上記のように、同人誌が特殊な性質であることと、「同人誌=成年向けの（卑猥な）二次創作しかない」といった偏見を受けている影響や、需要の非常に少ないニッチ市場であることから、人口が50万人から100万人以上の都市部（東京23区・政令指定都市[4]）や、ある程度の人口を擁する県庁所在地（宇都宮市・金沢市・松山市など）または近接する市部（八王子市など）といった、都市部にのみ店舗が集中する傾向にある。

ただし、政令指定都市であっても、より大きな都市に近接している大都市などでは出店が少ない。

人口が数万人から50万人程度しかない市に出店しても、同人誌の需要と採算が見込めない[5]ため、とらのあなやメロンブックスのような直営店はもとより、代理店・FC店のような形態さえも出店していない。同人誌そのものに無理解な書店が大半なため、成年・一般向け同人誌の委託や販売もほとんど行われない（一部のアダルトビデオ主体のサブカルチャー系書店で成年向け同人誌が扱われることはあるが、扱いが小さい）。

そのため、近隣に店舗が無く、来店が不可能ないしは困難な地域（離島、山村などの過疎地、都市部から離れた地域）の住民は、通信販売やインターネットオークションなどによる購入を余儀なくされている。
二次創作にまつわる問題「二次創作」および「同人誌#同人誌と著作権問題」も参照

現在流通している同人誌の主流は、「オリジナルの商業作品」の中身を借りた「二次創作」と呼ばれるものが大半を占めている。しかし、このような二次創作である同人誌は実際のところ著作権法上はグレーゾーンの位置にあり、権利的な立場としては非常に弱い。実際のところとして、コミケット準備会が過去に発した「同人誌がファン活動の一環であり、著作権者の利益を損なうものではない」というアピールの他、商業誌が同人界から多くの人材発掘を行なってきたことなど「持ちつ持たれつ」の関係を背景に、著作権者と同人界の「相互の暗黙の了解」という形であえて曖昧なままにされ、同人側のモラルと自制に任されていた部分が少なからずあったのも事実である。

二次創作は、特に性的描写を含む成年向け同人誌を描く場合、著作権侵害による警告や訴訟提起を受けやすいなどといったリスクを抱える反面、一般向けとして描かれる場合、極度に反社会的な描写や著作権者への中傷や風刺、著作物の丸写しでない限り、あまり問題にされることは少なかった。しかし、著作権を巡る価値観の変化への対応や、ビジネス上必要な著作物のイメージ保護の対応が求められる現在では、著作権者は二次創作をただ野放しにすることはできなくなっている。他にも多くの人気作品の著作権を握るメディアミックス関連企業や玩具メーカーがその企業活動のために二次創作に対する判断をいつどのような形に変更してくるかなどは、企業の経営方針など内部情報に属する要素も絡むことで、同人サイドにとっても極めて予想が難しいことであり、たとえ「今後も同人誌は安泰か？」と聞かれても同人イベントに参加している当事者たちでさえ「判らない」としか返答できない面がある。

実際、過去にガレージキットの分野では、多くの人気作品の版権や著作権を持つある企業が、自社でイベントの主催を始めたのを契機に、競合する他社の主催イベントでは自社や子会社が絡む著作権の版権利用を事実上許諾しなくなった事例がある。

なお、二次創作については、原作の著作権者の黙認の上に同人誌が成り立っていること、黙認が上述したコミケット準備会の過去のアピールを前提として成り立っている性質もあるため、同人ショップを通した「商業流通」を「同人誌＝ファン活動の範疇を逸脱している」と著作権者に判断されれば、警告や販売差し止め要求、摘発を受ける可能性がある。実際に、商業流通に載せられたものを「同人誌」と認めない著作権者もいる。一例として、株式会社アクアプラスでは二次創作を許諾する要件として「個人またはサークルによる私的頒布であること」としている。これは、「同人即売会での頒布」や「Webなどでの私的頒布」に限って許諾しており、「業者などの第三者を介した一般流通は同人活動とはみなさない」と定義している[6]。※後にとらのあなを傘下に持つユメノソラホールディングスとの業務提携を機にガイドラインを改訂、現在では委託販売や同人ショップ等を介した商業流通に関しても同人活動として認めるようになっている。より厳しい事例として、株式会社ニトロプラスでは二次創作を許諾する要件として「販売数量の総累計数が200個以内であること」「売上予定額が10万円未満であること」などの条件を設け、頒布可能な数をかなり制限している。これにより、実質的に同人ショップへの委託は不可能になった[7]。

