路線名区間営業キロ愛称名備考
身延線富士 - 甲府88.4km  
飯田線豊橋 - 辰野195.8km  
武豊線武豊 - 大府19.3km 2008年（平成20年）度現在、地方交通線では輸送密度が2番目に高い[13]。
太多線多治見 - 美濃太田17.8km  
高山本線岐阜 - 猪谷189.2km 猪谷 - 富山間はJR西日本管内。
名松線松阪 - 伊勢奥津43.5km  
参宮線多気 - 鳥羽29.1km  

JR西日本

路線名区間営業キロ愛称名備考
大糸線南小谷 - 糸魚川35.3km 松本 - 南小谷間はJR東日本管内。
高山本線猪谷 - 富山36.6km 岐阜 - 猪谷間はJR東海管内。
氷見線高岡 - 氷見16.5km  
城端線高岡 - 城端29.9km  
七尾線津幡 [注釈 15]- 和倉温泉59.5km 和倉温泉 - 穴水間28.0kmは1991年9月にのと鉄道に運営移管（JRは第三種鉄道事業者）。
穴水 - 輪島間20.4kmは、1991年9月にのと鉄道に運営移管（JRは第三種鉄道事業者）後、2001年4月1日廃止。
越美北線越前花堂[注釈 16] - 九頭竜湖52.5km九頭竜線 
小浜線東舞鶴 - 敦賀84.3km  
舞鶴線綾部 - 東舞鶴26.4km  
桜井線高田 - 奈良29.4km万葉まほろば線 
和歌山線王寺 - 和歌山87.9km  
加古川線加古川 - 谷川48.5km  
播但線姫路 - 和田山65.7km  
因美線東津山 - 鳥取70.8km  
姫新線姫路 - 新見158.1km  
赤穂線相生 - 東岡山[注釈 17]57.4km  
津山線津山 - 岡山58.7km  
吉備線岡山 - 総社20.4km桃太郎線 
福塩線福山 - 塩町78.0km  
芸備線備中神代[注釈 18] - 広島159.1km  
木次線宍道 - 備後落合81.9km  
境線米子 - 境港17.9km  
可部線横川[注釈 19] - あき亀山15.6km 非電化区間である可部 - 三段峡間46.2kmは2003年に廃止。そのうち、可部 - あき亀山（旧河戸付近）間1.6kmは電化の上2017年3月4日に再開業した。
2008年（平成20年）度現在、地方交通線では輸送密度が日本一[4][13]。
岩徳線岩国 - 櫛ヶ浜[注釈 20]43.7km  
山口線新山口 - 益田93.9km  
小野田線居能[注釈 21] - 小野田11.6km  
雀田 - 長門本山2.3km  

JR四国

路線名区間営業キロ愛称名備考
鳴門線池谷 [注釈 22]- 鳴門8.5km  
牟岐線徳島 - 阿波海南77.8km阿波室戸シーサイドライン 全通当時は徳島 - 海部間であったが、2020年11月1日から阿波海南 - 海部間1.5kmは阿佐海岸鉄道に編入された（ただし、同年11月30日までの同区間の鉄道代行バス（DMV導入工事による）はJR四国が運行した）。
徳島線佐古[注釈 23] - 佃[注釈 24]67.5kmよしの川ブルーライン 
予土線若井 [注釈 25]- 北宇和島[注釈 26]76.3kmしまんとグリーンライン 
内子線内子 - 新谷5.3km  

JR九州

路線名区間営業キロ愛称名備考
日田彦山線城野[注釈 27] - 夜明68.7km 添田 - 夜明間29.2km は平成29年7月九州北部豪雨により2017年7月5日より運行休止、2023年8月28日より日田彦山線BRTとなる（鉄道復旧断念は決定しているが、鉄道事業の廃止申請はなされていない）。
後藤寺線新飯塚 - 田川後藤寺13.3km  
筑豊本線若松 - 原田66.1km若松線（若松 - 折尾間）
福北ゆたか線（折尾 - 桂川間）
原田線（桂川 - 原田間） 
香椎線西戸崎 - 宇美25.4km海の中道線（西戸崎 - 香椎間） 
唐津線久保田[注釈 28] - 西唐津42.5km  
大村線早岐 - 諫早47.6km  
久大本線久留米 - 大分141.5kmゆふ高原線 
豊肥本線熊本 - 大分148.0km阿蘇高原線電化区間の熊本 - 肥後大津間に限れば輸送密度は10,655人/日で、JR九州の地方交通線で唯一1万人を超える[14]。