子実体形成（特に柄形成）と変形膜との関係には、以下のような多様性がある[11][21][27]。

変形膜下性（サブヒポタリック、subhypothallic development; myxogastroid）変形体表面の粘液鞘が変形膜になり、盛り上がって胞子嚢（子嚢）になる部分の基部が細くなって柄となる。そのため変形膜と柄は連続している。柄の内部にさまざまな残留物が含まれている。

変形膜上性（エピヒポタリック、epihypothallic development; stemonitoid）変形体下面が変形膜を形成し、その上の変形体が盛り上がり胞子嚢（子嚢）になるとともに柄を内生的に形成する。柄の内部には、残留物はない。これに類似するが、柄の内部に残留物が多いものは特に primary development とよばれる。

変形菌の子実体は、柄 (stalk, stipe, sporangiophore) をもつもの（有柄 stalked）と、これを欠くもの（無柄 sessile）がある。柄は中空または中実であり、中実の場合は胞子状細胞、残留物、繊維質、粒状物、石灰などを含む[6][21]。

子実体において、胞子を含む構造は胞子嚢 (sporangium, pl. sporangia; sporotheca, pl. sporothecae; 子嚢 capitulum, pl. capitula) とよばれる[21]。胞子嚢の形には、球形、楕円形、円柱状などがある。胞子嚢（子嚢）を構成する表皮構造は、子嚢壁（外皮[11]; peridium, pl. peridia) とよばれる[6][21]。子嚢壁は1層、2層、または3層からなり、膜質、軟骨質、石灰質、殻質など質感は多様である[21]。ルリホコリ属（モジホコリ目）などの子嚢壁は薄い複数層からなり、干渉光によって金属光沢の構造色を示す[3]（下図5j, 8e）。子嚢壁表面には結晶性（星形、ツノ形、鱗形、多角形など）または非結晶性の石灰（炭酸カルシウムなど）が沈着していることがある（特にモジホコリ目）[8][21][28]（上図5e）。子実体形成過程で、石灰が融けて再結晶化することもある[21]。このような石灰が白色以外に黄色や青色などに着色していることもあるが、これにはマンガンやバリウム、亜鉛などの無機イオンが関わっていることが示唆されている[28][29]。また子嚢壁表面にシュウ酸カルシウムを含むものもいる[21]。5j. キンルリホコリ（モジホコリ目）の子実体は金属光沢を示す5k. シロサカズキホコリ（モジホコリ目）の子実体（蓋状に裂開）5l. クモノスホコリ（アミホコリ目）の肋状に残った子嚢壁5m. ホネホコリ属（モジホコリ目）の子実体: 裂開した胞子嚢中に半球状の軸柱が見える。5n. ホソエノヌカホコリ（ケホコリ目）の子実体: 左側の裂開した胞子嚢からは細毛体が飛び出ている。

胞子嚢の裂開様式も多様であり、不規則裂開、裂片状裂開、蓋状に裂開するものなどがある[21]。子嚢壁は早落性である場合と、残存性の場合がある。残存性の場合、基部側の子嚢壁が残って杯状になるものが多い（杯状体とよばれる; 上図5k）。アミホコリ（アミホコリ目）やムラサキホコリ（ムラサキホコリ目）では、子嚢壁が肋状または網状に残ることがある[21]（上図5l）。またマメホコリ属（ドロホコリ目）のように、頂端部のみが裂開し、子実体への刺激によってここから胞子が噴出する例もある[7]。

胞子嚢（子嚢）内を上下に伸びている軸状の構造は軸柱（柱軸; columella, pl. columellae）とよばれる[6][21]（上図5m, 下図6a）。軸柱の形としては竿形、円柱形、棍棒形、亜球形、半球形、楕円形などがある[21]。柄がある場合、軸柱は柄から連続しているが、柄と同質の場合（ムラサキホコリ属など）と、全く異質の場合（カタホコリ属など）がある[6][21]。また胞子嚢の中に存在し軸柱に類似するが、柄とはつながらない構造は擬軸柱（擬柱軸、偽柱軸[30]; pseudocolumella, pl. pseudocolumellae）とよばれる[6][21]。

変形菌の胞子嚢中には、胞子と共にふつう糸状の構造を含んでおり、この構造は細毛体 (capillitium, pl. capillitia) とよばれる[3][6][21]（上図5n, 下図6）。細毛体はふつう分枝した糸状構造であり、網状になるものもある。一端または両端が子嚢壁や軸柱に付着しているものや、両端が遊離しているものがある[3][6][21]。細毛体の表面は、平滑なものから、とげ状、環状、らせん状、網状などの構造で装飾されたものがある[21]（下図6b, c）。また細毛体は、中空のものと、中実のものがある[21]。コホコリ目は細毛体を欠く[27]。モジホコリ属（モジホコリ目）などでは、細毛体の所々で石灰が多量に蓄積し、石灰節を形成している[21][8]。細毛体は、胞子どうしが密着しないようにするとともに、胞子が少しずつ散布されることに寄与する[6]。子嚢壁が破れると細毛体の塊が膨らみ、胞子はその間から次第に風に飛ばされて飛散する（上図5n）。ケホコリ属（ケホコリ目）の細毛体は顕著な乾湿運動（湿度変化による形態変化）によって胞子散布を補助しており、特に弾糸 (elaster) とよばれることもある[6][7]。

また着合子嚢体や偽着合子嚢体では、子嚢壁や柄などに由来する細毛体に似た構造（糸状構造、または柱状、膜状、板状の構造）が存在することがあり、偽細毛体（擬細毛体 pseudocapillitium, pl. pseudocapillitia）とよばれる[6][21]。ススホコリ属（モジホコリ目）では、細毛体と偽細毛体が混在する[6][21]。6a. ムラサキホコリ（ムラサキホコリ目）の軸柱と細毛体6b. ホソエノヌカホコリ（ケホコリ目）の細毛体6c. ウツボホコリ（ケホコリ目）の細毛体と胞子6d. ダイダイアミホコリ（アミホコリ目）の壁網と胞子6e. シロエノカタホコリ（モジホコリ目）の胞子と石灰質結晶

胞子嚢（子嚢）中では、減数分裂または体細胞分裂によって胞子 (spore) が形成される[6][8]。子実体1個あたりの胞子数は多様であり、2個のものから1000億個に達するものまである[3]。個々の胞子はふつう分離しているが、複数の胞子が接着して着合胞子となっていることもある[21][31]。胞子は直径 4?20 μm ほど（多くは 8?12 μm）[3][6][7]、ふつう球形であるが、楕円形や卵形、多角形、腎臓形、ソーセージ形のものもある[6][21]。