会場内は「野原のエリア」「街のエリア」「山のエリア」の大きく3つのエリアに分かれていた。
野原のエリア

会場中央の大池「いのちの海」を取り囲む花一杯のエリア。

いちょう館（大阪府）時空快速艇「カラノ」に搭乗し、未来の大阪にタイムスリップ。休憩所や催事場として設営されていた「好きやねんプラザ」は毎週金曜夜間はディスコとして運営されていた。

アレフ（クボタ・セゾングループ）大池で行われた噴水ショー。池が真っ二つに割れる演出が話題となっていた。

国際展示水の館とある出展ブースにてひっそりと月の石が展示されていた。

国際展示光の館

国際展示大地の館水の館・光の館に展示品が入り切らなくなったため、急遽追加で建てられた。

花桟敷・花の谷合わせて2ヘクタールもあり、四季の花々が入場者を迎えていた。

街のエリア

企業出展の大規模なパビリオンや飲食店・遊園地ゾーンなどが建ち並ぶ賑やかなエリア。3つのエリアの中で最大面積を誇り、入場者の約8割が足を運んだ。

JT館 ジョイフルタイム アドベンチャーダークライド型パビリオン。謎の王国に囚われた妖精を救うため、「ノア号」に乗り込み怪鳥と闘う「シミュレーションライドシステム」。

ふしぎな森の館・松下館アンリ・ルソーの絵画の世界を、松下のハイテクで再現。

シネラビリンス ガスパビリオン（日本ガス協会）映画の内容を選択しながら先に進んでいく映像迷路。ガスを使用した展示品も人気があり、その中でも自動的におにぎりを作る「おにぎりロボット」が人気だった。

大輪会 水のファンタジアム（企業40社）水・光・炎・音が乱舞する「ウォーターディスコショー」。

芙蓉ミュージカル・シアターワイヤーを使用した華やかなミュージカルを披露。

ダイコク電機「名画の庭」絵画庭園。安藤忠雄が設計したコンクリートの建造物に、巨大な陶版画が注目を集めていた。花博で展示された4点と、その後に作られた4点の合計8点は、現在京都府立陶板名画の庭に展示されている。

グリーンミュージアム（富士カントリーグループ 企業4社）バルビゾン派から素朴派までの絵画や写真作品の展示。

花博写真美術館（キヤノン・日本経済新聞社・日本生命・オムロン・日本ポラロイド・近畿測量専門学校ほか企業20社）レトロから最新のカメラの展示・借し出し。写真作品の展示など。

100年先の「の?んびり村」（未来指向型企業グループ17社・団体）OSGコーポレーション、日本電気保安協会等大阪府の中小企業を含む企業連合による合同パビリオン[5]。また財団法人「亜細亜技術協力会」が出資を募集した。当初は入館者は個人情報を記入していたが、悪用のおそれがあるとして半月程で中止となった。の?んびり村の催しに対して全国霊感商法対策弁護士連絡会は霊感商法の被害拡大につながるおそれがあるとして万博協会に調査と指導を申し入れた。日韓トンネルに関するアニメーションを上映するなどし、国会で統一教会とのつながりの疑いが指摘された[6]。

サントリー館世界最大の立体映像を上映。

住友館ダグラス・トランブルが担当を務めた最新の特撮映像を公開。

EXPO'90 日立グループ館（日立グループ）世界最大のハイビジョンシアター。パビリオンは同グループのCM「日立の樹」をモチーフとしている。

三井・東芝館「ホロビジョンシステム」を駆使したロボットショー。ディズニーランドのデザインなどを手掛けたボブ・ロジャーズ (Bob Rogers (designer)) が演出を手掛けたアニメーション「フラワープラネット」も同時公開[7]。

三和みどり館（みどり会）前方と足元のスクリーンに映像が映し出される「マジックカーペットシステム」で独特の浮遊感を体験。

ハートピア・空の筏パビリオン（三金会）

キャンディキャッスル館（日本菓子加工食品振興協会）ヘンゼルとグレーテルの世界をモチーフにしたスタンプラリー。ゴールはケーキの城「キャンディキャッスル」。

フローラドーム（郵政省・NTT・KDD）大型全天周フルカラーの映像上映、映像の中に飛び込んだような迫力を体験。

ひかりファンタジー 電力館（電気事業連合会）ダークライド型パビリオン。坂本龍一の音楽に乗って光が飛び回る異空間を「ルミナー号」に乗って体験。クライマックは100万個の光源が作る大響会。

三菱未来館（三菱グループ）360°全天周映像で、上下左右を映像に飲み込まれる不思議体験。

富士通パビリオン全天周3DフルカラーCG映像作品『ユニバース2-太陽の響（ひびき）- "Echos of the Sun"』を上映。映像は1分間に1億円以上かけられていた超大作。『ユニバース2』はのちに大阪・京橋OBP富士通関西システムラボラトリ横に仮設された専用劇場や千葉・幕張富士通ドームシアター（2002年9月末閉館）でも上映された。

いんなあとりっぷ館（霊友会）ダークライド型パビリオン。「メビウスライド」に乗って絵本の世界を体験。ライド自体が円形をしており、半円状に乗車部が二つ、背中合わせに作られており、一台のライドに二観客グループが搭乗する。また全ライドが円形に配置された状態で内周側展示、外周側展示を順に合計二周する珍しい構造になっていた。

生命の大樹・いのちの塔EXPO'90に因んで高さは90メートル。会員になると館内のコンピュータに写真やメッセージを永久保存することができた。会期中、出資者の財政難より一時期入館料の徴収が行われたが、これは博覧会協会の指導により中止された。

咲くやこの花館（大阪市）全面ガラス張りの日本最大級を誇る大温室。

花の江戸東京館（東京都）江戸文化の紹介・実演など。

メインホール'90開幕式・閉幕式ほか主要イベントが、ここで開催された。会期終了後、保存して運用を続けることも検討された。

テアトル花座ミュージカルなどが上演された。

マジカルクロス（遊園地）27種類の遊戯施設が建ち並ぶアミューズメントゾーン。ヨーロッパのお祭り遊園を再現した「キルメスゾーン」とアメリカンスタイルな「パークゾーン」の2エリアで構成されていた。1985年に開催された「国際科学技術博覧会」の遊園地ゾーンをはるかに上回る規模で展開され、博覧会の見所の一つとなっていた。人気No.1の乗り物は、立ち乗りジェットコースターの風神雷神。「マジカルクロス」の運営は「阪急電鉄」「泉陽興業」「京阪電気鉄道」によって行われていた。