なお、運行系統が快速線と分離されている常磐線（常磐快速線）、中央本線（中央線快速）、総武本線（総武快速線）の各緩行線について、報道やテレビ等の交通情報では「各駅停車」ではなく「普通電車」と表現されることがある。ただし、中距離普通列車についても「普通電車」という表現が用いられることもある（系統としての中距離列車は単に「○○線」とされることが多い）。
案内の状況

各駅停車しかない路線の場合、種別名を冠さず単に「○○行き」とのみ案内されることもある。

他社線と直通運転を行っている場合、東京メトロ千代田線、半蔵門線、都営地下鉄浅草線、JR東日本中央・総武緩行線など、自社線内のすべての駅に停車する列車でも乗り入れ先の種別で案内することがある。

中央線快速、京浜東北線、東海旅客鉄道（JR東海）の快速列車、西武鉄道など、途中駅から先は各駅に停車する場合、それ以降の区間の種別案内を「各駅停車」に変更する路線もある。これとは逆に、各駅に停車する区間であっても種別を変更せず案内する路線もある。

関西の大手私鉄の大半は、案内放送では「各駅停車」を用いるが、方向幕や路線図をはじめとする視覚的案内では一貫して「普通」と称している。過去の慣行として各列車種別を「○○車」と呼称していたことから、山陽電気鉄道では案内放送などは「普通車」と呼称している。関東でも京浜急行電鉄や北総鉄道（駅自動放送時）においては「普通」の呼称を用いている。また、名古屋鉄道や近畿日本鉄道の名古屋輸送統括部管内では基本的に「各駅停車」という呼称を用いず、「普通」または「普通電車」の呼称を用いている。さらに京成電鉄においても、車内でのタブレット放送においては「普通」と案内される。

非常に短い区間をピストン輸送のような形で運行されるものは「シャトル」と呼ばれることがあり、関西空港線で使用されている。鉄道業界内の専門用語ではこのような列車のことをチョン行（ちょんいき/ちょんこう）という[10]。
時刻表での「各駅停車」

『JR時刻表』（交通新聞社）など、冊子の時刻表においては電車特定区間内の掲載列車を快速などの一部列車に限定している線区がある。こうした線区では各駅停車は運行区間が限定されている場合が多いが、早朝・深夜などには例外的に全区間にわたって、または通常の運行区間を越えて各駅停車で運行する列車もあり、「各駅停車」と付すことで駅の記載自体が省略されている通過駅にも停車する列車であることを表している。なお、JR西日本ではこれも「普通」と案内されている。

中央線快速（JR東日本） - 『MY LINE 東京時刻表』において、早朝・深夜に東京・中野 - 武蔵小金井・立川・豊田・高尾・大月間および青梅線に直通する（御茶ノ水 - 三鷹間で緩行線を経由する）各駅停車に注記があった[11]。2020年（令和2年）3月14日のダイヤ改正で、当該列車は消滅した。また、武蔵小金井・立川・豊田 - 高尾・大月間のみを運行し、通過駅もなく案内上も各駅停車であるが、列車種別上は「快速」という電車もある。これらは事実上各駅停車であるが注記はなく、逆に中央本線（電車特定区間を外れる大月駅発着）や青梅線に直通する電車は、直通線区のページに「快速」の種別表示がある。

東海道本線・山陽本線（JR西日本の琵琶湖線・JR京都線・JR神戸線、いわゆる京阪神緩行線） - 各駅停車の通常の運行区間は京都 - 西明石間だが、朝時間帯に草津駅と加古川駅を発着する各駅停車に注記がある。

関西本線（JR西日本の大和路線） - 各駅停車の通常の運行区間は王寺（一部奈良） - JR難波間だが、早朝・深夜に数本ある加茂発着の各駅停車に注記がある。なお、加茂始発・終着列車はそれ以外はすべて快速である。

各駅停車の通過駅

名前のとおり、各駅停車は「各駅（＝全ての駅）に停まる列車」であることを強調した存在であるが、例外として通過駅がある場合もある。なお、本項での線名は運行系統としての名称である。「普通列車#通過駅」も参照
JR
埼京線

大崎 - 池袋間は山手線と並走しているが、埼京線（山手貨物線）は大崎駅・恵比寿駅・渋谷駅・新宿駅・池袋駅にしかホームがなく、それ以外の途中の駅は各駅停車でも通過となる[12]。なお、この区間では湘南新宿ラインの「普通列車」も運行されており、同様に大崎駅・恵比寿駅・渋谷駅・新宿駅・池袋駅以外には停車しない。
相鉄線直通列車

相鉄線直通列車の大崎 - 羽沢横浜国大間は、全列車が「各駅停車」として案内され、横須賀線・湘南新宿ラインと並走しているが、新川崎駅および鶴見駅には停車しない。これは走行する品鶴線の貨物列車用線路と東海道貨物線に2駅のホームがないためである[13]。
上野東京ライン（東海道線 - 常磐線）

日暮里 - 東京 - 品川間において、列車線（上野東京ライン）は上野駅・東京駅・新橋駅・品川駅にしかホームがない（日暮里駅ホームは常磐線のみ）が、先に快速運行区間がある列車を除き「普通（列車）」であるが、常磐線快速電車の品川行きは「快速（電車）」として運行する（当初は後者を「各駅停車」と案内していた）。なお、同様に快速として運行する常磐線列車（中距離列車）の品川行きは、上野 - 品川間は「普通」と案内する。上記の埼京線と湘南新宿ラインの例と同様、停車駅が同一でも「（近距離）電車」か「（中距離）列車」かにより種別を区別している[14]。この区間では電車線の山手線・京浜東北線も並走し、山手線電車・京浜東北線の各駅停車および快速電車も運行されているが、同じ近距離電車でもそれぞれの種別と停車駅がいずれも一致していない。

なお、過去に国鉄常磐線の各駅停車が上野駅を始発・終着としていた頃（当時、上野 - 取手間を運行）は、上野 - 日暮里間にある鶯谷駅にホームがなかったため（これは現在も同じ）、同駅は各駅停車を含めてすべて通過していた（正確には山手線・京浜東北線のみの駅である）。
JR宝塚線（福知山線）

JR宝塚線（福知山線）の大阪駅発着の列車は通勤形電車使用の列車を含めて塚本駅を通過することは前記した。なお、2003年（平成15年）11月28日まではJR京都線直通にも同様の列車が設定されていた[15]。
飯田線

飯田線は、豊川以北に直通する普通列車の大半は複線区間でホームがあるにもかかわらず、船町駅と下地駅[16]を通過する。
私鉄
東急電鉄

東急大井町線の二子新地駅と高津駅を通過する各駅停車（種別表示が緑）と、停車する各駅停車（種別表示が青）が存在する。