室町時代の享徳3年（1454年）、津軽の豪族河野政通が函館山の北斜面にあたる宇須岸（うすけし、由来はアイヌ語で「入江の端」・「湾内の端」を意味する「ウスケシ」・「ウショロケシ」）に館を築き、形が箱に似ていることから「箱館」と呼ばれるようになった[18][19][20]。このほか、アイヌ語の「ハクチャシ[21]」（浅い・砦）に由来する説もある[19]。
明治2年（1869年）に蝦夷地が北海道となり箱館も「函館」と改称された[18]。一説には北海道開拓使の長官に着任した東久世通禧が漢字に造詣が深く「箱」の字を気に入らず「函」に改めたという[20]。ただし、箱館を函館と改めた時期について『函館市史』では、1876年（明治9年）に至っても太政官日誌が箱館と函館を混用しているので、明治2年（1869年）に改名したとの説は論外であるとしている[22]。
地理五稜郭タワーから眺めた函館市街地と函館山（2008年5月）上空から眺めた函館市街（2012年6月）函館山からの夜景（2018年10月）函館市中心部周辺の空中写真。2011年9月27日撮影の106枚を合成作成。
国土交通省 国土地理院 地図・空中写真閲覧サービス
市街地は陸繋島となった函館山（臥牛山）から函館平野や亀田半島に繋がる砂州にあり、函館港は形が巴状になっていることから別名「巴の港」とも言われ、市章に採用している[18]。東部地域は恵山道立自然公園になっている[23]。 123456789101112
地形
山地
主な山
函館山（334 m）
恵山（618 m、活火山）
恵山丸山（691 m）
毛無山（630 m）
三森山（842 m）
袴腰岳（1,108 m）
泣面山（835 m）
河川
主な川
亀田川水系（亀田川・笹流川・赤井川・黒井川）
常盤川水系（常盤川・石川・小田島川）
松倉川水系（松倉川・湯の川・湯の沢川・鮫川・深堀川）
汐泊川水系（汐泊川・温川）
戸井川
原木川
古武井川
矢尻川
八木川
川汲川
精進川
大船川
磯谷川
湖沼
主な池
笹流貯水池（笹流ダム、ダム湖百選）
新中野貯水池（新中野ダム）
矢別貯水池（矢別ダム）
海岸
主な岬
立待岬
汐首岬
恵山岬
銚子岬
黒鷲岬
弁天岬
主な海岸
穴澗海岸
大森浜
恵山日ノ浜海岸
島嶼
主な島
緑の島（人工島）
金森赤レンガ倉庫と函館山（2012年7月）
恵山（2011年5月）
常盤川と石川の合流地点（2013年8月）
笹流ダム（2011年5月）
新中野ダム（2007年9月）
立待岬（2009年5月）
恵山岬灯台（2009年5月）
緑の島（2012年1月）
都市の景観 函館全景（2015年7月10日）
気候
77 1-6 65 2-6 64 6-2 72 123 89 178 80 2013 124 2417 157 2619 151 2315 106 178 111 102 95 3-4
気温（°C）
総降水量（mm）
出典：気象庁
インペリアル換算
123456789101112
3 3421 2.5 3522 2.5 4228 2.8 5437 3.5 6346 3.1 6955 4.9 7563 6.2 7966 5.9 7458 4.2 6346 4.4 5035 3.7 3826
気温（°F）
総降水量（in）
津軽海峡、太平洋、内浦湾（噴火湾）の3つの海に囲まれ対馬海流（暖流）の影響を受けるため海洋性気候となり、北海道内では比較的降雪量が少なく穏やかな気候となっている[18]。ケッペンの気候区分では、1961年（昭和36年）から1990年（平成2年）までの平年値（2000年3月まで使用された区分）では最寒月（1月）の平均気温が-3.4℃、最暖月（8月）の平均気温が21.6℃であり、亜寒帯湿潤気候（Dfb）に分類されていた。しかし、1971年 - 2000年の平年値では最寒月（1月）の平均気温が-2.9℃、最暖月（8月）の平均気温が21.7℃となり、西岸海洋性気候（Cfb）に変化した。さらに、1981年 - 2010年の平年値では最寒月（1月）の平均気温が-2.6℃、最暖月（8月）の平均気温が22.0℃となり、温暖湿潤気候（Cfa）に分類されている。
函館の気象は3月には日本海で低気圧が発生し、春の嵐となることがある[24]。4月から5月は大陸からの移動性高気圧による影響により乾燥した空気が上空を覆うようになるが[24]、日本海を北上または東進する低気圧の影響により天気は周期的に変化する[24]。6月の本州における梅雨期には、オホーツク海に高気圧が停滞することがあり[24]、低温多湿な東風が吹いてくると霧が立ち込めて気温も低く湿った日が続く[24]。本州の梅雨明け時期には、北上してきた梅雨前線により豪雨となることがあるが[24]、7月から8月にかけて北太平洋高気圧（太平洋高気圧）が発達して夏型の気圧配置となる[24]。9月になると春季と同様に天気が周期的に変化し[24]、台風が最も接近しやすい時期となる[24]。
