さらに翼賛会への補助金交付を契機として「大政翼賛会違憲論」が収まらず、議論が続いた[注釈 3]。1941年（昭和16年）1月に開かれた第76回帝国議会および2月6日の貴族院予算総会において、近衛が現状の大政翼賛会に憲法上の問題があることを事実上認めた。続いてもともと「幕政論批判」を踏まえていた内務大臣平沼騏一郎（元首相）も治安警察法上の「政事結社」ではなく「公事結社」であり、「政治結社」の大政翼賛会は「衛生組合の如きもの」と答弁した[注釈 4]。この認定を契機として政治活動が禁じられ、衆院唯一の会派「衆議院倶楽部」は解散。所属衆院議員全員が無所属となる異常事態となった。

同年4月1日、革新派の反対を抑えて翼賛会の改革案が提示され、直後に国民組織・政治団体化を目指していた近衛側近の有馬頼寧事務総長・後藤隆之助組織局長らが辞任（第1次改組）、翌1942年5月15日、閣議で大政翼賛会改組を決定（各種国民運動を傘下に入れ、町内会・部落会などの指導強化）、6月には岸田国士文化部長らが去った（第2次改組）。第1次改組後、新設された副総裁に国務大臣の柳川平助、組織局長には内務省出身の挟間茂が就任し、1942年6月9日に副総裁安藤紀三郎が国務大臣として入閣し、次第にその性格は内務省の官僚や警察官僚に牛耳られて、政府の施策に側面から協力していく補完的・行政組織的なものに変質していった。そして総裁を首相が、道府県支部長を道府県知事がそれぞれ兼任することとなった。

ドイツのナチス党による一党独裁制とはやや異なる様相を示したものの、総裁による衆議統裁に重きを置くなど、類似する点も存在した。
組織

発足時　　 - 1940年（昭和15年）10月?：総務局、組織局、政策局、企画局、議会局

第一次改組 - 1941年（昭和16年）04月?：総務局、組織局、東亜局

第二次改組 - 1942年（昭和17年）06月?：総務局、錬成局、実践局、興亜局、調査局

第三次改組 - 1943年（昭和18年）10月?：総務局、国民運動局、団体局、宣伝本部、食糧生産本部、興亜総本部

法曹関連団体

国本社 - 1921年に大審院長平沼騏一郎、弁護士太田耕造・竹内賀久治、憲法学者上杉慎吉・天野辰夫、官吏の田辺治通らが設立した政治団体・教化団体・実行団体。会員数は1932年に全国で20万人。

大日本興国同志会 - 1927年11月、国本社幹部の弁護士綾川武治（のち大政翼賛会の埼玉県支部事務局長）が日本新聞社の助成を受けて設立した政治団体。

関連団体「閉鎖機関」、「過度経済力集中排除法」、「報国会」、および「内閣情報局」も参照

大日本武徳会 - 1895年設立の団体[注釈 5]。1941年4月に改組され、会長に東條英機首相が就任し、大日本学徒体育振興会、講道館、日本古武道振興会（初代会長は元司法大臣小山松吉）、大日本剣道会（会長は菱刈隆陸軍大将）、皇武会を統制した。

大日本婦人会 - 1901年結成の愛国婦人会、1931年設立の大日本連合婦人会、1932年に発足の大日本国防婦人会が合併し、1942年2月に結成された。

統制会社等 - 1931年の重要産業統制法に基づくカルテル団体や会社が、国家総動員法及び1941年12月の重要産業団体令の団体指定により統制会となった。

国民精神総動員中央連盟 - 大政翼賛会の前身となった団体。日中戦争の勃発を受けて1937年に設立。1940年10月に大政翼賛会に改組。

全国金融統制会 - 1940年9月設立の全国金融協議会が、1942年4月の金融統制団体令により統制会となったもの。業種別統制会として損害保険業界では損害保険統制会（旧日本損害保険協会）、貸金業界では無尽統制会（元は全国無尽中央会）が設立。

大日本産業報国会 - 1940年11月に全国労働組合同盟と日本労働総同盟を解散させ、労働組織として設立された。初代理事は大日本武徳会幹部の湯沢三千男。同年に商業報国会と海運報国団、棋道報国会を設立。1941年に国鉄奉公会と逓信報国団を設立[注釈 6]。1942年5月に大政翼賛会の監督下に入る。

大日本宗教報国会 - キリスト教、神道、仏教が合同で1941年5月に結成。6月に日本基督教団が結成され、同年12月に大東亜戦争完遂宗教翼賛大会、1942年2月に大詔奉戴宗教報国大会を開催し、同年4月に興亜宗教同盟を結成。1944年9月に大日本戦時宗教報国会となった[18]。

学校報国隊 - 1941年8月の文部省「学校報国団体制確立方」により全国に設立。1943年6月東条内閣の「学徒戦時動員体制確立要綱」により学徒勤労動員に徴用されるようになった。

大日本翼賛壮年団 - 翼賛選挙推進を目的として1942年1月に霞が関に本部が組織された全国団体。1945年3月に国民義勇隊に合併。一部が分離して翼壮議員同志会となった。

翼賛政治体制協議会（翼協）- 同年2月に結成。6月に大政翼賛会に統合。

普通銀行統制会 - 1942年4月の金融統制団体令により5月に発足[19][注釈 7]。

日本文学報国会 - 1942年5月に徳富蘇峰が結成[20]。同年12月には大日本言論報国会となった。

農業報国会、商業報国会、日本海運報国団、大日本青少年団 - 1942年6月に大政翼賛会に統合。

大政翼賛会興亜総本部 - 1942年6月に設置。

商工経済会 - 1943年3月11日、商工経済会法により、商工会議所（商工会議所法）を清算させ資産を引き継いで設立された統制団体。

朝鮮文人報国会 - 1943年4月に結成。

日本野球報国会 - 日本野球連盟が1944年から1945年まで改称したもの。

国民義勇隊 - 1945年3月、閣議決定により大政翼賛会・大日本翼賛壮年団・大日本婦人会を吸収して設置された戦争組織[21]。続く5月には大日本青少年団、大日本商業報国会、農業報国会も吸収された[22]。

議員団体

翼賛議員同盟 - 1941年9月に結成された帝国議会の院内会派。1942年5月に翼賛政治会に改組。一部は分離して翼賛政治会となった。

翼賛政治会 - 1942年5月に設立。1945年3月に改組して大日本政治会となった。

翼壮議員同志会 - 1945年3月に結成された、大日本翼賛壮年団の出身議員の団体。

歴代総裁一覧

大政翼賛会総裁代総裁在任期間
1近衛文麿
1940年（昭和15年）10月12日 - 1941年（昭和16年）10月18日
2東條英機
1941年（昭和16年）10月18日 - 1944年（昭和19年）7月22日
3小磯国昭