『三国志』魏書東夷伝、『後漢書』の通称倭伝（『後漢書』東夷傳）、『隋書』の通称倭国伝（『隋書』卷八十一 列傳第四十六 東夷 倭國）、『梁書』諸夷伝では「卑彌呼」、『三国史記』新羅本紀では「卑彌乎」、『三国志』魏書 帝紀では「俾彌呼」と表記されている。

一説には、差別意識ゆえ魏の史官が他国の地名、人名に蔑字を使って表記したため、この様な表記となっている。なお、同じく倭人に関する記録であった「面土国」や「壱与」などそのように当たらないケースもあるため、表記に使われる文字の意味の良し悪しは規則ではなく単純に史官個人の思想差によるものだったかもしれない。

また、他の一説には古代日本語を聞いた当時の者が、それに最も近い自国語の発音を当てた為に、また（中国から見て）単に外来語であることを表す目印として先頭の文字を特別なものとしているというものがある。これは現代日本語でのカタカナの使用や英語での固有名詞の表記、ドイツ語での名詞の表記に似た方法である。

現代日本語では一般に「ひみこ」と呼称されているが、当時の正確な発音は不明である。

ひみこ（日巫女、日御子） - 「日巫女」は太陽に仕える巫女の意。「日御子」は太陽神の御子の意。

ひめこ（日女子、姫子） - 駒澤大学教授の三木太郎の説。男性の敬称「ヒコ（日子）」に対する女性の敬称。

ひめこ（比�梼q、比売子） - 古事記における音読み表現[10]。

ひめみこ（日女御子、姫御子、女王）[11][12]

ひみか・ひむか（日向） - 松本清張が唱えた、日向（日向国）と関係するとの説。

ひみか・ひむか（日向） - 原田大六、古田武彦が唱えた、糸島の平原遺跡と福岡の奴の国を結ぶ日向峠に由来するとの説。

ひみか（日甕） - 古田武彦が唱えた、筑後風土記に登場する女性・甕依姫に該当するという説。聖なる甕という意。

ぴやこ、みやこ（宮居） - 1937年に藤井尚治が「国史異論奇説新学説考」の中で唱えた説。中国の学者が、「宮居」を人名と誤解したとし[13]、卑弥弓呼は「ミヤツコ(宮仕)」に、卑狗が「ミコ(皇子)」になるとする[13]。

ひむか・ぴむか - 長田夏樹『新稿　邪馬台国の言語　―弥生語復元―』学生社 2010年。3世紀の洛陽音の復元による。

など諸説あるが、その多くが太陽信仰との関連した名前であるとする。

一方、中国語発音を考慮する（呼にコという発音はない）と、当時の中国が異民族の音を記す時、「呼」は「wo」をあらわす例があり（匈奴語の記述例など）、卑弥呼は「ピミウォ」だったのではないかとする説もある。

また、中国史書に登場する倭の王の名がいづれも「呼」で終わることから、呉音による発音で、「卑」はヒ、「弥（彌）」の作り「爾」はニ、「呼」は作りの「乎」（三国史記では乎を用いている）はヲと発音することから、「卑弥呼」は「ヒニヲ」と読み、転訛を考慮し、「ヒノオオ」「火の王」であるという新説もある。

台湾人の学者によると古音では「ピェッ ミアー ハッ」であるという。
卑弥呼の出自

寺沢薫は卑弥呼が「夫婿なし」として、夫をもたなかったことは神聖性を保持するためだけではなく、女王の夫と子供が王位継承に関わることを回避するためであり、裏を返せばこの時代に部族的国家王たちの間で子に王位を世襲させる継承がすでにあった可能性を指摘している[14]。

また同氏は弥生時代の北部九州の王族の墓を分析した経験から、それまでの部族的国家であれば、弟は本来、男系王統の王位につくべき人物で、姉の卑弥呼は弟の王権を保証する国家的祭祀を執り行う女性最高祭司（祭主）だったのではないかと述べている。またこの姉と弟はある部族的国家の王統の生まれであるとした[15]。
卑弥呼の死

魏志倭人伝では、卑弥呼の死の前後に関し以下の様に記述されている。倭女王卑弥呼与狗奴国王卑弥弓呼素不和 遣倭載斯烏越等詣郡 説相攻撃状 遣塞曹掾史張政等因齎詔書黄幢 拝仮難升米為檄告諭之 卑弥呼以死 大作冢 徑百餘歩 殉葬者奴婢百餘人

