園内の各墓標は「区」「種」「側」「番」により特定される。墓域は1区から26区までの「区」に分けられており、正門付近を1区、その西隣を2区として、千鳥式坪並で番号が振られている。ただし、1939年に拡張された区域（22区以降）については、北から順番に付番されている。各区内には「種」があり、概ね園内道路に面した部分が1種、それ以外が2種となるほか、7区にのみ特種が存在する（名誉霊域）。更に墓標の並びをそれぞれ「側」とし、墓標のひとつを「番」として区別する[6]。
門は正門、東門、小金井門（敷地北西側）、北門、西門があるほか、後述するバス通りやその他歩行者用出入口からも出入可能である。園内路は基本的に開園時間であれば車両通行可能で、来園の際も園内の任意の場所に駐車できる。ただし、園外から自動車の出入が可能なのは、正門と小金井門、およびバス通りと大廻りの交差点に限られる[6]。
園内の道路名称は、以下の通り。公道はバス通りのみである。
大廻り東通り、大廻り西通り - 園内を周回する道路。バス通りを境に東西で名称が分かれる。後述の1号通りより南側、4号通りより北側を通る。園内の車両通行路としては、大廻り東通りが最東端にあたる。
みたま堂・壁墓地通り - 正門から13区を斜め方向に結ぶ道路。北西端（大廻り西通りと西3号通りの交差点）付近に壁墓地、南東端（正門前）付近にみたま堂がある。
東1号?4号通り、西1号?4号通り - 東西方向の道路。最も南にあるのが1号通りで、バス通りを境に東西で名称が分かれる。東/西2号通りが東門と西門を結ぶ。西3号通りの壁墓地付近は、しだれ桜並木になっている。
名誉霊域通り - 正門から北に向かって延びる道路。沿道に名誉霊域（7区特種）があり、北側は忠霊塔で終点となる。
バス通り - 園内を南北に貫く公道で、東八道路と敷地南沿の市道を結ぶ。全区間に渡って京王バスの路線が通っており、1号通りとの交差点に「霊園南七号地」バス停、3号通りとの交差点に「霊園中央二十号地」バス停がある[7]。
公園通り - バス通りと大廻り東通りの間を南北に通る道路。西2号通りとの交差点（5区）に公園がある。
壁墓地通り - 大廻り東通りの東側を南北に通る道路。西3号通りとの交差点付近に壁墓地（13区）がある。北門に接する。
せんげんやま通り - 西1号通りとの交差点（26区・浅間山）から北進、北門付近で壁墓地通りと交差後東進し、小金井門ロータリーで終点となる道路。
埋葬されている著名人等東郷平八郎、山本五十六、古賀峯一の墓がある名誉霊域
埋葬者の絶対数が多いため、先述のとおり著名人の埋葬者も多い。東郷平八郎・山本五十六・古賀峯一の3名（共に元帥海軍大将・連合艦隊司令長官）は名誉霊域（7区 特種）に埋葬されている。
以下の「区・種・側・番[8]」は、墓所の詳細な位置を示している。
あ行
青木達之（音楽家） 8区 1種 14側
赤塚自得（蒔絵師） 11区 1種 25側 28番
浅沼稲次郎（政治家） 18区 1種 3側 12番
東龍太郎（医学者・官僚・東京都知事） 16区 1種 13側 17番
麻生良方（政治家） 9区 1種 13側
阿南惟幾（陸軍大将） 13区 1種 25側 5番
阿南惟正（実業家） 13区 1種 25側 5番
アブデュルレシト・イブラヒム（タタール人ウラマー・ジャーナリスト） 外国人区 1種 別後側
阿部眞之助（評論家） 20区 1種 52側 14番
天野為之（経済学者・政治家） 9区 1種 9側 1番
鮎川義介（実業家・政治家） 10区 1種 7側 1番
有島武郎（小説家） 10区 1種 3側 10番
有田八郎（外交官・政治家） 9区 1種 1側 2番
