JR線4路線がある。私鉄や第三セクター鉄道は存在しないが、別府市に近畿日本鉄道（近鉄）グループの近鉄別府ロープウェイが運営するロープウェイ別府ロープウェイ線と、岡本製作所が運営するケーブルカー別府ラクテンチケーブル線の2路線がある。また、九州地方で新幹線が通らない県は当県と宮崎県だけである。県内の普通列車の本数は別大都市圏を除いて毎時1本以下となっている。

九州旅客鉄道（JR九州）

日豊本線、久大本線、豊肥本線、日田彦山線


ラクテンチ

別府ラクテンチケーブル線


別府ロープウェイ

別府ロープウェイ線

過去の鉄道路線（廃線）

日本国有鉄道（国鉄）

宮原線（1984年（昭和59年）廃止）

日豊本線大分港臨港線（1984年（昭和59年）廃止）


大分交通

大分交通耶馬渓線（1975年（昭和50年）廃止）

大分交通別大線（1972年（昭和47年）廃止）