外務省の内部組織は一般的に、法律の外務省設置法、政令の外務省組織令および省令の外務省組織規則が階層的に規定している。外務大臣を長とし、内部部局として大臣官房および総合外交政策局等の10局、審議会として外務人事審議会および海外交流審議会、施設等機関として外務省研修所、特別の機関として在外公館を設置する。
次官級以上のポスト
外務大臣（国家行政組織法第5条、法律第2条第2項）
外務副大臣（国家行政組織法第16条）（2人）
外務大臣政務官（国家行政組織法第17条）（3人）
外務大臣補佐官（国家行政組織法第17条の2）(1人)（必置ではない）
外務事務次官（国家行政組織法第18条）
外務審議官（法律第5条）（2人）
外務大臣秘書官
内部部局
大臣官房（政令第2条）
総務課（政令第18条）[注釈 6]
人事課
情報通信課
会計課
在外公館課
文化交流・海外広報課
儀典
外務報道官・広報文化組織
広報文化外交戦略課
報道課
文化交流・海外広報課
国際報道官
総合外交政策局
総務課（政令第30条）
安全保障政策課
経済安全保障政策室（規則12条8項）
国連企画調整課
国連政策課
人権人道課
軍縮不拡散・科学部
軍備管理軍縮課（政令第30条第2項）
不拡散・科学原子力課
アジア大洋州局
北東アジア第一課（政令第38条）
北東アジア第二課
中国・モンゴル第一課
中国・モンゴル第二課
大洋州課
南部アジア部
南東アジア第一課（政令第38条第2項）
南東アジア第二課
南西アジア課
北米局
北米第一課（政令第46条）
北米第二課
日米安全保障条約課
日米地位協定室
中南米局
中米カリブ課（政令第50条）
南米課
欧州局
政策課（政令第53条）
西欧課
中・東欧課
ロシア課
中東アフリカ局
中東第一課（政令第58条）
中東第二課
アフリカ部
アフリカ第一課
アフリカ第二課
経済局
政策課（政令第63条）
資源安全保障室（規則34条4項）
国際経済課
国際貿易課
経済連携課
国際協力局
政策課（政令第69条）
開発協力総括課
緊急・人道支援課
国別開発協力第一課
国別開発協力第二課
国別開発協力第三課
地球規模課題審議官組織
地球規模課題総括課
地球環境課
気候変動課
国際法局
国際法課（政令第79条）
海洋法室（規則43条1項）
国際裁判対策室
条約課
経済条約課
経済紛争処理課
社会条約官
領事局
政策課（政令第84条）
海外邦人安全課
旅券課
外国人課
国際情報統括官組織
国際情報統括官
国際情報官（4人、政令第89条）
現在の幹部
外務審議官（経済）：小野啓一
官房長：志水史雄
儀典長：島田丈裕
外務報道官：小林麻紀
総合外交政策局長：河辺賢裕
軍縮不拡散・科学部長：海部篤
アジア大洋州局長：鯰博行
南部アジア部長：加納雄大
北米局長：有馬裕
中南米局長：野口泰
欧州局長：中込正志