2007年に捕鯨支持で新規加入したラオスは、ブアソーン・ブッパーヴァン首相訪日の際に国会で、IWCへの参加を日本との友好関係の例として挙げ、政府開発援助などを要請している[15]。コートジボワールに関しても、同国を訪問した山際大志郎衆議院議員がIWCでの支持への謝意を表明するとともに、漁業に関する技術援助を協議している ⇒（山際大志郎衆院議員ブログ）。
そもそも前述のように亀谷博昭農水政務次官はODAによりIWC日本側支持国勧奨を明言しているのみならず、2001年の年次会合に際して当時交渉担当者であった小松正之は、日本のODA活用に関して「何も悪いことはない」と発言[24]、これに対してIWCでは、国連海洋法条約、ウイーン条約法条約、友好関係宣言等を印照しつつ、各国への内政干渉の一切を否認する決議案が採択される事態に至っている ⇒（IWC決議 2001-1号）。こうしたことから、世界自然保護基金（WWF）など多数の環境NGOは、日本がODAとの取引による勧奨行動を行っているとして、これを「買収（vote-buying）」であると批判している ⇒[16]。
一方、反捕鯨陣営も1982年のモラトリアム採択に向けて同様に資金援助を伴った新加盟国の勧誘を行っていた。Whale and Dolphin Coalitionの活動家Jean-Paul Fortom-Gouinはアンティグア、ベリーズ、コスタリカ、セント・ヴインセントを勧誘し、IWCへの分担金などを提供していた。
世界自然保護基金（WWF）会長だったピーター・スコット卿（Peter Scott）や/グリーンピースの会長デイビッド・マクタガート（David McTaggart）との会議で、新規勧誘を決めた[25]。
当時グリーンピースの海洋哺乳動物のコンサルタントを務めていたフランシスコ・パラシオ（Francisco Palacio）によると、このような工作で新規加盟させた国は少なくとも6か国あり、それら加盟国の年会費だけでも年間約15万ドルに達したという[26]。この頃に日本代表団の首席代表であった米澤邦男によると、新規加盟国の中にはIWCへの分担金をNGOからもらった小切手で支払ったために関係が発覚した例もあった[27]。
なお、投票勧奨活動と関連して、日本は「全てのメンバー国が自由に意志を表示できるよう ⇒[17][リンク切れ]」無記名投票制を主張し、2006年までしばしば導入提案を行っていた。これに対しては透明性に問題が生じる、オーフス条約の趣旨に反するなどの批判があり、議長選出などを除いて採用されていない[28]。
その後、2007年2月に東京で開かれたIWC正常化に関する会合（後述）でも検討され、少なくとも現時点では秘密投票を目的とするのを再検討すべきであり、評決は避け、コンセンサスによる合意を図るべきであるなどの見解が、同正常化会合のワーキンググループから提示され、この旨が正常化会合議長総括として、2007年の年次会合総会に報告されている[29]。これを受けて2007年のIWC年次会合では、日本側は秘密投票の案件等に対する表決の要請を取り止めている。 2018年9月10日から14日の国際捕鯨委員会（IWC）第67回総会において、日本が鯨類の保護・持続的利用の両立と立場の異なる加盟国の共存を図るとして提案したIWC改革案について、持続的利用支持国が「これがIWC機能回復のための適切な対応である」などと支持したが、反捕鯨国は「商業捕鯨につながるいかなる提案も認めない」「IWCは保護のみを目的に「進化」しており、モラトリアムの解除は一切認められない」などとして、強硬に反対し、賛成27・反対41・棄権2で否決された[30]。これを受けて「政府・自民党内ではIWC脱退論まで浮上」という報道もされたが[31]、その後の状況について、日本国政府の公式発表はなかった。 2018年（平成30年）12月20日になって報道機関は、政府関係者が明らかにしたという形で一斉に脱退方針の決定を報道した[32][33][34]。 日本国政府は、正式に12月25日の閣議で、国際捕鯨取締条約からの脱退を決定し、26日に正式に脱退通知を行い[6][35]、菅義偉は内閣官房長官談話として公式に発表した[36]。これにより、2019年（令和元年）6月30日に国際捕鯨委員会を脱退し、7月1日から商業捕鯨を再開させた[37]。 脱退後も日本は国際的な海洋生物資源の管理に協力していくという考えに変わりはない、としてIWCにオブザーバーとして参加し[38]、IWCと共同で「北太平洋鯨類目視調査」を引き続き実施している[39][40][41]。 IWCの財政は多額の資金を拠出していた日本の脱退により急速に悪化した[42]。2022年（令和4年）にスロベニアで開催された総会で財政問題について、以後2年間の収支を均衡させる予算案が採択された[43]。
日本の脱退
日本政府代表の構成・政策決定等