李垠（李王家供養塔） 22区 1種 6の2側
石井照久（法学者） 21区 1種 7側
石井筆子（教育者・社会事業家） 8区 2種 13側 1番
石井亮一（教育者・社会事業家） 8区 2種 13側 1番
石坂泰三（財界人・第2代経済団体連合会会長） 13区 1種 1側 9番
石坂洋次郎（小説家） 21区 1種 1側 1番
石橋幹一郎（実業家） 9区 1種 7側 2番
石橋正二郎（実業家） 9区 1種 7側 2番
石原吉郎（詩人）11区 1種 16側 17番
石渡荘太郎（政治家） 11区 1種 10側 2番
一戸兵衛（陸軍軍人） 7区 1種 13側 9番
伊藤真乗（宗教家） 22区 1種 27側 5番
井上成美（海軍大将） 21区 1種 3側 18番
井下清（造園家） 8区 1種 18側 18番
井深大（実業家） 17区 1種 8側 7番
入江たか子（女優） 13区 1種 45側 20番
岩崎俊弥（実業家） 3区 1種 15側 56番
巖谷小波（児童文学者・俳人） 12区 1種 2側 18番
岩谷莫哀（歌人） 2区 1種 2側 19番
上杉慎吉（憲法学者） 3区 1種 3側 9番
上田貞次郎（経済学者） 19区 1種 10側 3番
上原謙（俳優） 2区 2種 11側 2番
植村環（宗教家） 1区 1種 1側 8番
植村正久（宗教家） 1区 1種 1側 8番
宇垣一成（陸軍大将） 1区 1種 1側 8番、6区 1種 12側 1番
内田康哉（外交官・政治家） 11区 1種 1側 6番
内田魯庵（小説家） 12区 2種 1側 1番
内村鑑三（宗教家） 8区 1種 16側 29番
梅原龍三郎（洋画家） 5区 1種 7側 43番
海野十三（小説家） 4区 1種 25側
江戸川乱歩（小説家） 26区 1種 17側 6番
海老名弾正（宗教家） 12区 1種 7側 18番
大内兵衛（経済学者） 6区 1種 11側 11番
大岡昇平（小説家） 7区 2種 13側 22番
大川博（実業家） 15区 1種 2側 14番
大賀一郎（植物学者） 20区 1種 33側 15番
大久保一翁（政治家・東京府知事） 11区 1種 2側 3番
大下宇陀児（小説家） 18区 1種 12側
太田耕造（政治家） 22区 1種 44側 17番
大辻司郎（漫談家）[注釈 4] 20区 1種 20側 1番
大妻コタカ（教育者） 6区 1種 12側 2番
大平正芳（政治家・第68・69代内閣総理大臣） 9区 1種 1側 15番
小笠原長幹（貴族院伯爵議員） 2区 1種 4側 11番
岡田啓介（海軍大将・第31代内閣総理大臣） 9区 1種 9側 3番
岡田忠彦（政治家・衆議院議長） 15区 1種 1側
岡田嘉子（女優） 6区 1種 7側 53番
尾形藤吉（騎手・調教師） 10区 1種 10側
岡本一平（漫画家） 16区 1種 17側 3番
岡本かの子（小説家） 16区 1種 17側 3番
岡本太郎（画家） 16区 1種 17側 3番
小熊秀雄（詩人） 24区 1種 68側 32番
尾崎秀実（評論家・ジャーナリスト、ゾルゲ事件首謀者の1人） 10区 1種 13側 5番
小山内薫（劇作家・演出家・批評家） 5区 1種 1側 37番
音羽正彦（海軍少佐・朝香宮鳩彦王の第2皇子） 7区 1種 1側
尾上柴舟（詩人） 6区 1種 16側 23番
か行
貝谷八百子（バレエダンサー） 21区 1種 10側 8-2番
賀川豊彦（宗教家） 3区 1種 24側 15番
加倉井秋を（昭夫）（俳人・建築家） 26区 1種 37側
加倉井和夫（日本画家） 26区 1種 37側
加藤建夫（陸軍少将） 20区 1種 12側 19番
