かつて創価学会は日蓮正宗の在家の信徒団体であったが、戸田が布教の利便と宗門である日蓮正宗を外護するため、宗門に宗教法人格の取得の許可を願い出た。そこで日蓮正宗は「新規に入会した会員は信徒として末寺に所属させること」、「（日蓮正宗の）教義を守ること」、「仏・法・僧の三宝を守ること」を条件に承諾した[109]。
昭和52年路線

1977年（昭和52年）1月の第9回教学部大会において、池田は寺院の意義について、修行者が集い、仏法を研鑽し、布教へ向かうための道場・拠点と位置付け、その本義からして、「創価学会の本部・会館、また研修所もまた「近代における寺院」というべき」と語った[138]。

これに対し、宗門=日蓮正宗側は「池田の主張は教義からの逸脱である」と批判し、批判を受けて創価学会は謝罪した[139]。さらに、山崎正友が独自に宗門若手僧侶を扇動し、批判活動を行わせた。山崎は創価学会への恐喝罪により懲役3年の実刑判決を受けている[140]。

日本基督教団所属のキリスト教徒として創価学会の立場を支持する元外交官・作家の佐藤優によれば、創価学会と日蓮正宗の対立の「背景には、僧侶が『上』、一般信徒は『下』とする宗門の宗教観と、そのようなヒエラルキーを認めない民衆宗教である創価学会の基本的価値観の対立があった。