かつては、海峡線を通じて、在来線の定期旅客列車が本州およびJR他社の路線へ乗り入れていたが、2016年3月26日の北海道新幹線開業後は同新幹線が定期旅客営業路線で唯一本州へ乗り入れる路線となり、JR他社への在来線の定期旅客列車の乗り入れがない唯一の会社となっている[注釈 6]。 この節は検証可能な参考文献や出典が全く示されていないか、不十分です。出典を追加して記事の信頼性向上にご協力ください。（このテンプレートの使い方）
経営問題
出典検索?: "北海道旅客鉄道"
JR旅客各社のうち、本州以外で営業するJR北海道・JR四国・JR九州のいわゆる「三島（さんとう）会社」は、発足前から経営難が予想されていた。北海道の人口は札幌市への一極集中の傾向が続いており、札幌圏を除くほとんどの道内市町村では人口減少が深刻化している。JR他社と比較して人口希薄地帯を走る路線が大半を占め、単価が高い長距離利用者が少なく、長距離利用に関しても道路網延伸や自家用車の普及、航空路線や高速バスとの競争が激しい。加えて全道が豪雪地帯・寒冷地であるため、除雪や車両・施設の維持管理費や光熱費等をはじめとして膨大な経費を要するなど、JR北海道の経営基盤は非常に弱い。
会社発足前から経営難が予想されていたことから、国による経営支援スキームとして経営安定基金が設けられている。また、JR四国やJR貨物と同様に、独立行政法人鉄道建設・運輸施設整備支援機構（発足当初は日本国有鉄道清算事業団）が株式を100%保有している。
JR北海道に対しては、元本6,822億円が交付され、元本の取崩しはせず、運用益を営業外収益として営業収支の不足分を穴埋めすることが当初の目的であった。しかしながら、バブル崩壊によりバブル景気の只中であった会社発足当時と比べ市中金利は大幅に下落し計画が崩れ[新聞 1]、当初見込んだ運用益が大きく減少している。
会社発足時からの厳しい経営状況により車両や設備の保守費用等削減を続けた結果、2011年の石勝線特急列車脱線火災事故をはじめとした数々の不祥事が連続し、2014年1月に国土交通大臣より「輸送の安全に関する事業改善命令及び事業の適切かつ健全な運営に関する監督命令」が行われた。これを受けて国土交通省からJR北海道への指導や監査と共に鉄道・運輸機構からの600億円の設備投資支援が行われた。
以後、軌道の補修工事やキハ40系をはじめとした老朽車両の新型車両への置き換えが行われている。その後も2019 - 2020年度に400億円程度の財政支援を行う計画を公表した[新聞 2]。また、2021年3月26日に国鉄清算事業団債務等処理法の改正法が参議院本会議で可決・成立され、2030年度まで国の財政支援が可能になり、3年間で1,302億円支援する事が発表された[新聞 3]。2021年9月28日には、今後10年間で約1,450億円を支援し、6,822億円のうち2,900億円を鉄道建設・運輸施設整備支援機構が借り入れ、年5%の利息を払うことが決定された[新聞 4]。
また、JR四国とともに民営化時から固定資産税と都市計画税の減免などの特例措置を受けている。民営化時は10年間の特例措置とされたが、その後5年単位で更新されている。2022年度税制改正大綱で、減免措置の5年間延長が盛り込まれたが、この時点での試算では減免措置を廃止すると収益に30億円程度の影響が出るとみられている[4]。 2016年11月16日、の島田修社長（当時）らが記者会見を開き、当時の営業路線2,500km余りの半分にあたる1,236kmについて、JR北海道単独で維持することが難しいとして、バスへの転換や運行にあたって自治体からの財政支援が不可欠だと明らかにした[報道 1][報道 2]。路線1kmあたりの平均乗客数である輸送密度で2,000人に満たない路線が対象となっていて、特に200人に満たない3区間についてバスへの転換、それ以外の区間は自治体の財政支援を求め、今後協議を進めていくとした。 一方で、同年11月26日に北海道経済連合会は「道内の公共交通ネットワークのあり方についての『提言書』概要」をまとめ、JR貨物が第二種鉄道事業路線として北海道支社が利用している区間の線路使用料設定が低水準であり、制度見直しと支援策を要求すべきとした。食関連産業や観光を基幹産業ととらえ、道路・鉄道・航空・港湾に関しての代替手段や相互補完を考察しながらの整備・活用することが必要と提言した[新聞 5]。 また、北海道の地域公共交通検討会議が2017年3月28日にまとめた報告書案では、道内交通網を、中核都市間の「幹線交通」、観光移動を支える「広域交通」、市町村の生活に密着した「市町村交通」に3分類し、最適な交通サービスを追求すべきとしている[新聞 6]。 2017年12月6日にはJR北海道再生会議の有志からJR北海道および北海道知事、道内市町村長、道民、国土交通大臣に向けて声明が出された。JR北海道に対しては事業者としてできること、できないこと、よい情報も悪い情報も道民に徹底的に開示する姿勢を求め、維持できない路線については「もっと便利になる」「具体的な提案」を積極的に提示すべきとし、これに対しJR北海道は国に甘えない体制を作ると発表した[報道 3]。 名称所在地 2022年7月1日現在[5]
維持困難路線の公表
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本社北海道札幌市中央区北11条西15丁目1番1号
釧路支社北海道釧路市北大通14丁目5番地
旭川支社北海道旭川市宮下通6丁目4152番地2
函館支社北海道函館市若松町12番5号
本社組織
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地域計画部
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運用課
運行管理課
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乗務員養成室
車両部
検修課
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新幹線検修課
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管理課
保線課
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