1987年、『エスパー魔美』のチーフディレクター（監督）に抜擢される[6]。制作決定時に演出の一人として参加するつもりで手を挙げたところ、プロデューサーから指名された[4]。当時、20代後半でのチーフへの抜てきは異例のことだったので、原は「挑戦的なタイトルなので若い人にやらせてみようということだったのではないか」と推察している[7]。しかし、原が作りたい『エスパー魔美』と、テレビ局やプロデューサーが目指す『エスパー魔美』にはズレがあったので、苦労することになる[4]。原は超能力をあまり前面に出さず、主人公の魔美を平凡な中学2年生の女の子として描きたかったが、それでは彼らにとって画作りが地味すぎた[4]。さんざん「もっと派手にして欲しい」と言われて嫌気がさし、第1話のオンエア前に辞めたくなっていたが、何とか我慢して作り続けていると、出来上がった作品を見たプロデューサーやテレビ局の人間たちも次第に納得していってくれた[4]。また第96話では初めて脚本を手掛けた[8]。

1988年、『エスパー魔美 星空のダンシングドール』で映画監督デビュー[9]。原とメインライターとプロデューサーとで考えたオリジナルのプロットのいずれも原作者の藤子・F・不二雄はあまり気に入らず、「原作を元に『リリー』という古いアメリカ映画のような作品を作ってほしい」と言われた[4]。原はメインスタッフたちとその作品を鑑賞し、それを自分なりに生かして制作した[4]。

『エスパー魔美』終了後、後番組『チンプイ』のチーフディレクターを打診されていたが、退社を覚悟で休職を申し出る[注釈 6]。当時の専務である別紙壮一の配慮で休職が認められ、『チンプイ』の絵コンテを数本切った後、約10ヶ月休職する[10][11]。復帰後は『チンプイ』の演出・絵コンテを少し手がけてから後番組『21エモン』の監督となるが、人気が今ひとつで39話で打ち切りとなった。

1992年の番組開始当初から、アニメ『クレヨンしんちゃん』の制作に各話演出や絵コンテでローテーション入り[12]。1993年からスタートした劇場版シリーズには共同脚本[注釈 7]や共同演出で参加した[13]。

1996年のテレビシリーズ10月放送分より初代監督の本郷みつるの後を引き継いでチーフディレクターに就任し、劇場版も1997年の『暗黒タマタマ大追跡』から監督を務めるようになる[9][12]。

2001年の『嵐を呼ぶ モーレツ!オトナ帝国の逆襲』は絶大な支持を得て、興行収入14.5億円と3作目以降の作品で最高益を記録した[14][15]。それだけでなく、映画マニアやプロの評論家といったそれまで『クレヨンしんちゃん』に全く注目していなかった層も振り向かせることにも成功した[14][15]。制作過程で完全に子供向けアニメの枠組みをはみ出してしまった原は、観客に否定されてクビになることも覚悟していたが、逆に大人にも子供にも受け入れられ、その批評性が高い評価を受けた[16][17]。また「大人も泣ける映画」としても大きな話題となったが、自身はメインの観客層である子どもたちが画面に集中していたことが大きな手応えとなったという[14]。

2002年の『嵐を呼ぶ アッパレ!戦国大合戦』では、前作のヒットの追い風もあり、さらに挑戦的な作品作りができるようになった[14]。