刑事訴訟法第435条に定められている。有罪判決を受けた者の利益になる場合だけである[注 1]。具体的には以下の通り。
証拠となった証言・証拠書類などが、虚偽であったり偽造・変造されたものであったことが証明されたとき。
有罪判決を受けた者を誣告した罪が確定判決により証明されたとき。
判決の証拠となった裁判が、確定裁判によって変更されたとき。
特許権、実用新案権、意匠権、商標権侵害で有罪となった場合、その権利が無効となったとき。
有罪判決を受けた者の利益となる、新たな証拠が発見されたとき。
証拠書類の作成に関与した司法官憲が、その事件について職務上の罪を犯したことが確定判決によって証明されたとき。
通常の刑事裁判では被告人が死亡すれば刑事訴訟法第339条により公訴棄却となるが、再審の場合は誤判で罪を着せられた人の名誉回復を図る意味から例外として、刑事訴訟法第451条第2項で死者や回復の見込みがない心神喪失者については公訴棄却の例外規定として死者や心神喪失者の裁判が認められている[3]。刑事訴訟法では死後再審に関する具体的な公判の進め方の規定がなく、実際の審理に入った場合に本来被告人が行うべき「検察側証人への反対尋問」や「被告人質問に対する答え」などをどうするのかという問題があるが、「その都度、被告（弁護人）、検察、裁判所の三者で話し合って審理を進める」「再審においては裁判所に強い裁量権が与えられている」「刑事訴訟法第451条第3項の規定から弁護人が出頭すれば開廷でき、罪状認否等は弁護人が意見を述べる形ででき、被告人がいなくても審理上の不都合はない」とされている[3]。
刑事訴訟法第448条では再審開始をした場合は刑の執行を停止することができると規定されている。また死刑判決に対する再審開始時には刑の執行停止も同時に下される（ただし、原審破棄判決がされないまま再審が終われば、刑の執行停止は解除される。また、2014年3月、静岡地裁は袴田事件の再審開始決定の際に、死刑のみならず、裁量により死刑囚の拘置の停止をすることもできるとの判断を示した）。
刑事訴訟法第442条では、再審請求が刑の執行を停止する効果を有しないことが明示されているが、死刑判決に対する再審請求中は、刑執行を避ける傾向がある。実際に、1999年12月17日の執行から2017年7月13日の執行まで、再審請求中の死刑執行がなされなかった時期がある（後述）。また、再審請求の際に延命の意図を明確に述べる弁護士もいる[4]。そのため死刑囚の中には、再審請求に必要な3つの書類を1通だけしか出さず、裁判所から書類不足の通知が来ても無視し続け、このまま出さないと請求を取り消す旨の通知が来て初めて2通目の書類を出し、これを繰り返すことによって1年以上の時間稼ぎをしたり[5]、裁判官の忌避を申し立ててそれが却下されると国会に弾劾訴追の申立てをしたりするなどし、その間に次の再審請求も準備し、請求が却下されても途切れないようにしている者もいる[5]。さらにこのような手口は、死刑囚同士の寄稿誌として1冊1000円で売買され、死刑囚間で共有されているという[5]。
法務省によれば、2019年8月2日時点で確定死刑囚111名中、82名が再審請求中であるとされる[6]。
また法律上は付審判制度（準起訴手続）および検察審査会強制起訴制度による刑事裁判の有罪確定判決も再審の対象からは排除されていない。
刑事訴訟法の再審規定の条文は19あり70年以上改正されていない。刑事訴訟法の再審規定には全面的な証拠開示の定めがなく、裁判所の勧告があっても検察側が応じる義務がない。下級裁判所が再審を認めても検察側が抗告すれば、再審の裁判は開かれない[7]。 民事訴訟法第338条 少年保護手続には刑事・民事手続で定められているような「再審」の規定は存在しない[8]。これは、少年審判は少年の健全育成を目的とする保護手続きであり、その処分も少年の利益になるものであって取消す必要性がない、との建前による[8]。しかし、無実の罪で保護処分を受ける不利益性はやはり否定しきれないため、少年法第27条の2第1項の弾力的解釈によって事実誤認に対する救済が図られている[8]。 しかし、この法解釈に基づく救済では、保護処分不取消決定については不服申立てが許されない、とするのが通説であり、すなわち少年審判における「再審」は実質的に一審制であった[9]。その後、1981年の柏の少女殺し事件再抗告審決定によって不取消決定に対する抗告も許可されるようになり、少年審判の「再審」についても実質的に三審制が保障されるようになった[9]。さらに、2000年の少年法改正によって「保護処分の継続中」という処分取消しの要件が撤廃されたが、不処分決定に対する不服申立てや、刑事手続にあるような死後再審の制度は認められていない[8]。 全て刑事事件に関するものである。
民事訴訟の場合
裁判所・裁判官の構成に法律違反があったとき。
判決に関与した裁判官が、当該事件について職務上の罪を犯したとき。
証拠となった証言・証拠書類などが、虚偽であったり偽造・変造されたものであったとき。
判決の基礎となった民事もしくは刑事の判決又は後の前審により行政処分が変更されたとき。
脅迫・暴行などの犯罪行為によって、自白が強制されたり、証拠などの提出の妨害を受けたとき。
重要な事項について判断の遺脱（誤り）があったとき。
前に確定した判決に抵触するとき。
少年保護手続の場合
日本における有名な再審に関する事件
再審が開始された事件（再審開始決定がされた事件を含む）
1913年 - 吉田岩窟王事件：発生から50年後、再審による無罪判決。
1915年 - 加藤老事件：発生から62年後、再審による無罪判決。
1941年 - 金森事件：発生から29年後、再審による無罪判決。
1942年 - 横浜事件：逮捕から63年後、再審が開始されるも、免訴判決。その後刑事補償金の支払いが認められた。
1946年 - 榎井村事件：発生から47年後、再審による無罪判決。
1948年 - 免田事件：発生から34年後、再審による無罪判決。
1949年 - 弘前大学教授夫人殺人事件：服役終了後に真犯人が自白し、発生から28年後、再審による無罪判決。
1950年 - 財田川事件：発生から34年後、再審による無罪判決。