@media screen{.mw-parser-output .fix-domain{border-bottom:dashed 1px}}否定派は[誰?]1995年の終戦50年不戦決議阻止運動とも連携し[15]、あらたに東中野修道と佐藤和男[16]らが捕虜殺害を国際法上合法と主張し、吉田裕と論争になった[17]。

中国系アメリカ人の団体がラーベ日記の復刻や、作家のアイリス・チャンを支援し、論争が国際化したが、J.フォーゲルらからチャンの本には間違いが多いと酷評された[18]。英語圏では、政治的利害を排した「中間派」の研究が増えている[19]と中間派は主張する。否定派[誰?]は、後述するように中国側の誇張をプロパガンダとして厳しく批判している。

中国政府は、日本の虐殺肯定派が犠牲者数「20万未満」と考えていることに対して、自分らの考えと全く異なるものだと見做すようになったとされる。日本の側から加害者の意識を強調する松岡環の考え（ただし30万説は支持していない）を中国は支持しているとも言われる[20][21]。

90年代以降の日本での論争は、「まぼろし派（否定派）」の新たな論客が目立っているとも秦郁彦は考える[22]。一方で、「虚構説」の論理は、破綻しており「あったこと」が正しいことは学問的に決着がついたと肯定派の笠原十九司は主張している[23]。

否定派である[要出典]自民党の戸井田徹、西川京子などの国会議員による「日本の前途と歴史教育を考える議員の会」は、南京問題小委員会委員長であった衆議院議員の戸井田徹による2007年の衆議院内閣委員会での答弁などによって、東中野修道、佐藤和男らの説を含めた検討結果を発表。またその結果を日本語、英語の二か国語収録した「南京の実相」として出版し、これを米国国会議員などに配布して「南京で日本軍の虐殺はなかった」と主張した。

日中歴史共同研究では、両国の歴史の専門的な研究者による日中共同研究が行われ、2010年1月に報告書が発表された[24]。日本・中国双方とも中国兵・中国民間人への虐殺があったことを結論づけた[25]。虐殺の規模は、日本側は２０万人を上限として、４万人、２万人など諸説ありとし、中国側は総数３０万人余りとした[25]。また、戦争の原因も、日本側は、大半は日本側が作り出し、日本軍による様々な非違行為があったとしたものの、侵略戦争だったとの断定は避け、中国側は「対中国侵略戦争」と明記した[25]。

南京事件にまつわる訴訟として、東史郎の「郵便袋裁判」（東側が敗訴）、百人斬り裁判（原告敗訴）、東中野修道の「夏淑琴による名誉棄損裁判」（東中野側が敗訴）などがある。

現在[いつ?]も、日本・中国の事件肯定派と日本国内の保守派を中心とする事件否定派との摩擦は頻繁に見られる。