古代から中世において、万物の根源は仮説を積み上げる手段で考えられ、その源にある不可分なものを「元素」と捉えていた[2]。ヨーロッパで成立した近代科学の成立以降、物質の基礎単位は原子、とする理論が構築されてからは、原子は「物質を構成する具体的要素」、元素は「性質を包括する抽象的概念」というように変わった[2][3]。

《原子》は構造的な概念であるのに対して、《元素》は特性の違いを示す概念である[5]。具体的には、各元素の差異は原子番号すなわち原子核に存在する陽子の数（核種）で区分される。したがって中性子の総数により質量数が異なる同位体も同じ元素として扱われる[3]。これに対し原子は中性子の個数を厳密に捉える。したがって、元素とは原子の集合名詞ということもできる[2]。電子の増減によって生じる状態であるイオンは、原子が電荷を帯びた状態として考えられる[6]。英語 "element" は「根本にあるもの」を意味する。他の用例では電気回路の「素子」も同じ単語が用いられる[5]。

いろいろなモノが一体何からできているのかという疑問と考察は洋の東西を問わず古代からあり、物質観・自然観・世界観と関連づけながらそれぞれの文明圏で体系がなされた。それらが「火」「水」「土」など自然現象から抽出された少数の「元素」であり、宗教と関連づけられることもあった[7]。物質の根源が（現在に似た方向で）体系づけられたことはアイルランドの自然哲学者ロバート・ボイル（1627年?1691年）に始まるといわれる（彼の考え方が後の科学者[注釈 2]に共通認識として広がることになった）。彼は実験・測定・分析を重視し、それらの結果から「これ以上細かく分けられない物質」を元素と定義した[5]。以後、様々な考察とそれを裏付ける実験が行われ、元素を「粒子」として捉える今日の元素観および原子論が確立された[5]。

元素の性質は最外殻電子（価電子）に大きく影響されるため、同様な性質を持つ元素は元素の族（元素群）として、周期表においても族（周期表の列）や系列として纏められている[8]。現在、元素は118種類の存在が確認され、いずれも国際純正・応用化学連合（IUPAC）により正式名称が与えられている。なお、元素は173番目まで存在可能との説も唱えられている[9]。
歴史発見された時代で色が分けられた周期表。なお、赤は古代から知られていた元素、黄色系統は1869年までに発見された元素、緑は1923年までに発見された元素、青は1945年までに発見された元素、灰色は20世紀末までに発見された元素である。
古代の万物の根元観五行思想における5つの元素