旧制度下においては勲等の序列は旧来の宮中席次に則り、上位から旭日章、宝冠章、瑞宝章の順に、同じ勲等の中では最も下位に位置づけられていた。その序列において、瑞宝章とその上位の宝冠章の格差は、宝冠章とその上位の旭日章の格差よりも大きいとみなされており、瑞宝章の各等級は旭日章と宝冠章に比べて半等級下位とみなされ、勲一等瑞宝章は旭日章と宝冠章の勲一等と勲二等の中間、勲二等瑞宝章は旭日章と宝冠章の勲二等と勲三等の中間に位置付けられていた[5]。しかし2003年（平成15年）、栄典制度の抜本的改革にあたり、栄典制度の男女公平化によって旭日章、桐花章、菊花章が女性にも等しく開放されることとなり、瑞宝章もこれまでとはその栄典の性質を変化させた。栄典制度改正により瑞宝章は旭日章と同格になり[5]、瑞宝章は旧制度下での旭日章と宝冠章の下位の勲章という位置づけから、国家に対する貢献の質的な違いで旭日章と差別化が図られることになった。すなわち、旭日章が「国家や公共への功労」という観点を重視して授与されるのに対し、瑞宝章は「公務か公務に準ずる公共的な業務への長年の奉仕」という観点を重視して授与されるように、より明確化されたのである。その国家に対する貢献と言う観点での質的な違いをより正確にいうと、旭日章の授章基準が“国家または公共に対し功労がある者の内、功績の内容に着目し、顕著な功績を挙げた者”であるのに対し、瑞宝章の授章基準は“国家または公共に対し功労があり、公務等に長年従事し、成績を挙げた者”である[6]。
外国人に対する儀礼的叙勲での運用

瑞宝章が儀礼叙勲で用いられることは少ないが、国賓の来日や皇族の外遊などの際に同席する、「広義のロイヤルファミリーとして一般に認知されているが、個人としては公式な王族の身位を所持しない者」や「準王族・元王族」といった身位の者に対して大綬章（勲一等）が贈られてきた例がある。タイのソムサワリ元皇太子妃や、オランダのマルフリート王女（ベアトリクス女王の妹）の夫ピーター・ファン・フォレンホーフェン（英語版）などにその例を見ることが出来る。

珍しい例としては、明仁上皇が皇太子時代に美智子妃を伴ってマレーシアを公式訪問した際に、接遇にあたった「前国王の令息の妃」に対して儀礼叙勲として勲一等瑞宝章を贈与している。通常、女性王族であれば勲一等宝冠章が与えられるところであるが、マレーシアの国王は複数のスルタン家の中から任期を指定して輪番制で選ばれる。このため「正式な王家・王族」の定義が時期によって変わり、身位の定義が難しかった。そこで日本国政府の下した判断が、勲一等瑞宝章の贈与であった。