したがって、内閣総理大臣の辞職が「内閣総理大臣が欠けたとき」（日本国憲法第70条）に含まれるか否かについては見解が分かれるものの両説は結論としては同じとなり、上のいずれの事由の場合にも内閣が総辞職した場合には新たに内閣総理大臣が任命されるまでは内閣は引き続きその職務を行うことになる（日本国憲法第71条、職務執行内閣を参照）[19]。
法手続

内閣が総辞職することになる時期については、憲法上、衆議院で内閣不信任決議案が可決又は内閣信任決議案が否決されて10日以内に衆議院を解散しないとき（日本国憲法第69条）や内閣総理大臣が欠けたとき（日本国憲法第70条）には直ちに内閣は総辞職することになる[15]。内閣による自発的な総辞職も当然に認められている[17]。また、衆議院解散（衆議院で内閣不信任決議が可決又は内閣信任決議が否決され内閣が10日以内に衆議院の解散を選択した場合を含む）や衆議院任期満了の場合には、衆議院議員総選挙の後に初めて国会の召集があった時に内閣は総辞職することになる（日本国憲法第70条）[1][10]。なお、衆議院議員総選挙後の国会は、衆議院解散による場合は特別国会（日本国憲法第54条第1項、国会法第1条第3項）、衆議院議員任期満了による場合は臨時国会（国会法第2条の3第1項）が開かれる。

日本国憲法第69条や日本国憲法第70条で総辞職しなければならない場合に至ったときには、形式的に内閣総辞職の閣議決定が行われる[8][20]。内閣総理大臣が総辞職を決断した場合、内閣総理大臣が他の閣僚を残したまま単独で辞任することはできないため、当然にその内閣の他の閣僚も全てその地位を辞することになるが、慣例として閣僚全員の辞表の取りまとめが行われる。かつて福田赳夫内閣において福田赳夫内閣総理大臣が自由民主党総裁選挙での敗北を理由に内閣総辞職をした時に中川一郎農林水産大臣が総辞職に異議を唱えて辞表を提出しなかった。福田が内閣法制局に見解を質したところ、内閣総理大臣の辞職が成立した時点で国務大臣も当然辞任する事になるとの見解を得たために、中川農水相に対して強引に辞表提出を求めなかったと言う。また、第3次鳩山内閣の外務大臣の重光葵は米国外遊中に総辞職という形で外務大臣を離任している。任意の内閣総辞職は内閣総理大臣が事実上の決定をする。つまり、内閣総理大臣の辞任は、内閣総辞職と事実上同義である。

内閣総辞職と同時に副大臣と大臣政務官も地位を失い（内閣府設置法第13条第5項・第14条第5項、国家行政組織法第16条第6項・第17条第6項）、官報にはそれぞれ「副大臣退官」及び「大臣政務官退官」として掲載される。

先述のように総辞職した内閣は新たに内閣総理大臣が任命されるまで引き続きその職務を行う（職務執行内閣、日本国憲法第71条）。内閣は総辞職したときには国会法に基づいて直ちに両議院に対して通知を行う（国会法第64条）。内閣が総辞職を表明すると新内閣が発足するまで国会審議などの日程が止まり、国会は他のすべての案件に先立って国会議員の中から内閣総理大臣を指名する（内閣総理大臣指名選挙、日本国憲法第67条1項）。ただし、条理上、院の構成など正常な議事運営を行い議院が有効に活動するための前提となる手続（議長選挙や副議長選挙など役員の選任、会期の決定、議席の指定など）については先決問題として内閣総理大臣指名選挙よりも前に行われることとなっており（昭和53年衆議院先例集69、昭和53年参議院先例録77）、これは憲法が予定するところあるいは憲法の許容するところと解されている[10][21][22][23][24]。

天皇は国会の指名に基づいて内閣総理大臣を任命する（日本国憲法第6条1項）。内閣総理大臣の任命について定める日本国憲法第6条には日本国憲法第7条とは異なり「内閣の助言と承認」の文言がないが、内閣総理大臣の任命は日本国憲法第4条の「この憲法の定める国事に関する行為」（国事行為）に含まれると解されており日本国憲法第3条の効果として内閣の助言と承認を要する[25][26]。そして、先例では内閣総理大臣の任命についての内閣の助言と承認は日本国憲法第71条の規定によって従前の内閣が行うことになっている[25][26]。内閣総理大臣の任命をもって従前の内閣はその地位を完全に失う（日本国憲法第71条）[27]。

通例、内閣総辞職と新内閣総理大臣の指名・任命は同一の日であることが多いが、中には別の日となる場合がある（例:2000年4月4日小渕恵三内閣総辞職→翌5日森喜朗を内閣総理大臣に任命、2007年9月25日安倍晋三内閣総辞職→9月26日福田康夫を内閣総理大臣に任命）。この場合、内閣の存在期間あるいは各大臣の在任期間としては現実に職務権限を有していた最後の日＝新総理任命の親任式の日がその最終日とされるが、官報、両院議長あて通知書などの公式文書上において特に「内閣総辞職の日付」を言う場合は閣議決定をした日が用いられる（先の例では、小渕内閣の存在期間の最終日は4月5日、小渕内閣の総辞職日は4月4日、安倍内閣の存在期間の最終日は9月26日、総辞職日は9月25日となる）。
内閣総辞職時の慣行

内閣の総辞職に関して、官報では人事異動（内閣）の欄に「内閣総理大臣及び国務大臣退官」として「本月某日内閣総理大臣に何某が任命され、甲内閣の内閣総理大臣甲及び国務大臣乙、同丙、・・・はそれぞれその地位を失った。」のように掲載される。また、それに続いて「副大臣退官」と「大臣政務官退官」が掲載される。ただし総辞職内閣閣員の失職に対して辞令を行う必要はないとされており、この発表は単なる便宜上の措置である[3]。

内閣官房副長官、内閣法制局長官、内閣危機管理監、内閣官房副長官補、内閣広報官、内閣情報官、内閣総理大臣補佐官は法的には内閣総辞職と同時に地位を失うことはないが、慣例として辞表を提出し、官報には「願に依り本官を免ずる」として記載される（新内閣で再任される場合には新内閣の国務大臣等の任命についての記載に続いて「内閣法制局長官に任命する」や「内閣危機管理監に任命する」のように掲載される）。

内閣総辞職となった場合、内閣総理大臣は内閣総理大臣談話あるいは記者会見を行うことが通例である。総辞職を表明した内閣総理大臣は病気退陣を除いて国民への説明責任を果たすために長時間に渡って辞任の理由などに関する質疑を記者から受けることが多い。しかし、鳩山由紀夫は総辞職表明にあたって、身内の民主党国会議員に対する表明と短時間のぶら下がり以外では長時間に渡る質疑を受けなかった。