海上自衛隊では艦隊、集団、群に司令部が置かれている。

細部は自衛艦隊#司令部の編成を参照。

航空自衛隊では上から航空総隊司令部・航空方面隊司令部・団司令部（航空団や警戒管制団・航空救難団など部隊の機能に応じた各種の団が存在する。群以下も同様に部隊機能ごとに各種存在する。）・群本部（例として飛行群・整備補給群・基地業務群・高射群など）そして隊本部（例として飛行隊・整備隊・車両器材隊・補給隊・通信隊・業務隊・管理隊・監視管制隊・警戒隊・通信電子隊・高射隊・救難隊など）がある。航空団は旅団に相当しその長には将補が充てられている[6]。

1950年代前半、警察予備隊および保安隊当時、総隊総監部・第1、第2総監部・方面隊総監部および管区総監部が創設された。また、海上警備隊および警備隊当時、地方総監部が創設された。これらの呼称は警察用語および行政官庁用語の影響を受けたもので、後に方面総監部を方面隊司令部に、海上自衛隊の地方総監部を地方隊司令部に改称する提案があったものの実現せずそのままに置かれ、1950年代半ばに創設された航空自衛隊では警察・行政官庁用語の影響を受けず、伝統的な軍事用語が採用できた[7]。
中央軍事機構としての本部、総監部

旧日本陸海軍では「本部」は官衙（役所）たる中央軍事機構における行政組織の呼称にも使われた。参謀本部・陸軍技術本部・陸軍航空本部・海軍艦政本部・海軍航空本部などが有り、「総監部」の名称も教育総監部・陸軍航空総監部などで使用されている。

戦後の防衛庁（防衛省）においても調達実施本部・技術研究本部・情報本部・補給本部など旧軍および旧行政官庁用語を参考にして定められている[7]。
陸上自衛隊の師団の司令部等の構成

厳密には付隊（づきたい）は司令部の一部ではない。師団より上級又は下級の部隊の司令部は、師団のそれをより拡充させ又は簡略化させた機構となっている。旅団についてもほぼ同様の構成となっているので本項で併記する。

副師団長（陸将補（二）若しくは1等陸佐（一））・副旅団長（1等陸佐（一））
師団（旅団）の隊務につき師団長（旅団長）を助け、師団長（旅団長）に事故があるとき、又は欠けたときは、師団長（旅団長）の職務を行う[8]。副師団長・副旅団長はともに駐屯地司令を兼務する（上級の自衛官が部隊長として所在する場合も含む）。

幕僚長（1等陸佐（一）若しくは旅団においては（二））
師団長（旅団長）を補佐し、司令部の部内の事務を整理する。師団長（旅団長）の命を受け、部長、課長、医務官、監察官及び法務官の職務を統制する。予算の統制、隊務の能率的運営その他師団長（旅団長）から命ぜられた事務を行う。副師団（旅団）長に事故が発生時はその職務において代行する[9]。この役職に就く自衛官は基本的に隷下部隊及び幕僚等の統制上「連隊」・「群」長等の部隊長経験者若しくは部隊長よりも上位の自衛官が上番する。

幕僚幹事
幕僚長の行う事務を補佐し、かつ、幕僚長の命を受け、事務管理の改善、報告統制その他幕僚長から命ぜられた事務を行う。

第1部（人事担当）：部長は1等陸佐（三）若しくは2等陸佐

第2部（情報担当）：部長は2等陸佐　若しくは1等陸佐（三）

第3部（運用担当）：部長は1等陸佐（三）

第4部（補給担当）：部長は1等陸佐（三）若しくは旅団においては2等陸佐

火力調整部（特科指揮担当）：部長は1等陸佐（三）、2018年3月に廃止された第8師団第8特科連隊・第14旅団第14特科隊、2019年3月に廃止された第4師団第4特科連隊[10]、2020年3月に廃止された第6師団第6特科連隊、第9師団第9特科連隊[11]、2023年3月に廃止された第1師団第1特科隊・第12旅団第12特科隊[12]および2024年3月に廃止された第3師団第3特科隊、第10師団第10特科連隊、第13旅団第13特科隊[13]から改編。