駅舎は、2階がコンコース、3階がプラットホーム。改札内にはエレベーター、エスカレーター、多目的トイレなどがある。道路を挟んだ駅東側歩道と、駅西側の北埠頭デッキプラザまでペデストリアンデッキによって結ばれている。この北埠頭駅ビル内にエレベーターが設置されている。

出入口

改札口

ホーム

駅名標

ダイヤ

日中時間帯は1時間あたり6本発車する。朝ラッシュ時は約4 - 7分間隔で発車する。
案内上の扱い

三宮駅を発車した当駅を経由する列車は、中公園駅まで北埠頭行きとして、みなとじま駅と市民広場駅は北埠頭経由三宮行きとして案内され、単線区間の南公園駅以降は三宮行きとして案内される[2]。

なお、神戸空港駅方面が開通するまでは、三宮駅からポートターミナル駅ではポートアイランド方面ゆき、中公園駅では三宮（市民病院前経由）ゆきとして案内され、当時は市民病院前駅（現：みなとじま駅）より単線区間であったため、そこから三宮ゆきとして案内されていた。また、全線均一運賃であったポートライナーの定期券には「三宮 - 北埠頭」と記載されていた[3]。
利用状況

2019年度の1日あたりの平均乗車人員は855人で、神戸新交通の駅では第17位、ポートアイランド線では第11位。

1989年（平成元年）以降の年度別1日平均乗車人員の推移は下記の通りである[4]。

年度1日平均
乗車人員
1989年（平成元年）1,737
1990年（平成02年）1,704
1991年（平成03年）2,167
1992年（平成04年）2,292
1993年（平成05年）2,162
1994年（平成06年）2,113
1995年（平成07年）1,621
1996年（平成08年）2,186
1997年（平成09年）1,918
1998年（平成10年）1,784
1999年（平成11年）1,775
2000年（平成12年）1,661
2001年（平成13年）1,751
2002年（平成14年）1,707
2003年（平成15年）1,710
2004年（平成16年）1,720
2005年（平成17年）1,650
2006年（平成18年）1,151
2007年（平成19年）1,126
2008年（平成20年）1,161
2009年（平成21年）1,137
2010年（平成22年）1,121
2011年（平成23年）1,077
2012年（平成24年）1,038
2013年（平成25年）1,068
2014年（平成26年）1,099
2015年（平成27年）1,096
2016年（平成28年）1,038
2017年（平成29年）1,027
2018年（平成30年）1,066
2019年（令和元年）855

駅周辺

進行方向向かって右側が埠頭になっており、多くの倉庫やコンテナヤードが並ぶ。

北埠頭デッキプラザ（北埠頭駅ビル）

神戸港島中町郵便局


神戸税関ポートアイランド出張所

神戸港港島トンネル

隣の駅
神戸新交通
■ポートアイランド線（ポートライナー）※中公園・三宮方面への一方向のみ運行中埠頭駅 (PL08) → 北埠頭駅 (PL09) → 中公園駅 (P04)
脚注[脚注の使い方]^ a b c d e f g h 『兵庫の鉄道全駅 私鉄・公営鉄道』神戸新聞総合出版センター、2012年12月10日、244頁。.mw-parser-output cite.citation{font-style:inherit;word-wrap:break-word}.mw-parser-output .citation q{quotes:"\"""\"""'""'"}.mw-parser-output .citation.cs-ja1 q,.mw-parser-output .citation.cs-ja2 q{quotes:"「""」""『""』"}.mw-parser-output .citation:target{background-color:rgba(0,127,255,0.133)}.mw-parser-output .id-lock-free a,.mw-parser-output .citation .cs1-lock-free a{background:url("//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/6/65/Lock-green.svg")right 0.1em center/9px no-repeat}.mw-parser-output .id-lock-limited a,.mw-parser-output .id-lock-registration a,.mw-parser-output .citation .cs1-lock-limited a,.mw-parser-output .citation .cs1-lock-registration a{background:url("//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/d/d6/Lock-gray-alt-2.svg")right 0.1em center/9px no-repeat}.mw-parser-output .id-lock-subscription a,.mw-parser-output .citation .cs1-lock-subscription a{background:url("//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/a/aa/Lock-red-alt-2.svg")right 0.1em center/9px no-repeat}.mw-parser-output .cs1-ws-icon a{background:url("//upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/4/4c/Wikisource-logo.svg")right 0.1em center/12px no-repeat}.mw-parser-output .cs1-code{color:inherit;background:inherit;border:none;padding:inherit}.mw-parser-output .cs1-hidden-error{display:none;color:#d33}.mw-parser-output .cs1-visible-error{color:#d33}.mw-parser-output .cs1-maint{display:none;color:#3a3;margin-left:0.3em}.mw-parser-output .cs1-format{font-size:95%}.mw-parser-output .cs1-kern-left{padding-left:0.2em}.mw-parser-output .cs1-kern-right{padding-right:0.2em}.mw-parser-output .citation .mw-selflink{font-weight:inherit}ISBN 9784343006745。