1982年（昭和57年）レフチェンコ事件発生。この事件は外務省を震撼させ、後のスパイ防止法案の審議や特定秘密保護法の制定に大きな影響を与えた。さらに、事件はソ連崩壊後に公開されたミトロヒン文書でも裏付けられている。

1993年（平成5年）に、総合外交政策局と国際情報局が新設された。

2001年（平成13年）4月に小泉純一郎が内閣総理大臣に就任し第1次小泉内閣が発足したとき、田中眞紀子議員（田中角栄元総理の長女）が外相に就任した。女性初の外相。田中外相は人事凍結方針を打ち出し、外務官僚がそれに反発、外務省は機密費流用問題、公金流用疑惑、裏金などの不祥事が続出し、田中外相は外務省を『伏魔殿』と呼び、外務省改革を唱えた。

以降、ことあるごとに田中外相と外務官僚の対立が続くようになった。田中外相は外務事務次官の任免を繰り返し、外務省改革を断行しようとするが、2001年（平成13年）9月11日発生のアメリカ同時多発テロ事件以降、外交政策は官邸主導になり、肝心の外相は1人取り残されるようになった。

その後、アフガニスタン紛争の復興支援に関して、NGOを復興会議から排除した問題が浮上。NGO排除に鈴木宗男議員の大きな影響があったと大西健丞NGO「ピースウィンズ・ジャパン」代表が発言、小泉首相も鈴木議員の圧力を認めたが、野上義二外務事務次官はそれを否定。田中外相、鈴木議員、外務省の3者をめぐって全面的な争いが起こった。2002年（平成14年）1月、小泉純一郎は田中外相と野上事務次官を更迭した。

その後、外務省への過度な圧力などを指摘され、2002年（平成14年）3月11日に、鈴木宗男議員が証人喚問を受けることになった[27]。

川口順子大臣時代の2004年（平成16年）8月1日に、儀典長（次官級）が大臣官房儀典長（局長級）に格下げ、領事移住部を領事局に格上げし、国際情報局が統括官組織に改組（国際情報統括官組織）され、条約局が国際法局に改編された。

2006年（平成18年）8月1日に、部局の統廃合が行われた。この統廃合では、躍進著しいインドや東南アジア諸国連合などとの関係強化を図るため、アジア大洋州局内に「南部アジア部」が新設された。一方、局単位の改編として、経済協力局及び大臣官房国際社会協力部（ODA関係部局）を統合して「国際協力局」を新設した。よって全体の局部数に変更はない。

2011年（平成9年）、外務省から国会図書館に出向した職員が日本共産党を含む国会議員の図書館利用状況を本省に報告するというスパイ行為を行った疑惑について、日本共産党の市田忠義書記局長（当時）は外務省に対して資料提出を求め、関係者の証人喚問を衆院議院運営委員会に要求すると記者会見で述べた[28][29][30]。外務省外交文書の公開により、2011年（平成23年）2月に発覚した[要出典]。

2012年（平成24年）1月18日に、野田第1次改造内閣（野田佳彦総理）の玄葉光一郎外相時に大臣の定例記者会見に初めて英語の同時通訳を導入した。大臣発言と日本人や外国人記者の質問は日本語と英語に相互に訳され、会見では貸出されるイヤホンを介して聴取することが出来る[31]。

2017年（平成29年）3月、文部科学省天下り問題で、外務省職員が違法な天下り斡旋により国立大学法人東京外国語大学特任教授に就任していたことが判明した。

2018年（平成30年）7月1日に、部局の統廃合が行われた[注釈 2]。この統廃合ではアジア大洋州局北東アジア課を二課に分け、北東アジア第一課及び北東アジア第二課を設置した。両課の設置に伴い、北東アジア第一課が韓国情勢、日韓協力等，北東アジア第二課が北朝鮮情勢、日朝関係等を所掌する。また、アジア大洋州地域に関する外交政策の総合的な企画立案及び調整の必要性が特に高い事情にかんがみ、アジア大洋州局地域政策課を地域政策参事官（組織令上は大臣官房の参事官）に改組した[32]。

2020年（令和2年）8月3日に、部局の統廃合が行われた[注釈 3]。WTO協定、経済連携協定、投資協定等の紛争解決規定に基づく紛争解決の処理への対応を強化するため、国際法局に経済紛争処理課を設置、経済局経済安全保障課を廃止し、経済局政策課にエネルギー、鉱物資源、食料の安定供給の確保に関する事務を所掌する資源安全保障室を新設、総合外交政策局安全保障政策課新安全保障課題政策室の室名を経済安全保障政策室に変更する（所掌事務は変更なし）[33]。

2022年6月、自民党の広報本部長（当時）河野太郎がtwitter上で外務省においてFAXが廃止されていることを明らかにした[34]。
名称とシンボル
名称

1869（明治2）年に設置され、改称せずに現存する日本最古の行政機関である[注釈 4]。

最初に「外務省」の名称が用いられたのは、1869年（明治2年）8月15日から始まった太政官制（二官六省制）からである。名称が公議所で議論された際、原案は「外国省」となっていたが、公議員であった依田学海が「雅ならず」として「太宰府」「外務省」「治部省」のいずれかにすべきと提案したという経緯がある[36]。

1885年（明治18年）の内閣制度創設以後、一度も名称を変更していない唯一の省である[注釈 5]。太政官達（内閣職権）、外務省官制、旧外務省設置法など、設置根拠法に変遷はあるが、省の名称は継続して用いられている。
シンボル外務省の標章。「外」の文字を変形させた図案が用いられている。

外務省のシンボルは、漢字の「外」の文字を変形させた図案が用いられている[37]。それまでは歴代大臣が使用していた硯箱の蓋に描かれていた図案であったが、1937年（昭和12年）に職員徽章の図案として正式に制定された。材質は純銀[37]。それ以来、省の標章として使用されており、庁舎の正門に掲げられるとともに、職員の身分証明書などにも描かれている[37]。
組織

外務省の内部組織は一般的に、法律の外務省設置法、政令の外務省組織令および省令の外務省組織規則が階層的に規定している。外務大臣を長とし、内部部局として大臣官房および総合外交政策局等の10局、審議会として外務人事審議会および海外交流審議会、施設等機関として外務省研修所、特別の機関として在外公館を設置する。
次官級以上のポスト

外務大臣（国家行政組織法第5条、法律第2条第2項）

外務副大臣（国家行政組織法第16条）（2人）

外務大臣政務官（国家行政組織法第17条）（3人）

外務大臣補佐官（国家行政組織法第17条の2）(1人)（必置ではない）