日本国憲法およびその他の法令が規定する内閣総理大臣のおもな権限は次の通りである。
憲法・内閣法等

衆議院を解散すること（憲法7条3号、「解散権」）。
衆議院の解散権は内閣総理大臣の専権事項とされ臨時代理は解散権を持たない[25]。

他の国務大臣を任命し、任意に罷免すること（憲法68条）。
国務大臣の任免権は内閣総理大臣の専権事項とされ臨時代理は任免権を持たない[26][27]。

在任中の国務大臣に対する訴追に同意すること（憲法75条）。

内閣を代表して議案を国会に提出すること（憲法72条）。

内閣を代表して一般国務および外交関係について、国会に報告すること（憲法72条）。

内閣を代表して行政各部を指揮監督すること（憲法72条）。

法律および政令への連署をすること（憲法74条、権限であると同時に義務でもある。いわゆる拒否権はない）。

閣議を主宰すること（内閣法4条2項）。

閣議において、内閣の重要政策に関する基本的な方針その他の案件を発議すること（内閣法4条2項）。

内閣を代表して内閣提出の法律案、予算その他の議案を国会に提出し、一般国務および外交関係について国会に報告すること（内閣法5条）。

閣議にかけて決定した方針に基いて、行政各部を指揮監督すること（内閣法6条）。

主任の大臣の間における権限の疑義について、閣議にかけて、これを裁定すること（内閣法7条）。

行政各部の処分または命令を中止せしめ、内閣の処置を待つこと（内閣法8条、「中止権」）。

内閣総理大臣および主任の国務大臣の代理を指定すること（内閣法9条、10条）。

国家安全保障局長を助け、国家安全保障局の事務を整理するものとして、国家安全保障局次長を指名すること（内閣法16条）。

内閣官房長官を助け、内閣人事局の事務を掌理するものとして、内閣人事局長を指名すること（内閣法20条）。

皇室会議の議長として、これを招集すること（皇室典範29条、33条）。

裁判所による行政処分等の停止に対して異議を申し述べること（行政事件訴訟法27条、「内閣総理大臣の異議」）。

告訴をすることができる者が天皇、皇后、太皇太后、皇太后または皇嗣であるとき、これらの者に代わって告訴を行うこと（刑法232条2項）。

警察法・自衛隊法等

両議院の同意を得て、国家公安委員会の委員を任命し（警察法7条）、委員が心身の故障のため職務の執行ができないと認める場合または委員に非行があると認める場合に罷免すること（9条）。

国家公安委員会による警察庁長官の任免に際して、承認すること（警察法16条）。

都公安委員会による警視総監の任免に際して、承認すること（警察法49条）。

大規模な災害または騒乱などの緊急事態に際して緊急事態の布告を発し（警察法71条）、一時的に警察を統制すること（72条）。

内閣を代表し、自衛隊の最高指揮監督権を有する（自衛隊法7条）。

武力攻撃事態に際して、自衛隊に出動を命ずること（自衛隊法76条、「防衛出動」）。

間接侵略またはその他の緊急事態に際して、一般の警察力をもっては治安維持が不可能な場合に、自衛隊に出動を命ずること（自衛隊法78条、「命令による治安出動」）。

防衛出動または治安出動による自衛隊に対する出動命令があった場合において、特別の必要があると認めるときは、海上保安庁をその統制下に入れること（自衛隊法80条）。

武力攻撃事態などに際して内閣に設置される「武力攻撃事態対策本部」の対策本部長として、関係する行政機関、地方自治体、指定公共機関が実施する対処措置に関する総合調整を行うこと（武力攻撃事態平和確保法14条）。

武力攻撃から国民の生命、身体または財産を保護するため緊急の必要があると認める場合に、警報を発令すること（国民保護法44条）。

避難の指示が要避難地域を管轄する都道府県知事により行われない場合において、国民の生命、身体または財産の保護を図るため特に必要があると認める場合に、当該都道府県知事に対し、当該所要の避難の指示をすべきことを指示すること（国民保護法56条1項）。

前項の指示を行ってもなお所要の避難の指示が当該要避難地域を管轄する都道府県知事により行われない場合に、または国民の生命、身体もしくは財産の保護を図るため特に必要があると認める場合であって事態に照らし緊急を要すると認める場合は、当該都道府県知事に通知した上で、自ら当該所要の避難の指示をすること（国民保護法56条2項）。