吉祥寺門前の住人が五日市街道沿いを開発・移住したことによる。当地に吉祥寺という名の寺院が所在したことはない。
沿革

1653年（承応2年）11月 - 玉川上水が開通。

1657年（明暦3年）1月18日 - 明暦の大火。

1658年（明暦4年）1月 - 再度の大火（吉祥寺大火）で吉祥寺も焼失し、現在地（駒込、現在の東京都文京区本駒込）へ移転する。

1659年（万治2年）11月 - 佐藤定右衛門、宮崎甚右衛門、松井十郎左衛門が武蔵野原野の開拓を開始。

1664年（寛文4年）7月 - 幕府代官・野村彦太夫による検地が行われ、吉祥寺村が成立する。

1703年（元禄16年）11月 - 西側に吉祥寺新田村が成立する（後に吉祥寺村へ編入）。

1868年（明治元年）6月 - 吉祥寺村が武蔵県に編入される。

1869年（明治2年）2月 - 品川県六番組に編入される。

1871年（明治4年）12月 - 東京府に編入される。

1872年（明治5年）5月 - 神奈川県に編入される。

1873年（明治6年）5月 - 大区小区制施行に伴い、神奈川県第11大区4小区に属する。

1878年（明治11年）7月22日 - 郡区町村編制法施行に伴い多摩郡が分割され、神奈川県北多摩郡吉祥寺村となる。

1889年（明治22年）

4月1日 - 町村制施行に伴い西久保村・関前村・境村及び井口新田飛地（現在の境浄水場付近）と合併し、神奈川県北多摩郡武蔵野村大字吉祥寺となる。

4月11日 - 甲武鉄道（中央本線の前身）が新宿駅 - 立川駅間で開業する。吉祥寺地内に駅・信号場等は無し。


1893年（明治26年）4月1日 - 北多摩郡・南多摩郡・西多摩郡が神奈川県から東京府へ移管され、東京府北多摩郡武蔵野村大字吉祥寺となる。

1899年（明治32年）12月30日 - 吉祥寺駅が開業する。

1928年（昭和3年）11月10日 - 武蔵野村が町制施行し、東京府北多摩郡武蔵野町大字吉祥寺となる。

1929年（昭和4年）9月1日 - 三鷹信号場が設置される。

1930年（昭和5年）6月25日 - 三鷹信号場が三鷹駅に昇格する。

1934年（昭和9年）4月1日 - 帝都電鉄井の頭線の吉祥寺駅が開業する。

1937年（昭和12年） - 前進座は、演劇映画研究所と集団住宅を吉祥寺に建設。創造（稽古）と生活（住居と食糧（田畑・養鶏））を統合した理想の場を得る。吉祥寺に演劇の香りを持ち込んだ創世期となる。

1943年（昭和18年）7月1日 - 東京都制が施行され、東京都北多摩郡武蔵野町大字吉祥寺となる。

1947年（昭和22年）11月3日 - 武蔵野町が市制施行し、東京都武蔵野市大字吉祥寺となる。

1962年（昭和37年）4月1日 - 武蔵野市内の町名整理が行われ、吉祥寺本町、吉祥寺東町、吉祥寺南町、吉祥寺北町、御殿山、中町に分割される[4]。

サブカルチャーの発信地

前進座が第二次世界大戦前の1937年から吉祥寺に根を下ろすなど、古くから演劇の町として実績がある。ジャズ喫茶、ライブハウスなどが多数点在することからジャズやロック、フォークなど音楽の街として知られている。

付近に漫画家が多く住んでいることでも知られる。このため、吉祥寺を舞台とした漫画作品が多い。『週刊コミックバンチ』（?2010年）の編集部コアミックスが存在する。現在は『月刊コミックゼノン』を発行しているノース・スターズ・ピクチャーズが後継している。

アニメーション製作会社やゲームソフトメーカーも多く、STUDIO 4℃、スタジオディーン、GAE、ミンク (企業)、シンソフィア、ブラウニーブラウン、インディーズゼロなどが事業所を構える。その他、JAP工房、マンマユート団、冬水社 グッドフェローズ (企業)、ウェーブ (模型メーカー)などが本社を構える。この影響か、吉祥寺駅前を中心にアニメ舞台のロケ地となることも多い。
学生の街

成蹊大学、東京女子大学、杏林大学井の頭キャンパス（かつては武蔵野美術大学美術学部、現在は通信教育部と武蔵野美術学園）が吉祥寺駅から徒歩圏内に、立教女学院、武蔵野大学、国際基督教大学、亜細亜大学、日本獣医生命科学大学、ルーテル学院大学などの大学が吉祥寺駅から鉄道やバスで15分圏内に点在する。