なお、8番のりばと9番のりばは同じ線路を共有しており、特急とそれ以外の種別で使用ホームを分けている（特急到着時は8番のりばを降車、9番のりばを乗車用として使う。それ以外の種別到着時はこの逆）。

9番のりばは、2019年1月現在近鉄で最大のホーム番号である（2015年3月31日までは、近鉄四日市駅の10番のりばが近鉄で最大のホーム番号だった[注 3]）。

2024年のダイヤ改正施行後は後述の大阪・関西万博開催によるバスターミナル整備による改修のため、3番線は廃止されたことで欠番となり、地上大阪ホームは4?9番線での運用となった。

地上ホームは「近鉄百貨店の建物内」の扱いになっているので、特急車両の喫煙ルーム（2024年3月1日廃止）は地下・地上問わず使用できなかった。

地上（大阪線）ホーム

地下（奈良線）ホーム

地上改札口

自動化される前の改札も残されている地下西改札口

地上コンコース

地下にある近鉄百貨店との連絡改札口

近鉄本社

配線図

近鉄 大阪上本町駅 - 布施駅間 構内配線略図 ←
難波線
大阪難波・尼崎・
神戸三宮方面 →
奈良線
生駒・大和西大寺
・奈良方面
↓ 大阪線
大和八木・伊勢中川・
賢島・名古屋方面
凡例
出典:[4]、[5]
画像左より大阪上本町・鶴橋・今里・布施の各駅
■：奈良線、■：大阪線、▲：難波発着の大阪線特急のルート
白線クロスハッチは降車専用ホーム
布施駅の赤実線内（4階）は赤破線内（3階）の直上
鶴橋駅ホーム上を大阪環状線がオーバークロスしているが本図では省略した。

歴史旧大軌ビルディング

開業時の駅は現在よりも北にあった[6]。駅前には大阪市電が走り、上本町六丁目電停から九条高津線で大阪ミナミの繁華街へ、上本町線で四天王寺、さらには大手前上本町線・谷町寝屋川線経由で大坂城や大阪府庁へと、大阪市街の東玄関として抜群の立地を誇っていた。

1926（大正15）年、駅前の道路拡張に伴い上本町駅は南側に移転する。この時に武田五一・片岡安の設計による日本初の駅ビル[7]が建設され、大阪市内の一大ランドマークとなった。当初は食堂や貸店舗・本社事務所などが入居していたが、1931（昭和6）年には増改築の上、ここに大軌百貨店をオープンさせた。これはのちに近鉄百貨店上本町店となり、現在まで営業を続けている。駅ビルは戦後、難波線建設に伴う駅改装工事により建て替えられた。

難波線開業に伴い上本町駅の地位は相対的に低下、2004年には近鉄劇場が閉鎖している。その後近鉄は、難波にあった新歌舞伎座を近鉄劇場跡に誘致し、2010年8月に新歌舞伎座・商業施設とオフィスからなる複合ビル「上本町YUFURA（ユフラ）」を建設してテコ入れを図っている[8]。
構内配線の変遷

※ 歴代上本町駅の鉄道配線略図の変遷（注意・巨大画像 図幅600px、7画像）を表示するには、右の [表示] をクリックされたい。　

第1期 1926年（大正15年）9月以前の大阪電気軌道上本町駅の配線 →
奈良方面
凡例
出典:以下を参考に作成。
* 近畿日本鉄道編集、「近畿日本鉄道 50年のあゆみ」、84・85頁、「上本町駅変遷図」、1960年。
※本図は1926年（大正15年）9月の移転前の配線であり、駅開業時の配線とは異なる部分がある。
白線クロスハッチは降車専用プラットホーム、青色は貨物用ホーム。

第2期 1926年（大正15年）9月移転時の大阪電気軌道上本町駅の配線 →
奈良 方面
凡例
出典:以下を参考に作成。
* 近畿日本鉄道編集、「近畿日本鉄道 50年のあゆみ」、84・85頁、「上本町駅変遷図」、1960年。
※白線クロスハッチは降車専用プラットホーム、青色は貨物用ホーム。

