翌年1月、中島は『読売新聞』などの都下新聞各紙に「余が哲学館事件を世に問う理由」を投稿。それに対して「当事者たる隈本視学官の談」が『読売新聞』に掲載される。中島が「文部省視学官の言果して真ならば」で反論すると、文部省は2月16日付の『時事新報』で「哲学館事件に関する文部省当局者の弁疏」で自らの見解を明らかにした。

これらの論戦が展開されると、都下諸新聞諸雑誌では私立学校における教育の自由や学問の自由に関する議論が活発化し、衆議院でもこの事件に関する質疑応答がなされるに至った。東京朝日新聞、毎日新聞、中国民報などの社説、慶應義塾大学、早稲田大学などの学報は中島を弁護する論説を掲げる一方、東京帝国大学の哲学会は黙殺の態度を示し、同大文科大学長の井上哲次郎は文部省に与する姿勢を示した[4]。

また、『倫理学』の著者ミュアヘッドも英国から「弁妄書」を『ジャパン・クロニクル』紙に寄稿し、訳者の桑木厳翼も論争に参加した。当時の倫理学界の中心的存在だった丁酉倫理会の主要会員が連名で、1903年（明治36年）3月10日、「ム氏の動機説を教育上危険と認めず」と論断を下したことで世論はようやく収束の方向へと向かっていった。
騒動後

この後、哲学館は東洋大学となり、1928年（昭和3年）に大学令（1919年（大正8年）施行）による大学となるが、1920年（大正9年）認可の私立大学(10校）に比べて遅れたのは、哲学館事件が尾を引いたからではないかと言われている。しかし、『東洋大学百年史 通史編I』によれば東洋大学は昭和2年の時点でも認可できる要件は整っておらず、東洋大学が初めて申請書類を提出したのが1927年1月19日とされているので、本事件との関連性は皆無である。

哲学館事件は当時も多数の媒体によって取り上げられ注目された日本の教育史では一つのトピックとなっており[10][注釈 4]松本清張の『小説東京帝国大学』（1969年（昭和44年）、新潮社）が、この事件から始まっているように小説や論説の題材としても使用されている。

その後、哲学館では中等教員無試験検定資格の再認可を求める講師・校友と再認可を求めない井上円了との間で対立が起こり、「哲学館大学革新事件」と呼ばれる騒動にまで発展したが[11]、井上引退後の1907年（明治40年）5月13日に再認可が実現した。
脚注[脚注の使い方]
注釈^ 哲学館からは既に1902年7月に修身科と漢文科から卒業生が誕生している。
^ 「ムーアヘッド」・「ムイアヘッド」・「ミュィアヘッド」・「ミューアヘッド」読み有り。松本清張・著『小説東京帝国大学』では「ムイアヘッド」。
^ 視学官の隈本有尚は「教授法を改正すれば認可を取消すにも及ぶまいといふ考」えだったと述べている（『読売新聞』明治36年1月29日）。
^ 新聞での扱いは同時期に起きた教科書疑獄事件よりはやや小さかった。