日本では、戦中の1941年に東京帝国大学に東洋文化研究所が設置され、1960年代に入ると、1960年には通産省所管のアジア経済研究所（現在、日本貿易振興機構）、1964年には東京外国語大学にアジア・アフリカ言語文化研究所、京都大学に東南アジア研究センターが設置され、以後、全国的に国際的な地域研究が取り組まれるようになっている。また、2006年4月には京都大学地域研究統合情報センターが設置され、全国約90の地域研究・教育機関および学会・市民団体からなる地域研究コンソーシアム (JCAS) の幹事組織として事務局運営を担当している。2017年には京都大学東南アジア研究所と統合し京都大学東南アジア地域研究研究所が発足している。

現在、地域研究が盛んな日本国内の大学および大学院、研究機関としては、

東京大学教養学部地域文化研究学科，大学院総合文化研究科地域文化研究専攻，東京大学東洋文化研究所

東京大学経済学部（応用地域学会）

京都大学大学院アジア・アフリカ地域研究研究科，京都大学東南アジア地域研究研究所，アフリカ地域研究資料センター

九州大学アジア総合政策センター，韓国研究センター

北海道大学スラブ・ユーラシア研究センター

大阪大学外国語学部，大学院・言語文化研究科 言語社会専攻地域言語社会講座，人間科学研究科グローバル人間学専攻地域研究講座，世界言語研究センター，グローバルコラボレーションセンター

一橋大学社会学部，大学院・社会学研究科

東京外国語大学 国際社会学部，大学院総合国際学研究科，アジア・アフリカ言語文化研究所

筑波大学 人文・文化学群比較文化学類地域主専攻，大学院・人文社会科学研究科 国際地域研究専攻および国際日本研究専攻

広島大学大学院総合科学研究科文明科学部門地域研究領域

山口大学人文学部, 大学院・東アジア研究科

長崎県立大学大学院・地域創生研究科, 東アジア研究所

島根県立大学北東アジア地域研究センター

早稲田大学大学院政治学研究科，大学院アジア太平洋研究科，アジア太平洋研究センター

慶應義塾大学 法学部，大学院・法学研究科，総合政策学部，大学院・政策・メディア研究科，東アジア研究所

上智大学大学院グローバル・スタディーズ研究科（旧外国語学研究科），アジア文化研究所，ラテンアメリカ研究所

国際基督教大学 教養学部、大学院・アーツ・サイエンス研究科 比較文化専攻および公共政策・社会研究専攻、アジア文化研究所

拓殖大学大学院国際協力研究科 国際開発専攻，海外事情研究所，イスラーム研究所

東海大学国際地域学研究科

同志社大学グローバル・スタディーズ研究科，アメリカ研究所

愛知大学国際中国学研究センター

広島女学院大学大学院人間生活学研究科生活文化専攻，人間生活学部生活デザイン学科地域デザイン領域