第3期 1930年（昭和5年）10月時点の大阪電気軌道上本町駅の配線 →
奈良・宇治山田
方面
凡例
出典:以下を参考に作成。
* 近畿日本鉄道編集、「近畿日本鉄道 50年のあゆみ」、84・85頁、「上本町駅変遷図」、1960年。
* 近畿日本鉄道編集、「近畿日本鉄道 100年のあゆみ - 1910?2010」、154頁図3-6 「上本町駅配線の変遷
（昭和5?14年）」、2010年。
※白線クロスハッチは降車専用プラットホーム、青色は貨物用ホーム。

第4期 1933年（昭和8年）12月時点の大阪電気軌道上本町駅の配線 →
奈良・宇治山田
方面
凡例
出典:以下を参考に作成。
* 近畿日本鉄道編集、「近畿日本鉄道 50年のあゆみ」、84・85頁、「上本町駅変遷図」、1960年。
* 近畿日本鉄道編集、「近畿日本鉄道 100年のあゆみ - 1910?2010」、154頁図3-6 「上本町駅配線の変遷
（昭和5?14年）」、2010年。
※6番線ホームを6両編成用へ延伸。
※白線クロスハッチは降車専用プラットホーム、青色は貨物用ホーム。

第5期 1939年（昭和14年）10月時点の大阪電気軌道上本町駅の配線 →
奈良・宇治山田
方面
凡例
出典:以下を参考に作成。
* 近畿日本鉄道編集、「近畿日本鉄道 50年のあゆみ」、84・85頁、「上本町駅変遷図」、1960年。
※紀元2600年奉祝の利用増を見越して、6両編成対応の7番線増設。
※白線クロスハッチは奈良線降車専用プラットホーム、青色は貨物用ホーム。

第6期 1951年（昭和26年）12月時点の近畿日本鉄道上本町駅の配線 →
奈良・
宇治山田
方面
凡例
出典:以下を参考に作成。
* 近畿日本鉄道編集、「近畿日本鉄道 50年のあゆみ」、84・85頁、「上本町駅変遷図」、1960年。
* 近畿日本鉄道編集、「近畿日本鉄道 100年のあゆみ - 1910?2010」、241頁図5-4 「改良工事前後の上本町駅」
および242頁図5-5 「改良工事前後の上本町・布施間」、2010年。
※7番線新設。
※白線クロスハッチは奈良線降車専用プラットホーム、青色は貨物用ホーム。

第7期 1956年（昭和31年）12月8日時点の近畿日本鉄道上本町駅の配線 →
奈良・宇治山田
方面
凡例
出典:以下を参考に作成。
* 近畿日本鉄道編集、「近畿日本鉄道 100年のあゆみ - 1910?2010」、241頁図5-4 「改良工事前後の上本町駅」
および242頁図5-5 「改良工事前後の上本町・布施間」、2010年。
※降車用ホームと出発・到着線の立体交差を廃止、9面８線へ。■貨物ホームを600m鶴橋方へ移設。
※上本町1号踏切を廃止、立体交差化。大阪線優等列車出発時の上り線一部区間逆走も解消。
■：1-4を奈良線、■：5-8を大阪線ホームとし完全分離。奈良線に1線、大阪線に2線の引上線を新設。
布施駅まで線路別複々線化し、大阪線のみ1500Vへ昇圧。

開業時は発着線2本をホーム3面が挟むシンプルな構成で、中央を乗車ホーム、両側を降車ホームとしていた[6]。

1926（大正15）年の移転時に完成した駅は、出発線と到着線が立体交差しており、出発列車と到着列車の相互支障が生じないよう工夫されていた。櫛形ホーム手前には降車ホームがあり、ここで乗客を降ろしたあと乗車ホームに入線していた[6]。

1930（昭和5）年には、参宮急行電鉄（大軌の子会社で直通運転先）が山田駅まで開通するのに備え、3両編成用の発着線を2線新設した[6]。