オートクレーブ等の殺菌方法では、血液中の全ての種類のウイルスを死滅させることはできないため、施術用の針やインクの再利用は感染症の原因となる。そのため、血液の付着する施術用の針やインクは使い捨てにする必要がある。

安全管理が不十分な場合、B型肝炎、C型肝炎、HIVに感染する場合がある[32]ほかアレルギー[33]、肉芽腫[34]の発症が報告されている。
入れ墨の除去

美容外科では入れ墨の除去手術が行われている。その方法としては、皮膚の表面を削りガーゼ等で顔料を吸い取る、自家植皮をする、レーザーで色素を分解する、入れ墨が小さい場合には縫い合わせる、といったものがある。入れ墨の除去手術をしても手術痕は残る上、複数回の手術が必要となるため患者は苦痛に耐え続けなければならず、健康保険が適用されないため多額の費用も必要であり、種々の困難を伴う。入れ墨を施す際には、除去手術が極めて困難であることを十分に考慮する必要がある。
日本における入れ墨
入れ墨の歴史
上古まで

縄文晩期・弥生期の日本は@media screen{.mw-parser-output .fix-domain{border-bottom:dashed 1px}}世界でも有数の入れ墨文化を有していたと考えられている[誰によって?]。紀元前1500年頃より、縄文時代の土偶には入れ墨を思わせる紋様が描かれている。縄文人と文化的関係が深いとされる蝦夷やアイヌ民族の間に入れ墨文化が存在（後述）したため、これも縄文人による入れ墨の習慣の傍証とされる。

続く弥生時代にあたる3世紀の倭人（日本列島の住民）について記した『魏志倭人伝』には、「男子皆黥面文身」との記述がある。黥面とは顔に入れ墨を施すことであり、文身とは身体に入れ墨を施すことであるため、これが現在確認されている日本の入れ墨の最古の記録である。同書には水に潜って漁をするときのまじないとして入れていたものが装いに転じ、地域や階級によって刺青が異なるとも書かれている。

また『魏志倭人伝』と後の『後漢書東夷伝』には、

「男子皆黥面文身以其文左右大小別尊之差」（魏志倭人伝）

「諸国文身各異或左或右或大或小尊卑有差」（後漢書東夷伝）

と、共通した内容の入れ墨に関する記述が存在し、入れ墨の位置や大小によって社会的身分の差を表示していたことや、当時の倭人諸国の間で各々異なった図案の入れ墨が用いられていたことが述べられている。魏志倭人伝ではこれら倭人の入れ墨に対して、中国大陸の長江沿岸地域にあった呉越地方の住民習俗との近似性を見出し、『断髪文身以避蛟龍之害』と、他の生物を威嚇する効果を期待した性質のものと記している。

古墳時代、4世紀になると入れ墨を施した埴輪（黥面埴輪）が登場するようになるが、6 - 7世紀ごろになると入れ墨の文化は徐々に廃れていくものとなる。

古代の畿内地方には入れ墨の習俗が存在せず、入れ墨の習俗を有する地域の人々は外来の者として認識されていた、との主張も存在する。これは『古事記』の神武天皇紀に記された、伊波礼彦尊（後の神武天皇）から伊須気余理比売への求婚使者としてやって来た大久米命の“黥利目・さけるとめ”（目の周囲に施された入れ墨）を見て、伊須気余理比売が驚いた際の記述[35]を論拠とするものである。

さらに、『日本書紀』には蝦夷が入れ墨をしているという記述があり、全員入れ墨をしていたという邪馬台国と大和朝廷とでは、入れ墨に関して正反対の態度が窺える。

これに対して、顔に入れ墨と思しき線が刻まれた人物埴輪が畿内地方からも出土[36]している例や、出土地域による図案の違いから、類型化もなされている事実などが反証として挙げられている。

ただし、近年の研究ではアイヌの入れ墨は縄文の形式を踏襲したもので、弥生時代・古墳時代の黥面は大陸側の龍文化の影響を受けて成立していたことが示されており、日本列島の東西黥面文化さらに大陸文化が混じることで、古代日本のいれずみ文化が形成されていたことが指摘されている。また、『古事記』『日本書紀』にみる黥・文身の内容は事実の記録ではなく、当時の国際情勢から政治的に操作されての記述であることが指摘されている[37]。
奈良時代 - 戦国時代

