地上駅。変則的な2面2線を持つ。

開設当初は単式ホーム1面1線（現1番線）に駅舎を設けた駅であったが[1]、1995年（平成7年）に当駅折り返し列車用に行き止まり（頭端式ホーム様）の2番線を設置した[新聞 2]。

その後、東側（1番線・2番線終端方）の改札口（以下、便宜上東改札口と呼称）北海道医療大学と改札口の直結通路整備、旧駅舎の撤去、当駅以遠の鉄道廃止にむけてのバスターミナル機能（待合室等）整備、2番線の桑園方への改札口（以下、便宜上西改札口と呼称）新設、1番線の行き止まり化により現行の形態となった[報道 11]。

当別駅管理の無人駅。東改札口は北海道医療大学キャンパスへ直結する通路が設けられており、併せてバスターミナル・待合室・トイレが整備されている[報道 11]。
のりば

番線路線行先
1・2■札沼線（学園都市線）札幌方面[10]


旧駅舎（2004年6月）

旧駅舎撤去後の駅東側（2013年5月）

東口東側（2020年5月）

西口（2020年5月）

東口待合室（2020年5月）

東改札口（2020年5月）

西改札口（2020年5月）

1番線ホーム（2017年5月）

2番線に設置されている車止め（2018年8月）

1番線より線路終端を望む。廃止直後のため仮設の車止めとなっている（2020年5月）

当駅以遠廃止前の1番線新十津川方架線終端（2013年5月）

利用状況

JR北海道によると、乗車人員（特定の平日の調査日）平均は以下のとおりである。

調査対象の5年間5年間の各調査日における
平均乗車人員 （人）出典
2012 - 2016年（平成24 - 28年）2,033.0[報道 12]
2013 - 2017年（平成25 - 29年）2,171.4[報道 13]
2014 - 2018年（平成26 - 30年）2,283.8[報道 14]
2015 - 2019年（平成27 - 令和元年）2,369.4[報道 15]


国土交通省による「当別町地域公共交通総合連携計画」によると近年の推移は下表のとおり。

乗車人員推移
年度1日平均人数
1999年（平成11年）[11]996
2000年（平成12年）[11]1,026
2001年（平成13年）[11]951
2002年（平成14年）[11]1,117
2003年（平成15年）[11]1,151
2004年（平成16年）[11]1,337
2014年（平成26年）[12]1,700

駅周辺

周辺には、大学のほかには民家および田畑が見られる。

国道275号

北海道医療大学当別キャンパス

当別ふれあいバス「北海道医療大学」停留所[13]

下段モータース 月形当別線（札沼線廃止区間代替）「JR北海道医療大学駅」停留所[14]

セイコーマート北海道医療大学店

隣の駅
北海道旅客鉄道（JR北海道）
■札沼線（学園都市線）当別駅 (G13) - 北海道医療大学駅 (G14)
かつて存在した路線
北海道旅客鉄道（JR北海道）
札沼線（廃止区間）北海道医療大学駅 (G14) - 石狩金沢駅
脚注[脚注の使い方]
注釈^ 分岐器真下のピットに遠赤外線ヒーターを設置し、車両から落下する氷塊を溶かすことで、不転換を防止するもの。
^ 当初、同年4月3日の発表では、定期列車の最終運行は同年5月6日を予定しており、その後、同月15日の発表で4月24日へ変更されていた。

出典^ a b 宮脇俊三、原田勝正 著、二見康生 編『北海道630駅』小学館〈JR・私鉄各駅停車〉、1993年6月20日、70-71頁。.mw-parser-output cite.citation{font-style:inherit;word-wrap:break-word}.mw-parser-output .citation q{quotes:"\"""\"""'""'"}.mw-parser-output .citation.cs-ja1 q,.mw-parser-output .citation.cs-ja2 q{quotes:"「""」""『""』"}.mw-parser-output .citation:target{background-color:rgba(0,127,255,0.133)}.mw-parser-output .id-lock-free a,.mw-parser-output .citation .cs1-lock-free a{background:url("//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/6/65/Lock-green.svg")right 0.1em center/9px no-repeat}.mw-parser-output .id-lock-limited a,.mw-parser-output .id-lock-registration a,.mw-parser-output .citation .cs1-lock-limited a,.mw-parser-output .citation .cs1-lock-registration a{background:url("//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/d/d6/Lock-gray-alt-2.svg")right 0.1em center/9px no-repeat}.mw-parser-output .id-lock-subscription a,.mw-parser-output .citation .cs1-lock-subscription a{background:url("//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/a/aa/Lock-red-alt-2.svg")right 0.1em center/9px no-repeat}.mw-parser-output .cs1-ws-icon a{background:url("//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/4/4c/Wikisource-logo.svg")right 0.1em center/12px no-repeat}.mw-parser-output .cs1-code{color:inherit;background:inherit;border:none;padding:inherit}.mw-parser-output .cs1-hidden-error{display:none;color:#d33}.mw-parser-output .cs1-visible-error{color:#d33}.mw-parser-output .cs1-maint{display:none;color:#3a3;margin-left:0.3em}.mw-parser-output .cs1-format{font-size:95%}.mw-parser-output .cs1-kern-left{padding-left:0.2em}.mw-parser-output .cs1-kern-right{padding-right:0.2em}.mw-parser-output .citation .mw-selflink{font-weight:inherit}ISBN 4-09-395401-1。 
^ 鶴 通孝「学園都市線の新しい夏　電化と輸送改善で変貌する札沼線」『鉄道ジャーナル』第46巻第8号（通巻550号）、鉄道ジャーナル社、2012年8月、pp.40-49。 
^ 『交通公社の国鉄監修北海道時刻表　昭和61年3月号』日本交通公社、1986年3月1日。 
^ a b 曽根悟（監修） 著、朝日新聞出版分冊百科編集部 編『週刊 歴史でめぐる鉄道全路線 国鉄・JR』 24号 石勝線・千歳線・札沼線、朝日新聞出版〈週刊朝日百科〉、2009年12月27日、25頁。 
^ a b 太田幸夫『北海道の駅 878ものがたり?駅名のルーツ探求?』（1版）富士コンテム、札幌市、2004年2月29日、90頁。ISBN 4-89391-549-5。 
^ 太田幸夫『北の保線　線路を守れ、氷点下40度のしばれに挑む』交通新聞社、2011年8月15日、121-122頁。ISBN 978-4-330-23211-9。