1600年（慶長5年）、関ヶ原の戦いの後、東軍に属した桑山一晴は正式に紀伊和歌山に2万石を与えられたが、まもなくして大和新庄藩に転封となった。その後、同じく東軍に属した浅野幸長が軍功により37万6千石を与えられ紀州藩主となり入城した。幸長も引き続き城の改修を行っている。1605年（慶長10年）頃、下見板張りの天守が建てられた[2]。その後、長晟が土塁から石垣に改修した。

1619年（元和5年）、浅野氏は改易となった福島正則の後、広島藩に加増転封となった。代わって徳川家康の十男・頼宣が55万5千石で入城し、南海の鎮となる御三家の紀州徳川家が成立した。頼宣は兄の2代将軍徳川秀忠より銀5千貫を受領し、これを元手に1621年（元和7年）より城の改修と城下町の拡張を開始した。しかし、この改修が大規模であったため幕府より謀反の嫌疑をかけられるほどであった[3]。

1655年（明暦元年）11月、西の丸に隣接する家臣屋敷より出火。西の丸・二の丸に延焼した。1813年（文化10年）には西の丸大奥より出火し西の丸御殿が全焼した。

1846年（弘化3年）7月26日に雷雨があり、天守曲輪に落雷。御殿を除く大小天守など本丸の主要建造物が全焼した。当時の武家諸法度では天守再建は禁止されていたが、御三家という家格により特別に再建が許可され、1850年（嘉永3年）に大小天守等が再建された。
近現代

1871年（明治4年）、全国城郭存廃ノ処分並兵営地等撰定方（廃城令）により廃城となり、多くの建造物が解体もしくは移築された。二の丸御殿は、1885年（明治18年）に大坂城へ移築され、1931年（昭和6年）より大阪市迎賓館（紀州御殿）として使用され、戦後米軍施設として使用中1947年（昭和22年）失火により焼失した。

1901年（明治34年）に本丸・二の丸一帯が、和歌山公園として一般開放された。

1908年（明治41年）城内の二の丸に和歌山県立図書館が開館。

1931年（昭和6年）に国の史跡に指定され、1935年（昭和10年）には、天守など11棟が国宝保存法に基づく国宝に指定された。しかし、1945年（昭和20年）7月9日のアメリカ軍による大規模な戦略爆撃（和歌山大空襲）により天守などの指定建造物11棟すべてを焼失した。1947年（昭和22年）、昭和天皇が焼け跡を行幸（昭和天皇の戦後巡幸）[4]。

1957年（昭和32年）、岡口門とそれに続く土塀が国の重要文化財に指定された。翌1958年（昭和33年）に天守群が東京工業大学名誉教授・藤岡通夫の指示を受け、鉄筋コンクリートにより再建された。

1983年（昭和58年）には1909年（明治42年）に老朽化し崩壊した大手門と一之橋が復元された。

2006年（平成18年）4月、二の丸と西の丸を結んでいたとされる御橋廊下の復元工事が竣工した。また、同年4月6日、日本城郭協会から日本100名城（62番）に認定された。

2010年（平成22年）6月から、2011年（平成23年）2月にかけて、大天守(1層)や天守曲輪の一部に対し、クリーニング及び再塗装を実施した。

2019年（平成31年）3月8日、都市公園としての名称が和歌山公園から和歌山城公園に変更された[5][6]。これに伴い、同年4月1日に園内の動物園も和歌山城公園動物園へ改称された[7]。
構造
本丸

本丸御殿跡天守曲輪（天守・楠門）天守曲輪外壁連立式天守の構造

本丸御殿は、虎伏山の頂上付近にあったため、藩主は二の丸御殿に住むようになっていった。初代・徳川頼宣と正室・瑤林院（加藤清正の娘）、14代・徳川茂承と正室・倫宮則子女王（伏見宮邦家親王の娘）が邸宅に定めた。また、倫宮則子女王が住んだため、宮様御殿とも称された。

1621年（元和7年）に造られた本丸庭園には、宝船を模した七福の庭があったが、給水場設置に伴い、1923年（大正12年）に松の丸へ移築された。
天守曲輪

天守曲輪は菱形にちかい平面をしており、基壇の面積は2,640m2ある。

大天守

小天守

乾櫓

二の門櫓

天守二の門（楠門） - 戦災で焼失した天守曲輪で唯一、木造で復元された。

台所

天守

天守は大天守と小天守が連結式に建てられ、更に天守群と2棟の櫓群が渡櫓によって連ねられた連立式と呼ばれるものである。姫路城、松山城と並んで日本三大連立式平山城の一つに数えられている。

1850年（嘉永3年）再建当時の大天守は3重3階で、天守台平面が菱形であるため、初重に比翼入母屋破風を用いて2重目以上の平面を整えている。南面に入母屋出窓があり、初重には曲線的な石落としが付けられていた。焼失した天守の創建年は不明であるが、それについては浅野幸長が創建したとする説（1600年（慶長5年）築）[1]と頼宣が創建したとする説（1619年（元和5年）築）[8]がある。創建時は、下見板張りの壁面であったと考えられている[2]。

1847年（弘化4年）に焼失した際、大天守を5重にする案も出され、天守雛形（木組み模型）と図面が作成されたが、幕府への遠慮と財政難のため、構造は先代天守を踏襲し外部壁仕上げを下見板張りから白漆喰総塗籠めへ意匠を変えるにとどまったものとみられている[1]。

天守は国宝（旧国宝）に指定されていたが、和歌山大空襲で焼失し、現在のものは、1850年（嘉永3年）の天守再建時の大工棟梁・水島平次郎の子孫である栄三郎が所蔵していた天守図と『御天守御普請覚張』を参考にして1958年（昭和33年）に再建されたものである。復元には東京工業大学名誉教授藤岡通夫の指示を受け、鉄筋コンクリート構造による外観復元とされた。復元設計にあたり、参考にされていた文献や図には天守群の高さが記入されていなかったため、焼失前に撮影された写真に写る他の建造物との高低比から天守群の高さが算出された。
二の丸

初代頼宣と14代茂承以外の藩主は、二の丸御殿に住んでいた。また、二の丸御殿は江戸城本丸御殿を模していたため、表・中奥・大奥に分かれていた。また、大奥があるのは、江戸城・和歌山城・名古屋城のみである。表は紀州藩の藩庁、中奥は藩主が執務を行う普段の生活空間、大奥は藩主の正室や側室たちの居所として機能した。現在、二の丸御殿の表・中奥に相当する場所は広場として開放され、大奥に相当する場所は芝生が養生され整備されている。
西の丸

西之丸庭園（紅葉渓庭園）鳶魚閣御橋廊下松の丸櫓高石垣重要文化財・岡口門追廻門

和歌山城西之丸庭園は、江戸時代初期に西の丸御殿とともに造られた日本庭園で、紅葉渓庭園とも呼ばれる藩主の隠居所であった。