中央官庁で勤務する官僚は、国会対応に追われ、連日の泊まり込みや、過労死ラインを超える月150時間ほどの残業が常態化している[16]。中でも年金・保険・労働政策を所管する職員は、他省庁よりも残業時間が長く「強制労働省」や「拘牢省」などと揶揄されているが、一般職（事務職）の国家公務員に対して労働基準法や労働安全衛生法は拘束力がなく、厚労省の出先機関である労働基準監督署による立ち入り調査もない[17]。近年では、長時間労働を抑制する働き方改革に乗り出している[18][19]。

東京大学医科学研究所公共政策研究分野教授の武藤香織によれば、新型コロナウイルス感染症の流行において、日本国政府の情報発信が遅れた理由として、厚労省のマンパワーが常態的に不足するなか、各種の対応で職員の仕事量が許容量を超え、情報発信に手が回らなかったことが原因としている[20]。

過酷な業務に耐えかねた若手や中堅のキャリア官僚が退職し人手不足が深刻化したことから、2022年には総合職の課長補佐級を中途採用すると発表した[21]。
幹部職員

一般職の幹部は以下のとおりである[22]。

事務次官：大島一博

厚生労働審議官：田中誠二

医務技監：迫井正深

大臣官房長：村山誠

総括審議官：黒田秀郎

総括審議官（国際担当）：富田望

危機管理・医務技術総括審議官：森光敬子


医政局長：浅沼一成

健康・生活衛生局長：大坪寛子

感染症対策部長：佐々木昌弘


医薬局長：城克文

労働基準局長：鈴木英二郎

安全衛生部長：美濃芳郎


職業安定局長：山田雅彦

雇用環境・均等局長：堀井奈津子

社会・援護局長：朝川知昭

障害保健福祉部長：辺見聡


老健局長：間隆一郎

保険局長：伊原和人

年金局長：橋本泰宏

人材開発統括官：岸本武史

政策統括官（総合政策担当）：鹿沼均

政策統括官（統計・情報システム管理、労使関係担当）：森川善樹

中央労働委員会事務局長：奈尾基弘

刊行物

厚生労働省が執筆・編集する白書など年次報告書には、「厚生労働白書」、「労働経済白書」、「海外情勢報告」、「働く女性の実情」、「母子家庭の母の就業の支援に関する年次報告」、「ものづくり基盤技術の振興施策」（ものづくり白書）がある。ものづくり白書はものづくり基盤技術振興基本法8条にもとづき、国会に報告する「ものづくり基盤技術の振興施策」を収録した法定白書であり、経済産業省・文部科学省とともに執筆している。広報誌には月刊の『厚生労働』がある[23]。2009年度（平成21年度）までは厚生労働問題研究会が発行主体であったが、2009年（平成21年）3月31日をもって解散したため、2009年（平成21年）4月号からは中央法規出版が編集・発行元となった。さらに、2012年（平成24年）4月号からは、日本医療企画が編集・発行元となった。
著名な出身者

前身の厚生省・労働省、両省の出身者を含む。

安井誠一郎 - 元厚生事務次官、元東京都知事

東龍太郎 - 元厚生省医務局長、元東京都知事。都立高等学校への学校群制度制定時の都知事。

中野徹雄 - 元厚生省薬務局長。薬務局長在任中、水俣病に取り組む

吉村仁 - 元厚生事務次官。医療制度改革を進める

持永和見 - 元厚生省薬務局長。薬害エイズ事件時代の薬務局長

松下廉蔵 - 元厚生省薬務局長、元ミドリ十字社長

岡光序治 - 元厚生事務次官。介護保険法などの策定に中心的に関わる。特別養護老人ホーム汚職事件で逮捕され実刑の確定判決。　

翁久次郎 - 元厚生事務次官、元内閣官房副長官（事務担当）