また、ミニーズクラブ (MINIES CLUB) 事件、ポケモン同人誌事件など、摘発事例の大半が同人ショップという「商業流通」に載せられたものである。過去には著作権者から著作権侵害の通告と販売差し止め要求を受けたタイミングがコミックマーケット直前の数万セット単位の頒布品在庫を抱えていた時で、その全量廃棄に追い込まれ、多額の経済的損失を出した大手同人サークルも存在する。「同人誌#著作権紛争の発生事例」も参照

ファン活動の一環として個人やごく小規模なサークルが独力で販売のほぼ全てを手掛けていた頃と異なり、コミケットと同人ショップを介して大部数を効率的に売り捌くシステムが確立されてゆく中で、大手同人サークルは職業化と営利化を果たし、これらが緩やかに集合する同人界自体が事実上の業界化を成し遂げ、かつて商業出版の第一線で活動していた作家も現在では少なからず同人活動に職業的活動の主体を移行する段階にまで至った。だが、反面で上記の二次創作と著作権者の意向にまつわる問題や、大手同人サークルの大半がコミケットに参加し、新刊の頒布開始のタイミングもコミケットに集中しているなど、コミケットに極めて大きな依存をしていることなども含めて考えれば、単に同人ショップ側の問題だけではなく、この産業自体が極めて危ういバランスの上に成り立っている一面も見て取れる。現状でも様々な問題を抱えつつも関係者の尽力でどうにか開催が継続されているコミケットであり、万一これが開催不能になる深刻な事態が起きれば、連鎖する形で最終的に同人ショップという業態自体が成り立たなくなり衰亡することもあくまで起きうる可能性の範囲内といえる。同人誌や同人ショップが世間から姿を消すなんてありえない、と楽観的なことを言えないのが実状である。

なお、ガレージキットなどの立体物や楽曲の二次創作は同人誌とは異なり、多くは版元へのサンプルの事前提出とチェックを経ての許諾および売上額の数パーセント程度に設定されるロイヤリティの支払いが必須となる（ロイヤリティの割合および金額に法的な制限は無く、権利者によって異なる）。
主な店舗

あきばお?

アニメイト - 女性向けの同人誌が中心。

ゲーマーズ

書泉

メロンブックス

フロマージュ



グレップ

K-BOOKS

COMIC ZIN

コミックとらのあな

ブックメイト

まんだらけ

らしんばん - 中古品のみを取り扱う。

上記の店舗には、書店（漫画専門店・古書店）・アダルトショップの延長線として（漫画雑誌・単行本・アダルトビデオ・アダルトゲームと並行する形で）「同人誌・同人ソフトも販売」しているところや、通信販売も手がけているところもある。ダウンロード販売（デジ同人）専門での代表的なものは、DLsite.comやFANZA同人がある。
脚注^ 地方で開催する場合、会場の規模・提供の可否（成年向け同人誌を扱うイベントで提供できるか）や、都市部からの交通の便といった問題も発生する。
^ 後に店舗を大阪・日本橋や、東京・渋谷などにも出店したが、当初は通販専業の業者であった。
^ 成年コミックを含む、全ての商業誌は再販制度における「定価販売」としているため、値引きおよび値上げは一切認められず、必ず誌面に記載された価格で販売しなければならない。
^ 例として、熊本市も2012年（平成24年）度に政令指定都市へ移行することが発表されたことで、それに先駆け、同市の中心部（中央区）にもメロンブックスとらしんばんがオープンした。
^ おたく層の絶対数が少ない地域に店舗を進出させても利益が出ないため、店舗の維持費で経営が圧迫されることになる。
^ ⇒著作権について（弊社製品を題材にした二次創作物の制作・頒布） Archived 2013年7月28日, at the Wayback Machine.より。
^ ⇒著作物転載ガイドライン（A.非営利的な二次創作活動におけるガイドライン）より。