厚生労働省設置法第4条は計118項目の所掌する事務を列記している。具体的には以下の事項に関する事務がある。
社会保障政策（1号）
少子高齢社会への対応（2号）
疾病の予防及び治療に関する研究（3号）
労働組合（5号）
労働基本権の保障（6号）
労働関係の調整（7号）
人口政策（8号）
医療の普及・向上及び指導・監督（9、10号）
医師及び歯科医師（12号）
水道（29号）
国立ハンセン病療養所（30号）
麻薬等の取締り（32号）
毒物及び劇物の取締り（33号）
公衆衛生の向上及び増進（40号）
労働条件（41号）
産業安全・労働衛生（44、45号）
労働基準の監督（46号）
労働者災害補償保険事業（47号）
政府の行う職業紹介および職業指導（54号）
雇用保険事業（61号）
職業の安定（62号）
公共職業訓練（63号）
女性労働問題（72、73号）
児童・児童のある家庭及び妊産婦その他母性の福祉の増進（77号）
社会福祉事業の発達・改善（81号）
生活保護（82号）
消費生活協同組合（84号）
国民生活
内部組織は一般的に、法律の厚生労働省設置法、政令の厚生労働省組織令及び省令の厚生労働省組織規則が階層的に規定している。
幹部
厚生労働大臣（国家行政組織法第5条、法律第2条第2項）
厚生労働副大臣（国家行政組織法第16条）（2人）
厚生労働大臣政務官（国家行政組織法第17条）（2人）
厚生労働大臣補佐官（国家行政組織法第17条の2）（1人、必置ではない）
厚生労働事務次官（国家行政組織法第18条）
医務技監（法律第5条）
厚生労働審議官（法律第5条）
厚生労働大臣秘書官
内部部局
大臣官房（政令第2条第1項）
総括審議官（2人）（政令第18条第1項）
危機管理・医務技術総括審議官（1人）
政策立案総括審議官（1人）
公文書監理官（1人）
サイバーセキュリティ・情報化審議官（1人）
高齢・障害者雇用開発審議官（1人）
年金管理審議官（1人）
審議官（1人）
参事官（9人）（政令第19条第1項）
人事課（政令第20条第1項）
総務課
会計課
地方課
国際課
厚生科学課
医政局
総務課（政令第31条）
地域医療計画課
医療経営支援課
医事課
歯科保健課
看護課
経済課
研究開発振興課
健康・生活衛生局（旧健康局）
総務課（政令第40条）
健康課
がん・疾病対策課
難病対策課
生活衛生課
水道課
食品基準審査課
食品監視安全課
感染症対策部（政令第2条第2項）
企画・検疫課（政令第40条2項）
感染症対策課
予防接種課
2015年（平成27年）10月1日以前は総務課、がん対策・健康増進課、疾病対策課、結核感染症課、生活衛生課及び水道課の6課体制であったが、2015年（平成27年）10月1日の改正により、生活衛生課と水道課は医薬・生活衛生局[注釈 3]に移管され、残りの4課は現在の5課に再編・改称された。2023年（令和5年）9月1日、感染症対策部が設置され、企画・検疫課、感染症対策課及び予防接種課の3課を置く。健康局結核感染症課並びに医薬・生活局生活衛生・食品安全企画課及び検疫所業務課は振替廃止。生活衛生課、水道課、食品基準審査課、食品監視安全課を医薬・生活衛生局から移管。生活衛生課と水道課は、８年ぶりに戻ったことになった
医薬局（旧医薬・生活衛生局、旧医薬食品局）
総務課（政令第49条第1項）
医薬品審査管理課
医療機器審査管理課
医薬安全対策課
監視指導・麻薬対策課
血液対策課
医薬品・医療機器等の承認審査や安全対策、薬物乱用対策などを所管。生活衛生・食品安全部は食品安全、健康食品、水道などについての事務のほか、検疫所を所管。もとは医薬食品局という名称だったが、2015年（平成27年）10月1日に健康局の生活衛生課と水道課を食品安全部に移管して改称するとともに、食品安全部も生活衛生・食品安全部に改称した。2016年（平成28年）6月21日に審査管理課が医療品審査管理課に改称するとともに、「医療機器審査管理課」が新設され、そこに医療機器などの審査管理事務が旧審査管理課より移管された。2017年（平成29年）8月1日に生活衛生・食品安全企画課、食品基準審査課、食品監視安全課、生活衛生課、水道課の上に置かれていた「生活衛生・食品安全部」が廃止され、5課は医薬・生活衛生局に直属する課となった。