古代の日本における入れ墨の習俗が廃れるのは、王仁および513年の百済五経博士渡来による儒教の伝来以降と考えられる。

遣唐船の乗組員に入れ墨の習俗があったとされ、後に発生した倭寇集団もまた入れ墨を入れており、海上交易や漁撈を生業とする人々の間では、呪術と個体識別の目的で広く入れ墨が施された。

この他、蝦夷や隼人といった人々や儒教と対立した密教の僧侶によって、入れ墨の技術が継承された。山岳仏教出身者であり書寫山圓教寺を開いた性空は、胸に阿弥陀仏の入れ墨を入れていた。日本においては耳なし芳一の説話が有名だが、経文を直接身体に書き込む行為は、仏法への帰依とその加護を得る目的で広く行われた。現代のタイやカンボジアなど上座部仏教の盛んな地域では、経文を身体に入れ墨する習慣が一般的に見られる。

中世に入ると人々の日常生活を描いた絵画が残されるようになるが、これらの絵画に入れ墨をした人々が描かれている例は見られない。

また、戦国時代には死を覚悟した雑兵達が、自らの名や住所を指に入れ墨で記す個体識別目的の習俗があった。
江戸時代浪子燕青（水滸伝より）
歌川国芳作入れ墨を施した男性
フェリーチェ・ベアト撮影（1870年頃）アドルフォ・ファルサーリ撮影、手彩色写真（1881年）[38]

17世紀頃になると入れ墨に対する記録が残されるようになる。当時、入れ墨による芸術や表現の文化は社会であまり見かけないものであったが、江戸神田の釣鐘与弥左衛門には文字の入れ墨で「南無阿弥陀仏」とあったことが知られている。江戸や大阪などの大都市に人口が集中し始めたことから、犯罪の抑止を図る目的で入墨刑が用いられるようになり、1720年（享保5年）には徳川吉宗が中国の明王朝で行われていた墨刑（入れ墨刑）を採用した。そのようなことから江戸の後期頃になると、罰としての「入墨（いれずみ）」（烙印）と「彫り物（ほりもの）」（芸術表現）とで呼称を分けて、そこでの意味を区別する風潮が生じていた[37]。

遊廓などにおいては、遊女が馴染みとなった客への気持ちを表現し起請する手段として、上腕に相手の年の数のほくろを入れたり、「○○命」といった入れ墨を施す「起請彫（きしょうぼり）」（神仏に禊を立てるという意味を持つ彫り物[39]）と呼ばれた表現方法が流行した。

こうした風潮に伴って、古代から継承された漁民の入れ墨や、経文や仏像を身体に刻む僧侶の入れ墨といった、様々な入れ墨文化が都市で交わった。

現代に続く日本の華美な入れ墨文化は、江戸時代中期に確立された。

明和・安永期（18世紀後半）になると、侠客の間で刺青を誇示することが目立ってきた[39]。江戸火消しや鳶などを中心として『粋』を見せるために好んで施した。それは江戸時代での美意識を形成するものとなっている。

当時中国趣味が流行して『通俗忠義水滸伝』（18世紀後半）など翻案物が多く出版され、寄席・講談などで演じられるなど水滸伝ブームが起こり、物語に登場する豪傑たちの活躍を刺青にするのが明治期まで流行った[39]。水滸伝は登場人物に刺青が施されている（史進など）こともあり、任侠道にも通じるいわゆる「漢」の勇壮さを江戸期の人々に印象付け、刺青文化の発展に強い影響を与えた。

江戸時代末期には歌川国芳を代表とする浮世絵などの技法を取り入れて洗練され、装飾としての入れ墨の技術が大きく発展した。

国芳は華やかな刺青に覆われた勇壮な男たちを描いた『通俗忠義水滸伝豪傑百八人之一個』シリーズを文政10年（1827年）より出版し、全身に刺青を施すという刺青史上画期的なブームを作った[39]。