さらには、鰐淵寺の僧侶が経所で大般若経転読を行い、社殿では読経もした[16]。また、江戸時代初期には社僧が寺社奉行と杵築大社（出雲大社）の運営管理に関する交渉を実施していた。

ところが、杵築大社（出雲大社）内は仏堂や仏塔が立ち並んで神事が衰微した。このため1667年（寛文7年）の遷宮に伴う大造営の時、出雲国造家が神仏分離・廃仏毀釈を主張して寺社奉行に認められた。仏堂や仏塔は移築・撤去され、経蔵は破却された[16]。これに併せて祭神は須佐之男命から、『古事記』『日本書紀』などの記述に沿って大国主大神に復した。
近代

1871年 (明治4年)に近代社格制度において官幣大社に列された。
祭神
大国主大神

祭神は大国主大神（おおくにぬしのおおかみ）。ただし『出雲国風土記』ではこの名ではなく大穴持命または所造天下大神大穴持命となっている[17]。

1142年（康治元年）在庁官人解状に「天下無双之大廈（たいか）、国中第一之霊神」と記された[注 3]。神在月（神無月）には全国から八百万の神々が集まり[注 4]神議が行われる[注 5]（神在祭 旧暦10月11日 - 17日）[18]。出雲へ行かず村や家に留まる田の神・家の神的な性格を持つ留守神（荒神等）も存在しているので、全ての神が出雲に出向くわけではない[19]。

そのような神集[注 6]への信仰から、江戸時代以降は文学[注 7]にも出雲の縁結びの神として現れるほどに、全国的な信仰を集めるようになった。
祭神の別名

大穴牟遅神（おおあなむちのかみ）『古事記』での表記

杵築神（きづきのかみ）『日本文徳天皇実録』での表記

国造神（くにつくらししかみ）『大隅国風土記』での表記

大穴六道尊(おおあなむちのみこと）『土佐国風土記』での表記

大国魂神（おおくにたまのかみ）『日本総国風土記』での表記

所造天下大神（あめのしたつくらししおおかみ）

大地主神（おおとこぬしのかみ）

大国魂神 『古語拾遺』での表記

大穴持命（おおあなむちのみこと）『出雲国造神賀詞』『出雲国風土記』『伊予国風土記』での表記

宇都志国玉神（うつしくにたまのかみ）

廣矛魂神（ひろほこみたまのかみ）

大国玉神（おおくにたまのかみ）『日本書紀』での表記

倭大物主櫛甕玉神（やまとおおものぬしくしかみたまのかみ）

国作之大神（くにつくらしのおおかみ）

国作坐志大穴持命（くにつくりまししおおむなちのみこと）『出雲国造神賀詞』での名。

国堅大神（くにかためまししおおかみ）

国占神（くにしめたまいしかみ）

出雲大神（いずものおおかみ）

芦原志拳呼命 『播磨国風土記』での表記

大汝命（おおなむぢのみこと）

兵主神（ひょうずのかみ）

農耕祖神（たづくりのおやのかみ）

幽冥事知食大神（かくりごとしろしめすおおかみ）

縁結神（えんむすびのかみ）、福神（ふくのかみ）、天下地主神（あめのしたとこぬしのかみ）、大国作神（おおくにつくらししかみ） 出雲や出雲大社での神名[20]。

祭祀

創建以来、天照大御神の子の天穂日命を祖とする出雲国造家が祭祀を担ってきたとされるが、本来出雲国造家は東出雲の熊野大社の社家であった。現在の宮司は84代国造千家尊祐で、國學院大學を卒業後に太宰府天満宮を経て出雲大社禰宜→権宮司と昇格すると、2002年（平成14年）宮司に就任。翌年、神社本庁より神職身分特級を拝受している。また、宮司の正服の紋様は神社本庁の定める黒綾文輪なし裏同色平絹ではなく、黒綾にご神紋である二重亀甲剣唐花の文様を練り込んだものである。約60年に一度行われている本殿の建て替えに際して、神体が仮殿に遷御された後に、本殿の内部および大屋根が公開されることがある。

神紋（二重亀甲に剣唐花）

天皇親拝

「現在も、皇室の者といえども本殿内までは入れないしきたりを守り続けている」ともされるが、次の通り天皇の出雲大社親拝の記録がある。

1965年（昭和40年）5月1日、天皇（昭和天皇）・皇后（香淳皇后）出雲大社親拝[21]

2003年（平成15年）10月3日、天皇（明仁上皇）・皇后（美智子上皇后）出雲大社親拝[22]

出雲国造家

出雲国造は、天照大御神の第二御子の天穂日命（あめのほひのみこと）の神裔である。

第十二代?濡渟命（宇迦都久怒）より祭祀以外に出雲国の政治も兼ねる事になる。

第十三代襲髄命（野見宿禰）は相撲の祖と称えられる。

第十七代宮向国造の時に出雲臣姓を賜る。

第二十五代廣嶋国造は『出雲国風土記』を編纂。

第三十一代千国国造の時代から、地方政治の面から退き、祭祀のみ携わる事になる。これより国造新任時や遷都時には朝廷へ参向し、天皇の大前にて神賀詞を奏上する。

第五十三代孝時国造は後醍醐天皇に神剣一振献上[23]。

千家家と北島家

出雲大社の祭祀者である出雲国造家は、南北朝時代の康永年間に千家家と北島家の2家に分裂した[24]。その祭事は幕末までは両家が二分して行っていたが、明治以降は千家家が執り行っている。
千家家（出雲大社教）
1872年（明治5年）に出雲大社宮司の千家尊福が出雲大社崇敬講社を結成[2]。1882年（明治15年）に政府の方針で神職教導職の兼務が認められなくなったため、千家尊福は宮司職を弟の千家尊紀に譲って教化活動に専念[25]。出雲大社教院は出雲大社そのものから分離して教派神道の一つとなった[2]。第二次世界大戦後、神社が国の管理を離れたことから再び出雲大社と密着する形に至った[2]。
北島家（出雲教）
1872年（明治5年）に北島脩孝が千家尊福とともに出雲大社崇敬講社を結成[26]。1882年（明治15年）に出雲教会を設立した[26]。第二次世界大戦後、1952年に宗教法人法に基づく独立した宗教法人出雲教となった。

以上のように大国主大神を主祭神とする宗教団体として、千家家が出雲大社教、北島家が出雲教を主宰している。

1951年（昭和26年）4月に出雲大社と教派神道の宗教法人出雲大社教は一体化され、出雲大社の職員は出雲大社教の職員を兼務し、出雲大社宮司は出雲国造として出雲大社教を総攬し、出雲大社教の教務本庁は出雲大社の教務部として活動している[27]。