5月31日にジョンストンが負傷・入院し軍の指揮をとれなくなったため、予備部隊の指揮官であったグスタヴス・ウッドソン・スミス少将が臨時の軍司令官になった。しかしながら、翌日にデイヴィス大統領の命令で、ロバート・リー大将が軍司令官に就任した。
リー司令官時代ロバート・E・リー大将フレデリックスバーグの戦い時の北バージニア軍戦闘序列（1862年12月）荒野の戦い時の北バージニア軍戦闘序列（1864年5月5日-7日）

1862年6月1日、最も有名であり、かつ最後の軍司令官となったロバート・E・リー大将が負傷したジョンストンに代わって軍司令官を引き継いだ。最初の1年間、リーには2人の主要な部下がいた。右翼の指揮官であるジェイムズ・ロングストリート中将と左翼の指揮官であるストーンウォール・ジャクソン中将である。11月6日に、この2つの翼は第1軍団（ロングストリート）と第2軍団（ジャクソン）に名称が変更された。チャンセラーズヴィルの戦いでジャクソンが戦死した後の1863年5月30日、リーは北バージニア軍を3個軍団に再編した。ロングストリートの第1軍団、リチャード・イーウェル中将の第2軍団、A・P・ヒル中将の第3軍団である。1864年10月19日に、リチャード・H・アンダーソン中将の第4軍団が加わったが、1865年4月8日には第4軍団は第2軍団に統合された。第1?第3軍団の軍団長は、1864年から1865年にかけて頻繁に交替した。騎兵軍団はJ・E・B・スチュアート少将が指揮した。騎兵軍団の設立は1862年8月17日で、1864年5月11日（スチュワートが瀕死の重傷を負った日）に廃止され、騎兵部隊は軍直轄となった。予備砲兵部隊はウィリアム・ペンドルトン准将が指揮官を務めた[1]。
リー司令官時代に編成された軍団

北バージニア軍の兵力は拡大と縮小を繰り返したが、基本的には以下の構成であった。軍団は、「翼」や「コマンド」と呼ばれることもあった。

第1軍団

第2軍団

第3軍団

第4軍団、アンダーソン軍団と呼ばれることもある

騎兵軍団

作戦及び戦闘

北バージニア軍が参加した主たる作戦・戦闘は以下のとおりである。

作戦年作戦開始時の兵力戦闘
半島方面作戦1862年55,633セブンパインズ（フェアオークス）
七日間の戦い1862年約92,000ゲインズミル、マルバーンヒル
北バージニア方面作戦1862年約54,000第二次ブルラン
メリーランド方面作戦1862年約60,000アンティータム
フレデリックスバーグ方面作戦1862年約75,000フレデリックスバーグ
チャンセラーズヴィル方面作戦1863年約75,000チャンセラーズヴィル
ゲティスバーグ方面作戦1863年75,054ゲティスバーグ
ブリストー方面作戦1863年55,221 
マイン・ランの戦い1863年約50,000 
オーバーランド方面作戦1864年62,230荒野の戦い、スポットシルバニア・コートハウス、コールドハーバー
リッチモンド・ピータースバーグ方面作戦1864年?65年82,633ピーターズバーグ攻撃、クレーター、ステッドマン砦
アポマトックス方面作戦1865年約50,000ファイブフォークス、アポマトックス・コートハウス

1865年4月9日、アポマトックス・コートハウスにおいてリー大将が北軍ユリシーズ・グラント中将への降伏文書に署名し、北バージニア軍がポトマック軍に降伏したことにより、南北戦争は実質的に終了した。翌日、リーは北バージニア軍に対する告別の辞を出している。
歴史
1861年10月22日創立時の編成Battleflag made out of silk from November, 1861

北バージニア軍管区は1861年10月22日に成立した[3]。軍司令官は ジョセフ・ジョンストン大将で、軍管区は3個の小軍管区から構成されていた。

軍司令官：ジョセフ・ジョンストン大将

小軍管区師団旅団指揮官
ポトマック小軍管区P・G・T・ボーリガード大将
第1師団アール・ヴァン・ドーン少将
第2師団グスタヴス・ウッドソン・スミス少将
第3師団ジェイムズ・ロングストリート少将
第4師団エドマンド・カービー・スミス少将
アクイア小軍管区Theophilus H. Holmes少将
フレンチ旅団Samuel Gibbs French准将
第2旅団John G. Walker准将
バレー小軍管区ストーンウォール・ジャクソン少将
ガーネット旅団リチャード・ガーネット准将
アシュビー騎兵旅団ターナー・アシュビー大佐

1862年2月28日の実兵員数は47,617人であった[4]。砲兵は砲兵軍団として組織され、109門の大砲を保有していた。
1862年4月30日の編成Battleflag made of wool, 1862

北バージニア軍の名前が最初に使用されたのは、1862年4月12日の「バージニア小軍管区」と「ノフォーク小軍管区」に対して出された、指揮系統に関する命令においてであった[5]。4月30日時点での軍の編成は以下のとおりであった[6]。

軍司令官：ジョセフ・ジョンストン大将

翼師団旅団指揮官
右翼ジョン・マグルーダー少将
マクローズ師団ラファイエット・マクローズ准将
トゥームズ准将ロバート・トゥームズ准将
イーウェル旅団B. S. Ewell大佐
中央翼ジェイムズ・ロングストリート少将
A・P・ヒル旅団A・P・ヒル准将
アンダーソン旅団リチャード・H・アンダーソン准将