mw-parser-output .cs1-kern-right{padding-right:0.2em}.mw-parser-output .citation .mw-selflink{font-weight:inherit}ISBN 978-4-062-13723-2 
^ a b “大阪市職員厚遇　カラ残業「悪質」公金詐取容疑　刑事責任追及へ”. 毎日新聞. (2005年1月27日) 
^ 一ノ宮美成 (2006). 大阪・役人天国の果てなき闇. 講談社. p. 114. ISBN 978-4-062-13723-2