また、この内閣府特命担当大臣（沖縄及び北方対策担当）は、内閣府設置法に基づき、北方対策本部長に就任する[20]。北方対策本部長は北方対策本部の長であり、北方対策本部の事務を統括する[20][21]。また、必要に応じて、関係する行政機関の長に対し、資料の提出、意見の開陳、説明などの協力を求めたり、意見を述べたりすることができる[22]。
沿革

中央省庁等改革基本法に基づく中央省庁再編により、2001年1月6日に内閣府が設置された[23][24]。それにともない、総理府の外局である沖縄開発庁などが所管していた沖縄政策は、内閣府に移管されることになった[2][3]。また、総務庁の特別の機関である北方対策本部などが所管していた北方領土政策も、内閣府に移管されることになった[9]。同時に、特命担当大臣の制度が設けられた。同日付で第2次森改造内閣（中央省庁再編後）が発足し、衆議院議員の橋本龍太郎が「沖縄及び北方対策担当大臣」に任命された[25]。以降、沖縄政策や北方領土政策を担当する特命担当大臣として、「沖縄及び北方対策担当大臣」の職が継続して設置された[26][27]。

2003年9月22日に発足した第1次小泉第2次改造内閣では、「内閣府特命担当大臣（沖縄及び北方対策担当）」と呼称が変更され、衆議院議員の茂木敏充が任命された[28]。それ以来、「内閣府特命担当大臣（沖縄及び北方対策担当）」の職が継続して設置されている[29]。
名称「内閣府特命担当大臣」も参照

任命・補職は3段階で行われており、まず「国務大臣に任命する」[30]との官記が出され、次いで当該の国務大臣に対して「内閣府特命担当大臣を命ずる」[30]との辞令が出され、さらに当該の内閣府特命担当大臣に対して「沖縄及び北方対策を担当させる」[30]と命ぜられる。これらの辞令は「官報」に掲載されるため[30]、その記載に基づき「内閣府特命担当大臣（沖縄及び北方対策担当）」[31]と表記される。