胞子嚢（子嚢）中では、減数分裂または体細胞分裂によって胞子 (spore) が形成される[6][8]。子実体1個あたりの胞子数は多様であり、2個のものから1000億個に達するものまである[3]。個々の胞子はふつう分離しているが、複数の胞子が接着して着合胞子となっていることもある[21][31]。胞子は直径 4?20 μm ほど（多くは 8?12 μm）[3][6][7]、ふつう球形であるが、楕円形や卵形、多角形、腎臓形、ソーセージ形のものもある[6][21]。厚い胞子壁で囲まれ、表面は平滑のものもあるが、ふつうトゲやイボ、網目状の突起で装飾されている[6][11][21][31]。胞子壁の主成分としてガラクトサミンが報告されている[6][7]。胞子壁は黄色、紅色、褐色、青緑色、紫褐色、黒色など多様であるが、明色のもの（上図6b?d）とメラニンを含み暗色であるもの（上図6e）に大きく分けられる[5][8]。分子系統学的研究から、この違いは変形菌を構成する2つの大きな系統群にほぼ対応することが示されている[27]（下記参照）。また胞子の塊としての色は白色、黄色、紅色、紫色、褐色、灰色、黒色など多様であり、顕微鏡下での胞子壁の色とは必ずしも一致しない[6]。胞子は複数の核を含むことがあるが、成熟した状態では単核である[6][11]。胞子は貯蔵物質として脂質顆粒とグリコーゲンを含む[6]。7. 変形菌の胞子をつけたワラジムシ類

胞子はふつう風、ときに水（雨）や動物によって散布される[6]（図7）。雨によって散布される胞子の胞子壁は、疎水性の網目状突起をもつ[3][6]。胞子はふつう数年間休眠することが可能であるが、75年前の変形菌標本の胞子が発芽した記録もある[6][7]。
生態
生育環境8a. 林内のススホコリ属（モジホコリ目）の変形体

変形菌は熱帯から寒帯域まで世界中に分布しており、おもに子実体の観察に基づいた分布情報が充実している[3]。このことは、そのような情報がほとんどない他の多くの原生生物とはかなり異なっている[3]。ただし変形菌の実際の栄養体であるアメーバ細胞や鞭毛細胞の分布は、子実体から推定される分布よりもかなり広いものと考えられている[3]（下記のように子実体形成能を欠いているものもあると考えられている）。広い分布域をもつ温帯性の種や熱帯性の種が知られており、ヨーロッパの温室で熱帯性の種が子実体を形成することもある[3]。一方で、非常に限られた分布を示す種もいる[3]。ただし広域分布種とされる例の多くは、実際には地域ごとに遺伝的に分かれていることが示されている[16]。

変形菌は基本的に陸上環境に生育しており、特に森林で多く見られるが（図8a）、草原、耕作地、さらには砂漠に生育するものもいる[3][6]。変形菌の分布を決める主な要因は温度と湿度である[16]。またpHにも影響され、例えばエダホコリ属（ムラサキホコリ目）の一部の種は酸性の樹皮にのみ見つかる[3]。一般的に、陸上植物の多様性・生物量が大きい場所ほど、変形菌の多様性も大きい傾向がある[3][16]。都市緑地でも子実体が発生することがあり、環境指標への利用の可能性も指摘されている[32]。

例外的に、変形体・子実体形成を行わない単細胞性鞭毛アメーバである "Hyperamoeba" は（上記参照）、淡水や海からも見つかり、またウニの体腔内からも報告されている[4][17][33]。"Hyperamoeba" に限らず、変形菌は、水中では子実体形成を行わない。

変形菌の子実体は、倒木や落葉、土壌などふつう種によってほぼ決まった基質上に出現する[3]。倒木など枯死した樹木に子実体を形成する変形菌は死木変形菌 (lignicolous myxomycetes) とよばれ、比較的大型の種が多く、最もよく知られている[3][25]（下図8b?d）。マメホコリ属（ドロホコリ目）、ウツボホコリ属、ケホコリ属（ケホコリ目）、ムラサキホコリ属（ムラサキホコリ目）の多くの種は、死木変形菌である[3]。枯死木であれば特に明瞭な特異性を示さないこともあるが、針葉樹または広葉樹を特に好む種、材よりも樹皮を好む種、さらに特定の分解程度の腐朽木を好む種などもいる[3][25]。例えばアミホコリ属（アミホコリ目）の子実体の多くは針葉樹の腐木にみられ、スミホコリ属（ムラサキホコリ目）の子実体はふつう針葉樹の切り株の樹皮に形成する[25]。樹木から落下した落葉や枝に子実体を形成する変形菌はリター変形菌（落葉変形菌 foliicolous myxomycetes）とよばれ、針葉樹の落葉よりも広葉樹の落葉に多い[25]（下図8e, f）。シシガシラホコリ（モジホコリ目）は常緑広葉樹の落葉を好み、またシラタマウツボホコリ（ケホコリ目）は特にクリの落葉やいがを好む[25]。落下また植物体に付いた状態で枯れた花に変形菌の子実体が生じることもあり、エナガウツボホコリ（ケホコリ目）やタマゴホソホコリ（ムラサキホコリ目）の子実体は、クリなどブナ科の落下した雄花序に発生する[3][25]。生木の樹皮に子実体を形成する変形菌も多く知られており、生木変形菌 (corticolous myxomycetes) とよばれる[3][25][34]。