勤務時間は一定の時間が定められてはいるが、過酷な労働時間となっている場合も少なくなく、疲弊して退職するケースがよく見られる。またその状況に対し病院の設置者を不当労働行為で告発したケース（愛知県新城市民病院）や未払いの時間外労働の賃金を請求する訴訟（奈良県）が起こされることもある。
また、勤務医は給与所得者であるため、他職種と同じく定年が存在していることが多く、定年後も医業を継続したいと思う医師が、個人事業主たる開業医へと転向する傾向にあり、新卒医師も開業に向かない脳神経外科や、病理等を敬遠する傾向にある。
また、開業医は個人事業主であり、納税においても租税特別措置法26条の破格の経費優遇措置があるが、勤務医は給与所得者であり、他職種と同じく経費優遇がほとんど無いため、開業医へ転向する傾向への助長ともなっている。
脚注[脚注の使い方]^ “勤務医は定年後、どう身を振るべきか？