「倭の女王卑弥呼と狗奴国の男王卑弥弓呼(ひみくこ) とは平素から不仲であった。それゆえ倭国は載斯烏越(さしあえ) らを帯方郡に派遣して狗奴国との戦闘状況を報告させた。これに対し(魏の朝廷は) 塞曹掾史の張政らを派遣した。邪馬台国に赴いた張政らは証書と黄幢を難升米（なしめ）に授け、檄文を作って諭した。卑弥呼が死んだので大いに冢を作った、径は100余歩である、殉葬された奴婢は100余人である。」

この記述は、247年（正始8年）に邪馬台国からの使いが狗奴国との紛争を報告したことに発する一連の記述である。卑弥呼の死については年の記載はなく、その後も年の記載がないまま、1年に起こったとは考えにくい量の記述があるため、複数年にわたる記述である可能性が高いが、卑弥呼の死が247年か248年か（あるいはさらに後か）については説が分かれている。また247年（正始8年）の記述は、240年（正始元年）に梯儁が来てから以降の倭の出来事を伝えたものとすれば、卑弥呼の死も240年から246年ごろに起きた可能性が高い。
「以死」について

「以死」の訓読についても諸説ある。通説では、「以」に深い意味はないとするか、「死スルヲ以テ」つまり「死んだので」墓が造られた、あるいは、「スデニ死ス」と読み、直前に書かれている「拜假難升米 爲檄告諭之」（難升米が詔書・黄幢を受け取り檄で告諭した）の時点で卑弥呼はすでに死んでいた、と解釈する。この場合、死因は不明である。一方、「ヨッテ死ス」つまり「だから死んだ」と読んだ場合、この前に書かれている、卑弥弓呼との不和、狗奴国との紛争もしくは難升米の告諭が死の原因ということになる。そのため、狗奴国の男子王の卑弥弓呼に卑弥呼は殺されたと考える説もある。また南宋の鄭樵が編纂した『通志』の「四夷伝（１９４巻）」において、現行の通行本魏志倭人伝に「卑弥呼以死」とある箇所が、「卑弥呼已死」と表記されていることが判明した [16]。これは現行倭人伝の成立前後の類書の編者である鄭樵が、倭人伝本文を「正始八年時点で卑弥呼がすでに死んでいた」と解釈していたことの直接的な証左である。
卑弥呼の死と皆既日食について

天文学者の斎藤国治は、248年9月5日朝（日本時間。世界時では9月4日）に北部九州で皆既日食が起こったことを求め、これが卑弥呼の死に関係すると唱えた。さらに、橘高章と安本美典は、247年3月24日夕方にも北部九州で皆既日食が起こったことを指摘し、247年の日食が原因で魔力が衰えたと卑弥呼が殺され、248年の日食が原因で男王に代わり壹与が即位したと唱えた。これらの説は、邪馬台国北九州説や卑弥呼・天照大神説と密接に結びついている（ただし不可分ではない）。

しかし、現在の正確な計算によると皆既日食は日本付近において、247年の日食が朝鮮半島南岸から対馬付近まで、248年の日食が隠岐付近より能登半島から福島へ抜ける地域で観測されたと考えられ、いずれの日食も邪馬台国の主要な比定地である九州本島や畿内の全域で（欠ける率は大きいが）部分日食であり[17]、部分日食は必ずしも希な現象ではないことから、日食と卑弥呼の死の関連性は疑問視されている。
卑弥呼の統治形態　―女王の国と祭政二重主権

卑弥呼の行った「鬼道」とはシャーマニズムのことであろうと推測されており[18]、未開社会においては王がシャーマンの役割を兼務していた可能性もあるが[19]身分制が確立してくるとシャーマンと祭司は分化し、祭司は上層に、シャーマンは下層になることが多い[20]。また部族社会では祭司の家系は部族の創始者、すなわち世界＝社会の創造者に由来し、祭司＝王であることも多いという[21]。

琉球研究の泰斗・鳥越憲三郎氏は卑弥呼と男弟の統治形態を見て卑弥呼の統治形態を琉球国の聞耳大君と琉球国王のような祭政二重主権の統治形態であると判断した。これを見た漢人がその独特な統治形態を理解できずに「女王国」だと報告したのだという[22]。これは古代社会に広くみられるヒメ・ヒコ制の男女二重主権であると思われる[18]。

ヒメ・ヒコの男女二重主権のヒメは奈良時代まで続いたと見られ、ヒコは5、6世紀に父系的政治社会に転換したとみられる[18]。ヒメ・ヒコ制の例は神武紀の宇佐の兎狭津彦・兎狭津媛や景行紀十八年の阿蘇国の阿蘇都彦・阿蘇都媛、『播磨国風土記』の吉備比売、吉備比古、景行紀十二年の神夏磯媛など九州に多く見られ、直木孝次郎は神功皇后もその一例だろうと述べている[23]。