出産時に体調が悪かった柳原愛子はヒステリーを起こし、かつ難産となり、嘉仁親王は全身に発疹がある虚弱状態で生まれた[9]。明治天皇の外祖父の中山忠能が皇子御世話に任命され、漢方医の浅田宗伯、今村了庵、岡桐蔭が治療にあたった[10]。しかし9月から11月にかけて断続的な嘔吐や痙攣（けいれん）などに襲われ、かなり危険な状態に陥った[11]。
少年時代1892年（明治25年）、13歳当時の皇太子・嘉仁親王合田清作銅版画 「大正天皇」1900年
伝統に従い里子として12月に中山忠能邸に移る。しかし、忠能とその妻・愛子は嘉仁親王の養育に全く役に立たず、実の祖母であり、当時中山邸に住んでいた中山慶子を中心に親王の養育が行われた。慶子は「第二の御奉公」として親王の世話に没頭したが、親王の健康はなかなか良くならなかった。主治医となった浅田宗伯と慶子が相談し、強い漢方薬を頭に貼る荒療治を行った結果、体調が改善し、3歳になりようやく歩けるようになった[12]。
1883年（明治16年）から勘解由小路資生を宮内省御用掛として『幼学綱要』などの講読や習字を開始する[13]。1885年（明治18年）3月、中山邸から青山御所赤坂仮皇居内の新御殿に移った[14]。小学校入学の年齢になっても病気がちのため、青山御所内に御学問所を作り個人授業を行うこととなり、湯本武比古が傅育官（教育係）に任命された[15]。しかし規則に縛られることを嫌う性格から、授業の内容が気に入らないと授業そのものを投げ出してしまうことがあった[16]。
1887年（明治20年）8月31日、満8歳になったのを機に儲君かつ、美子皇后の実子と定められる[17]。同年9月から学習院予備科（のちの初等科）に通い始めた[18][注釈 1]が、1888年（明治21年）は病気がちで、4月から百日咳にかかり学校を3か月休み留年した。この頃の学業成績は、修身・読書・作文・実物（理科）・習字・遊戯（体育）が概ね良好だった一方、唱歌は平均的で、数学は良くなかった[20]。
皇太子時代1890年、皇太子嘉仁親王、飛鳥山公園
1889年（明治22年）2月、青山御所から赤坂離宮内の東宮御所（「花御殿」と呼ばれた）に移る。同年11月3日に立太子礼が行われ皇太子になるとともに、陸軍歩兵少尉に任官[21]、大勲位菊花大綬章を与えられた[22]。立太子後、皇太子の教育体制は軍事色が強まり、1891年（明治24年）には東宮武官長が設置され奥保鞏陸軍少将が就任し、奥は翌年1月に東宮大夫も兼務。身の回りの世話から女官が排除されたが、軍人に囲まれる生活で皇太子は次第に精神的・肉体的に不安定となっていった[23]。
1891年11月、軍事教育が遅れていることから中尉への昇進が翌年11月へ延期となる。なおその後は規定年限に沿って昇進した[24]。1893年（明治26年）学習院初等科を卒業し、中等科へ進学[24]。しかし1894年（明治27年）8月、病弱で勉学が遅れている皇太子をそのまま進学させると劣等感が強まり、君主にふさわしい性格を育成できなくなると判断され[24]、中等科1年修了をもって学習院を退学した[注釈 2][25]。
明治20年代後半から皇太子の静養を目的に各地に御用邸（沼津御用邸（1893年築）、葉山御用邸（1894年築）、日光田母沢御用邸（1899年築）、塩原御用邸（1904年築））が建てられ、以後、これらの御用邸に長期滞在するようになる[26][27]。
1895年5月には、風邪、腸チフスに罹り、さらに軽い肺結核で重体になり、11月まで寝込む[28]。この頃、柳原愛子を乳母だと思っていた皇太子は彼女に厳しくあたり、実母であると明かされても、なかなか信じようとはしなかった[29]。
皇太子の勉強の遅れを取り返すため、1895年以降、国学（和歌・作文・歴史・地理）を担当する本居豊穎、漢学（漢詩・漢文）を担当する三島中洲が東宮職御用掛、次いで東宮侍講となった[30]。このほかフランス人フランソワ・サラザン、三田守真がフランス語を講義した[31]。ほぼ休みなく詰め込み教育が行われたが、それが皇太子の健康を悪化させるという悪循環が繰り返された[32]。
1898年（明治31年）、第3次内閣を組閣した伊藤博文は、皇太子に関し、健康増進を最優先としながらも政治や軍事などの見識を持たせるため、適当な人物を監督役や側近とするよう明治天皇に進言した。これを受け大山巌が東宮職監督に、明治天皇の信任が厚かった有栖川宮威仁親王が東宮賓友に任じられた[33][34]。さらに翌1899年（明治32年）5月、威仁親王は東宮輔導となり皇太子養育の全権を与えられると、それまでの詰め込み教育を改め健康第一へと転換させた[35]。
結婚「貞明皇后」も参照東京国立博物館表慶館
皇太子妃選びには明治天皇の側近であり、昌子内親王、房子内親王の養育主任であった[36]佐佐木高行が大きくかかわっていた。
