日本ではGHQ（General Headquarters、総司令部）といえば、1945年（昭和20年）-1952年（昭和27年）の間置かれていた連合国軍最高司令官総司令部と呼称する固有名詞として用いることも多い。日本以外においてはGHQ/SCAP（General Headquarters/ Supreme Commander for the Allied Powers、総司令部／連合国軍最高司令官）と呼ぶことが通常である。

GHQ/SCAPも一般の司令部同様に次のような機構になっていた。もっとも、行政指導能力を拡充させるために幕僚部の構成が充実しているのが特徴である。

参謀部

参謀第1部（Ｇ1。人事担当）

参謀第2部（Ｇ2。情報担当） - プレスコードの実施を担当。

参謀第3部（Ｇ3。作戦担当）

参謀第4部（Ｇ4。後方担当）


幕僚部



法務局（LS）

公衆衛生福祉局（PHW）

民政局（GS:Government Section） - 政治行政。

民間諜報局（CIS:Civil Intelligence Section）

天然資源局（NRS:Natural Resources Section） - 農地改革など。

経済科学局（ESS:Economic & Scientific Section） - 財閥解体など。

民間情報教育局（CIES:Civil Information & Educational Section） - 教育改革など。

統計資料局（SRS）

民間通信局（CCS:Civil Communication Section）


副官部

脚注[脚注の使い方]^ 日本大百科全書「司令部」
^ 高井「現代軍事用語 解説と使い方」、P3
^ 「団」については旅団に準じる単位とされているが、1950年代当時に創設された際に、アメリカ合衆国軍の旅団の編制原則を参考にしている部分もあり、通常の団編成は主に将官ポストでも一番低い階級区分である陸将補（二）が充てられ、それよりも規模が小規模となる方面混成団は准将に相当する一等陸佐（一）が原則として団長に充てられており、その名残で将官ポストであっても団本部と呼称される。
^ なお日本の自衛隊における旅団編成は陸将補でも区分が上級の陸将補（一）が指定されている
^ ⇒陸上自衛隊の部隊の組織及び編成に関する訓令平成12年陸上自衛隊訓令第25号
^ a b c d 高井「現代軍事用語 解説と使い方」、P64
^ a b 高井「現代軍事用語 解説と使い方」、P65
^ 実例として2023年4月の宮古島沖陸自ヘリ航空事故にて第8師団長・第8師団幕僚長が消息不明・殉職したことに伴い、副師団長が職務を代行した。
^ 但し副旅団長が不在時における駐屯地司令職務は駐屯地に所在する部隊長等の中で最先任の職にある部隊長等が兼務する事があり、真駒内駐屯地においては幕僚長ではなく駐屯地業務隊長が司令職務代行していた